，又親自到他的墳墓前祭拜，慰問他的夫人和家人。
此後每次朝會，光武帝常常歎息說：“怎麼才能得到像祭遵這樣憂國奉公的臣子啊！”衛尉銚期說：“陛下極為仁德，對祭遵的去世哀悼不已，群臣心中都感到慚愧和惶恐。”光武帝這才不再提及。
隗囂病重，又缺少食物，隻能吃乾糧，最終憤恨而死。王元、周宗擁立隗囂的小兒子隗純為王，率領軍隊占據冀縣。公孫述派部將趙匡、田弇率軍援助隗純，光武帝派馮異率軍攻打他們。
公孫述派他的翼江王田戎、大司徒任滿、南郡太守程泛率領數萬人出兵江關，擊敗馮駿等人的軍隊，攻下巫縣以及夷道、夷陵，隨後占據荊門、虎牙兩山，在長江上橫跨江麵修築浮橋、關樓，豎立密集的木樁，阻斷水路，又在山上修築營壘，阻斷陸路，抵禦漢軍。
夏季，六月初六，光武帝抵達緱氏縣，登上轘轅山。
吳漢率領王常等四位將軍，率領五萬多名士兵，在高柳攻打盧芳的部將賈覽、閔堪。匈奴出兵援救，漢軍出師不利。從此匈奴的勢力變得強盛，侵擾漢朝邊境的行為日益頻繁。
光武帝下詔令朱祜駐軍常山郡，王常駐軍涿郡，破奸將軍侯進駐軍漁陽郡，任命討虜將軍王霸為上穀太守，以防備匈奴的侵擾。
光武帝派來歙全麵監護眾將，駐守長安，太中大夫馬援擔任他的副手。來歙向光武帝上書說：“公孫述把隴西、天水兩郡當作屏障，所以才能苟延殘喘。如今這兩個郡被平定，公孫述就無計可施了。應當增選兵馬，儲備糧草。
如今西州地區剛剛經曆戰亂，士兵和百姓疲憊饑餓，如果用財物和糧食招撫他們，就能集結大量兵力。臣知道朝廷的開支繁多，財用不足，但這也是不得已的辦法！”光武帝認為來歙說得對，於是下詔令在汧縣囤積六萬斛糧食。
秋季，八月，來歙率領馮異等五位將軍，在天水郡討伐隗純。
驃騎將軍杜茂與賈覽在繁畤交戰，杜茂的軍隊戰敗。
各羌族部落從王莽末年開始，就進入漢朝邊塞內居住，金城郡的所屬各縣，大多被羌族占據。隗囂無力討伐，於是對羌族加以安撫接納，征發羌族的士兵，和漢軍對抗。
司徒掾班彪向光武帝上書說：“如今涼州各郡都有歸降的羌族，羌人披散頭發、衣襟向左開，和漢人雜居在一起，習俗不同，言語不通，多次被小吏和奸猾之徒侵奪財物，窮困潦倒、心懷怨恨，無處申訴，所以才發動叛亂。蠻夷侵擾作亂，都是因為這個原因。
舊的製度規定，益州郡設置蠻夷騎都尉，幽州郡設置領烏桓校尉，涼州郡設置護羌校尉，這些官員都手持符節，統領保護各族百姓，處理他們的糾紛，每年巡視各地，詢問他們的疾苦；又多次派使者翻譯，溝通消息，讓塞外的羌夷成為官吏的耳目，州郡因此能夠提前做好警備。如今應當恢複舊的製度，以顯示朝廷的威嚴，防範叛亂。”
光武帝采納了班彪的建議，任命牛邯為護羌校尉。
盜賊殺害了陰貴人的母親鄧氏和弟弟陰?，光武帝十分悲傷，封陰貴人的弟弟陰就為宣恩侯；又召見陰就的哥哥、侍中陰興，想封他為侯，把印綬放在他麵前。
陰興堅決推辭說：“臣沒有衝鋒陷陣的功勞，而一家人有好幾個人都被封為侯，會讓天下百姓失望，臣實在不願意接受！”光武帝嘉獎陰興的謙讓，沒有強迫他接受爵位。
陰貴人問陰興推辭的原因，陰興說：“外戚之家最忌諱的就是不知道謙讓退避，嫁女兒想嫁給王侯，娶媳婦想娶公主，我內心實在不安。富貴有儘頭，人應當知足，如果過分誇耀奢侈，就會被世人譏諷。”陰貴人被陰興的話感動，從此深深約束自己，始終不為宗族親屬謀求官位。
光武帝征召寇恂返回洛陽，任命漁陽太守郭伋為潁川太守。郭伋招降山賊趙宏、召吳等數百人，都遣送他們回鄉，恢複農耕。隨後郭伋自行彈劾自己，認為自己擅自做主，光武帝沒有治他的罪。
後來趙宏、召吳等人的黨羽，聽說郭伋的威望和信義，有的從遙遠的江南，有的從幽州、冀州，不約而同地前來歸降，絡繹不絕。
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