極人臣的首輔再立下擁立太子的新功。就在這時候，他又成為輿論攻擊的對象。那一年的陽曆九月，福建僉事李琯奉表入都，參劾首輔有“十罪”，其一說申時行主持的大峪山陵寢工程出了問題；按照他的情報，地基內已有水湧出。005這位本來遠在數千裡外的地方官，冒著丟掉前程的危險來參劾首輔，其目的不外乎公開警告申時行：你雖然深得皇帝的信任，但是文官集團仍然有足夠的力量動搖你的地位，如果你不對全體文官負責的話。這位上書言事的官員在事後被革職為民，但在文官們看來，這種犧牲決不會是沒有意義的。此人既已博得了忠臣的名聲，而他的計算如果正確，他日複職加官，也是意中之事。
陽曆十月，工部的一位官員因為皇帝允諾的冊立太子的期限在即，立儲大典的各項開銷理應由他負責籌備，他就編造預算，呈請皇帝批準。皇帝的朱批使全體文官為之瞠目咋舌。朱批說，他早已聲明不準臣下在一年之內催促他立儲，這個工部官員借編造預算為名而行催促之實，這就是違反了他的命令，而他也就必須按照聲明中所說的那樣，把立儲延後。006這種故意的節外生枝不禁使群臣深感憂慮，人君如此缺乏誠意，他將用什麼來維持威信，統治國家？於是他們聯名奏請皇帝收回這一朱批，並希望他親口許諾的明春立儲一事能付諸實現。因為申時行正在病中，內閣大學士的聯名呈請，由二輔許國執筆，但這份奏章仍然由申時行領銜。
這一大規模的抗議使龍心赫然震怒。申時行獲知皇帝的反應，立即呈上一份揭帖，說明內閣的聯名奏章雖然列上他的名字，他事先卻並未與聞。被孤立的皇帝親自在朱批中感謝申先生對他的忠愛之忱。事情本來可以在這裡結束，因為大學士的揭帖係秘密文書，經過禦覽以後向例是退回本人並“留貯閣中”而不公布的。但是這一揭帖偏偏因申時行不在內閣而被許國一時失察送交給事中辦公室抄錄公布。申時行立刻派人向給事中索回原件，“送閣尊藏”，但其內容已經在文官中傳遍，而且這種索取已發科抄寫的文件也屬違背成憲。
這樣重大的事件逼得當時值日的給事中參劾申時行，參劾的措辭還十分嚴厲，說他“遁其辭以賣友，秘其語以誤君，陽附群臣請立之議，而陰緩其事以為內交之計，陛下尚寬而不誅，高廟神靈必陰殛之”。這意思是說，申時行是一個十足的兩麵派和賣友誤君的小人，即使皇上不加處罰，洪武皇帝的神靈也會對他加以誅戮的。
萬曆皇帝開始並沒有體會事情的嚴重性。他降旨勒令這個給事中降級調往外省，並命令申時行照常供職。申時行準備遵旨回到內閣，然而文官們的情緒已經如火如荼，不可遏止，一個接著一個遞上了參劾申時行的本章。很明顯，申時行無法抵禦這些道德上的控訴，他的威信已經掃地以儘，再也無法取得同僚的信任。這種局勢一經明朗，他除了辭職以外，別無他途可供選擇。在這種情況下，皇帝的慰留也無濟於事。要是再戀棧不去，他就必然成為張居正第二。
在聽任申先生離職之前，皇帝不能沒有必要的措施以重振自己的權威。那個發難參劾申時行的給事中由降級外調而加重為革職為民。這是因為他受到了文官的表揚，而後者要皇帝收回處罰他的成命；而在皇帝那裡，雖然無法挽留群臣所不齒的大官，卻必須表示有能力斥退他們所欣賞的小官。其次輪到了二輔許國，多年來他和申時行在表麵上似乎同心協力，這一事件暴露了他對申時行的嫉忌，而他似乎故意公開申時行的秘密揭帖，說明了他的秉性並非忠厚，這種人自也不應在禦前擔任要職。由此，許國也被參劾，皇帝批準他“回籍調理”。兩天以後，皇帝才接受了申先生的辭呈。007
在這一場悲劇性的衝突之中，沒有人取得勝利。立儲一事竟惹起了如許風波，使兩個大學士相繼離職。既然如此，即使是最激烈的人也不便立即再提起此事，因為怕把事情弄僵而不可收拾。萬曆也很清楚，無論他多麼寵愛鄭貴妃和常洵，這廢長立幼一舉絕不會被廷臣接受；如果公開堅持自己的主張，最後勢必引起大規模的流血，這是與他所崇奉的佛教宗旨相違背的，而且流血之後也未必就能如願以償。基於雙方的這種考慮，就形成了暫時的僵持局麵。
在處理立儲這個問題上，萬曆犯了很多錯誤。他的第一步是冊封鄭氏為皇貴妃，位於皇後之下而在其他妃嬪之上。子以母貴，常洵超越常洛而立為皇儲，就可以順理成章。然而在絕大部分文臣看來，這是以幼淩長，自然不合於倫常之道。
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