仍存在克格勃間諜。周圍熟悉他的人根本不相信特洛菲莫夫是蘇聯間諜，他們都認為一定是聯邦調查局搞錯了。特洛菲莫夫在德國服役時的同事沃爾特·巴格爾說：“特洛菲莫夫當年在陸軍對蘇聯政權簡直恨透了，他的祖輩曾遭到過布爾什維克的清洗，所以，他的父母才流亡到德國。他與蘇聯有著深仇大恨。因此，他決不會向蘇聯出賣情報。”
2000年6月25日，佛羅裡達州檢察機構以間諜罪起訴特洛菲莫夫。美國助理檢察官在起訴書中指出，特洛菲莫夫是美國間諜史上軍銜最高、隱藏最深、向蘇聯出賣情報時間最長的“至善至美”的間諜。特洛菲莫夫站在美國佛羅裡達州法庭的陪審團麵前，接受向蘇聯出賣情報的犯罪調查。由6名男性和6名女性組成的陪審團聽取了特洛菲莫夫和他的律師丹尼爾·赫南德的辯護。
要判特洛菲莫夫犯有間諜罪也並非是容易的事，特洛菲莫夫當庭拒絕接受上述指控，否認自己犯有間諜罪。對此，法庭還傳訊了一名前幾年叛逃到美國的克格勃間諜奧萊格·卡盧金。卡盧金當庭作證說，他曾與特洛菲莫夫在德國和奧地利討論過他如何為克格勃工作的事情。特洛菲莫夫對陪審員說，這純屬是一種受想象力影響的假設。特洛菲莫夫堅持說，他不是間諜，而隻是因為太想錢做的白日夢，想象成為間諜可以搞到很多錢。當時，他的錢不夠用，非常需要錢。當問及怎麼能認出那些蘇聯間諜，他說那完全是一個巧合，就像做猜謎遊戲一樣。
最後法庭拿出鐵證，出示了那盤1999年特洛菲莫夫與那名假扮的俄羅斯特工接頭的錄像帶時，特洛菲莫夫立即進行了反駁。他說，他當時完全是開開玩笑的，生活單調無聊，吹吹牛想找點刺激而已，他舉了個例子：“就像有人問你願不願意出售布魯克林大橋似的。”他很有說服力地反問法庭：“如果你說可以，那是否意味著橋就被賣掉了呢？”檢察官指責特洛菲莫夫曾在德國任職期間將美國向蘇聯發動戰爭的計劃、美國軍備需求的高度機密以及美國情報機構偵察目標的相關文件出賣給了蘇聯及其他華約國家。12名陪審員在觀看了有關特洛菲莫夫從事間諜行動的錄像帶後都認為特洛菲莫夫犯有間諜罪。當地法官蘇姍·巴克盧宣讀陪審團對特洛菲莫夫的裁決時，特洛菲莫夫筆直地站著，麵無表情。而他的妻子失聲痛哭。
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