太平天國的首都天京已經攻陷，湘軍的使命也已基本完成，理應遣散回籍。
再者，自安慶大戰之後，湘軍人數日益增長，軍隊整體質量卻日益下降，一萬多人的部隊，戰鬥力甚至不如以前幾千人，湘軍已是一支暮氣沉沉的軍隊，此種軍隊留之無用，不如遣散回籍，也可為國家節約軍餉。
讓曾國藩痛下決心裁軍的另一個重要原因，是當時湘軍內部哥老會日益活躍，士兵們鬨餉、嘩變的事件時有發生，湘軍已經越來越難駕馭。尤其是攻陷天京城後，一些湘軍將士已變得與土匪無異。
但不能不否認，在這種種的原因裡，自削兵權，以消解清廷的疑心才是最重要的。
毫無疑問，在湘軍各部中，曾國荃所領的五萬湘軍是清廷最為戒備的。曾國藩最先要裁撤的就是這一部分人。這五萬人中，原屬曾國荃吉字營、曾貞幹湘恒營的約三萬五千人，其餘由蕭慶衍等人統領的原屬李續宜的部隊及太平軍叛徒韋俊的部隊共約一萬五千人。同治三年（1864）七月二十日，曾國藩奏請裁撤湘軍兩萬五千人，其中曾國荃部隊裁撤一萬餘人，但其嫡係部隊還是基本上保留了下來。
對於曾國藩的這一決定，曾國荃萬分不能理解。他和湘軍弟兄們出生入死兩年多，才打下這座堅固的城池，保得了大清天下的平安。功成之後，封賞不公也就罷了，竟然還要來個過河拆橋。而這個帶頭拆橋的不是別人，卻是他們湘軍的最初創立者，是他的親大哥。
曾國荃去找曾國藩，先是勸，勸不動就鬨，到最後兄弟二人幾乎要吵起來。
曾國藩卻依然不改裁軍的決心。
他相信，總有一天，沅弟會理解他的一片苦心。
其實，莫說當時曾國荃不能理解，就連清政府也未料到曾國藩會如此快地就做出裁軍決定。大戰剛剛過去，湘軍將士們甚至還沒有來得及好好喘息一下，此等關頭就提出裁軍，會不會引起湘軍內亂，繼而引起整個大局的不安？
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清廷接曾國藩奏折後，並未準奏，而是提出留精壯兵勇來補充綠營額。
曾國藩沒有依奏，他堅持自己原來的主張，先後對湘軍進行了幾次裁撤。
到同治四年（1865）五月，曾國藩奉命北上鎮壓撚軍時，可以調動的人竟然隻有老湘營六千人了。可見其當時裁軍的力度與決心之大。儘管曾國藩後來也為自己當時的裁軍之舉而後悔。
曾國荃對曾國藩的裁軍已是滿腹怨言，他大約怎麼也不會想到大哥下一步要做的就是為他奏請開缺回籍——變相地收回他的兵權。
同治二年（1863）三月，曾國荃已授浙江巡撫，隻是當時他正駐軍雨花台，遂沒有到浙江赴任。如今天京之圍已解，按常理，曾國荃應該到浙江赴任了。曾國藩卻在這時候向清廷奏請，說曾國荃病情嚴重，需回籍調養。這個決定，曾國藩既是以湘軍最高統帥的身份，又是以曾家長兄的身份向曾國荃頒布的。曾國荃縱有滿心的不服，也隻得遵從。
曾國藩於同治三年（1864）八月二十七日上奏，九月初五就獲批準。清廷還賞了曾國荃六兩人參，對他示以關懷。這樣的結果，無論如何都是曾國荃無法接受的。曾國藩也沒想到清廷的回複竟是如此之快。說出去的活，潑出去的水。縱有不甘，也隻能忍了。
天京城破，百廢待舉，現在，曾國藩也沒有過多的精力在個人恩怨中糾結浮沉。九月初八，曾國藩由安慶抵達江寧，將兩江總督衙門暫駐原英王府內。他將在那裡親自督促金陵城的重建。
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