克格勃6個直屬部：
特別調查部，主要負責對克格勃和蘇軍總參謀部情報局（格魯烏）各級領導人的調查，辦理相關專案，每個專案都要由國家安全委員會主席親自過目。
國家通信部，負責控製國內全部電台、電視台等資訊係統。
保密檢查部，負責保衛克格勃總部的安全，防止內奸和泄密行為的發生。
經驗核對部，負責對蘇聯國內外間諜活動情況進行分析、研究和綜合評估。
財政經濟部，負責克格勃的財政預算和開支，掌握克格勃的財政經費。
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檔案登記部，又稱檔案中心。負責克格勃的全部檔案，並隨時將其綜合、整理，編出索引。除此而外，還負責管理培養間諜的學校。它是世界上規模最龐大的資料部門。
除了以上總局、局、部、處等組織機構外，克格勃還設有幾個特殊的部門：
駐外情報站。站下設5個科：情報科、反間諜科、科技情報科、潛伏支援科、行動破壞科。克格勃為開展國外的間諜情報活動，在蘇聯駐各國的使館內都設立了駐外情報站，其活動由第一總局領導。
特別後備隊。這是克格勃內部專門以文化、貿易活動為掩護從事間諜活動的部門。
“信號旗”秘密特種部隊。“信號旗”在機構上歸克格勃第一總局管轄，直接聽命於第一總局局長，是該局的一個特別行動處。它的主要任務是：在敵人的大後方從事偵察情報活動，破壞敵方具有重要戰略意義的目標。動用“信號旗”必須經政治局同意。每一位“信號旗”戰鬥人員都必須掌握跳傘技能，學習格鬥，能夠熟練使用國內外的各種輕型武器。1992年1月，“信號旗”劃歸新成立的俄羅斯聯邦安全部。此外，總部還設有兩個特殊的部門：一個是高級俱樂部，一個是戒備森嚴的盧比揚卡監獄。
蘇聯克格勃擁有許多特權。克格勃主席在黨內身居要職，他們既是國防會議成員，又是政治局委員，比任何其他部門的領導人都有更大的影響。他掌握著一支強大的國內安全部隊，並控製著全蘇情報係統源源而來的情報。1978年，克格勃從部長會議下屬的委員會升格為國家一級的委員會，享受著至高無上的權力。1982年11月，勃列日涅夫逝世，克格勃第四任主席安德羅波夫一躍成為蘇聯的最高領導人。
1991年隨著蘇聯的解體，克格勃也走到了末日，蘇聯最後一位領導人戈爾巴喬夫本是安德羅波夫最得意的接班人。他能夠在克裡姆林宮激烈的權力鬥爭中脫穎而出，靠的就是克格勃的全力支持。但是在戈爾巴喬夫當政時期，克格勃不斷受到社會輿論的指責和非難。
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