議定南北郊祭祀的冠冕、車服製度，以及光武廟的登歌、八佾舞的數目，呈報給明帝。
好畤湣侯耿弇去世。
永平二年（己未，公元59年）
春季，正月十九日，在明堂祭祀光武皇帝，明帝及公卿列侯，開始穿戴冠冕、玉佩來行禮。禮儀完畢後，登上靈台，觀望雲氣。大赦天下。
三月，明帝臨幸辟雍，第一次舉行大射禮。
冬季，十月初五，明帝到辟雍，第一次舉行養老禮。任命李躬為三老，桓榮為五更。三老身穿都紵大袍，頭戴進賢冠，手扶玉杖；五更的服飾也是這樣，隻是不扶杖。皇帝到達辟雍禮殿，坐在東廂，派使者用安車到太學講堂迎接三老、五更，天子在門屏之間迎接，行交拜禮。引導天子從東階上殿，三老從賓階上殿。到階前，天子按禮作揖。
三老上殿後，麵向東坐，三公設置幾案，九卿整理鞋履，天子親自卷起衣袖切割祭品，捧著醬請三老吃，端著酒杯請三老喝，祝鯁官在前麵防備三老噎食，祝噎官在後麵防備三老嗆食。五更麵向南坐，三公進奉供品，禮儀也和三老相同。
禮儀完畢後，引導桓榮及弟子們上堂，皇上親自給他們講說經書，各位儒生拿著經書在殿前提出問題，衣冠士人圍在橋門外觀看聽講的，大概有億萬計。於是下詔賜桓榮關內侯爵位，三老、五更都終身享受二千石俸祿的供養。賞賜天下的三老，每人一石酒、四十斤肉。
明帝做太子時，曾向桓榮學習《尚書》，到即位後，仍以師禮尊崇桓榮。曾親自到太常府，讓桓榮坐在東麵，設置幾案和手杖，會集百官和桓榮的門生數百人，皇上親自拿著經書聽講。諸生中有的人離開席位提出問題，皇上謙虛地說：“太師在這裡，你們要請教他。”講完後，把太官供應的膳食全部賜給太常家。
桓榮每次生病，明帝就派使者慰問，太官、太醫在路上絡繹不絕。到桓榮病重時，上疏謝恩，請求歸還爵位和封地。明帝到他家問候起居，進入街巷後就下車，抱著經書上前，撫摸著桓榮流淚，賜給床褥、帷帳、刀劍、衣被，停留好久才離去。從此諸侯、將軍、大夫來探病的，不敢再乘車到門口，都在床下跪拜。桓榮去世後，明帝親自改換喪服吊喪送葬，在首山南麵賜給墓地。桓榮的兒子桓鬱應當繼嗣爵位，卻讓位給哥哥的兒子桓泛。明帝不許，桓鬱才接受封爵，而把全部租稅收入都給了桓泛。明帝任命桓鬱為侍中。
明帝因中山王劉焉是郭太後的小兒子，太後特別喜愛他，所以唯獨讓他留在京師，到這時才與諸王一起前往封國，賜給虎賁武士、官騎，恩寵特別優厚，允許他獨自往來京師。明帝禮待陰氏、郭氏，每件事都力求公平，兩族屢次受到賞賜，恩寵都很優厚。
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正月十七日，明帝到長安。十一月初七，派使者用中牢之禮祭祀蕭何、霍光。明帝經過他們的墓地時，在車上憑軾致敬。接著前往河東郡，十一月二十六日，返回宮中。
十二月，護羌校尉竇林因欺罔朝廷及貪贓罪，被關進監獄處死。竇林是竇融的侄子。當時竇氏一族有一公、兩侯、三公主、四二千石官員同時並存，自祖父到孫子，官府邸第在京城相望，在親戚功臣中沒有能相比的。到竇林被殺後，明帝屢次下詔嚴厲責備竇融，竇融惶恐不安，請求退休，明帝下詔讓他回家養病。
這一年，開始在五郊舉行迎氣儀式。
新陽侯陰就的兒子陰豐娶酈邑公主為妻。公主驕橫嫉妒，陰豐殺了她，被處死，陰豐的父母都自殺了。
南單於汗去世，單於比的兒子適繼立，稱為僮屍逐侯鞮單於。
永平三年（庚申，公元60年）
春季，二月初九，太尉趙熹、司徒李?被免職。
二月十一日，任命左馮翊郭丹為司徒。
二月十四日，任命南陽太守虞延為太尉。
二月十九日，立貴人馬氏為皇後，皇子劉炟為太子。
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