身之禍，於是逃到渭北。由於姚萇自身的影響力，西州豪族尹詳、趙曜、狄廣、張乾等從自身利益出發，率領5萬多戶羌族民眾歸附了姚萇，並推他為盟主。姚萇本想推遲，但是在尹月等人的勸說下，於公元384年，自稱大將軍、大單於、萬年秦王，改元白雀。
姚萇自立後不久，就率軍往北地進發，北地、新平、安定的10多萬羌人都紛紛投奔姚萇。在這裡，姚萇積極招募士兵，訓練軍隊，積聚糧食，以觀時變。十月，西燕慕容衝圍攻長安，姚萇判定西燕不會在關中久留，於是決定待西燕滅了前秦撤兵之後再行占領長安。他讓兒子姚興留守北地，自己親率大軍攻克新平，奪取嶺北等地的城池。次年五月，苻堅無法抵擋西燕慕容衝的進攻，放棄長安逃進了五將山。姚萇趁此良機派驍騎將軍吳忠於包圍五將山，生擒苻堅。姚萇向苻堅索要玉璽，苻堅拒絕；他又要求苻堅禪位，苻堅大罵不已。最終，憤怒的姚萇派人把苻堅勒死在新平寺內。
苻堅死後，姚萇趁西燕撤離長安東下之機，進入長安。公元386年姚萇在長安自稱皇帝，國號大秦，改年號為建初，史稱後秦。
對峙苻登迷信身亡
姚萇稱帝後，與前秦高帝苻登在關隴地區相持數年。苻登性格粗獷，他當皇帝以後立下一個堅定的目標就是殺掉害死苻堅的姚萇。苻登對苻堅很是崇拜，他在行軍時，會用軍車載著苻堅的靈位及塑像，並派三百個衛士專門護送。每次作戰之前，都會先祈告苻堅的靈位，然後再出兵。
苻登訓練了一支極善戰的軍隊，所以在與姚萇對峙的過程中，屢屢取得勝利。姚萇也知道苻登的軍隊十分利害，就采取能躲即躲，能避則避的策略，把自己的主力保留起來，不與苻登的軍隊進行正麵交鋒。姚萇總是吃敗仗，看到苻登每戰必在軍中擺放苻堅的靈位，便以為是苻堅的鬼魂在作祟。於是他在自己的軍中也為苻堅立了一個神像，擺上苻堅的靈位，並學苻登寫了一篇禱詞，對著苻堅的神像說當年殺死他不是他自己的意思，而是奉了他兄長的敕令。現在為他立神像，希望他在天之靈不要再計較。但是，這樣做了之後，後秦的軍隊還是打不了勝仗，反弄得士兵在深夜裡無故受驚。姚萇就認為是苻堅的亡靈不肯原諒他，氣得他把苻堅神像的頭砍下送給苻登。之後，還是覺得不解氣，又把苻堅的屍體從墳墓中挖出來，鞭屍之後再剝光衣服，埋進土坑中。
苻登雖然常打勝仗卻也撈不著太多的便宜。公元389年，苻登又攻克後秦的平涼，向姚萇大軍所在的安定逼近。姚萇身邊的大將都勸皇帝與前秦決戰，姚萇卻不以為然，他認為苻登的這支軍隊已經遠征多時，正求奮力殺敵以早日回家，因此不宜決鬥，應該用妙計取勝。於是，他令尚書令姚旻留守，自己則親率三萬大軍偷襲秦軍的輜車行李，大獲勝利，並俘虜了苻登的皇後毛氏和兩個王子以及數十名戰將。對此失敗，苻登大為惱火，卻又無可奈何。
公元392年，姚萇再次領兵前去迎戰苻登，行到新支堡卻病倒了，並夢見苻堅帶領天官使者和幾百鬼卒衝入營柵，宮人出於迷信拋出長矛為他驅除所謂鬼卒，卻誤中他的陰部，病勢由此轉重。姚萇急忙召太尉姚，尚書左仆射尹緯、右仆射姚晃等接受顧命，又叮囑姚興說：“這幾位大臣都是我的患難之交，你切不可輕信別人對他們的誣陷。對骨肉要親愛，對大臣要禮待，凡事要講信用，對百姓要施恩，做到這四樣，國家就能長治久安，我死也瞑目了。”幾天後，姚萇病逝，時年64歲，葬於原陵，諡“武昭皇帝”，廟號“太祖”。
文桓皇帝姚興
後秦文桓皇帝檔案：
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生卒年：公元366～416年
父母：父，武昭皇帝姚萇；母，虵氏
後妃：張皇後、齊皇後等
年號：皇初，弘始
在位時間：公元393～416年
諡號：文桓皇帝
廟號：高祖
陵偶：寢陵
恒有奮勤，達明虛謙：格性
：評點
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