宣帝去世後，漢元帝即位，蕭望之和周堪做過元帝的老師，因而頗受尊重，數次被漢元帝設宴召見，言治亂，陳王事。蕭望之又推薦劉氏宗室劉更生（劉向）和侍中金敞並拾遺左右，四人同心謀議，規劃朝政，漢元帝對他們也比較信任。
當初，漢宣帝在世時，不太注重儒術，而多用法律之士，中書宦官開始參予政事。中書令宦弘恭、石顯久典樞機，明習文法，也和車騎將軍史高相為表裡，論議朝政常持故法而不從蕭望之等人。弘恭和石顯二人不能持正公平，多挑起事端。蕭望之以為，中書為國家政治之根本，應選用賢明的人來充任。自漢武帝遊宴後庭，為圖省力而開始任用宦官，但此非漢家舊製，又違背不近刑餘之人的古訓。因此，蕭望之向元帝建議中書官應選士人充任。而此舉正和史高、弘恭，石顯之輩相抵觸。當時，漢元帝剛即位不久，謙讓而重改作，討論了很久而不能確定下來，劉更生反而被他們排擠出去任宗正之職。
蕭望之和周堪是當時很有威望的學者，數次向漢元帝推薦名儒茂材以充任諫官。會稽（今浙江紹興）人鄭朋暗中想依附蕭望之，向漢元帝上書告發車騎將軍史高派遣門客在郡國地方圖謀奸利，以及許家和史家子弟的各種罪過。元帝接到鄭朋的奏折後，拿給周堪看，周堪請元帝讓鄭朋待詔金馬門。鄭朋又上奏讚揚蕭望之說：“將軍體周、召之德，秉公綽之質，有卞、莊之威，至乎耳順之年（六十歲），履折衝之位，號至將軍，誠為士人之高致。窟穴黎庶（平民）莫不歡喜，都說國家委任將軍誠得其人也。”蕭望之接待了鄭朋。鄭朋幾次在朝堂稱述蕭望之，而攻擊本騎將軍史高，談許氏和史氏的過失。
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後來，鄭朋行為傾邪陰險，蕭望之便和他斷絕了來往。鄭朋和大司農史李宮俱待詔，周堪隻推薦了李宮為黃門郎。鄭朋因此心懷怨恨，轉而投靠許、史兩家，將以前的事情都推到別人身上，說：“這都是周堪和劉更生他們教我的。我是關東人，怎麼知道這些事情？”侍中許章向漢元帝引見了鄭朋。鄭朋出宮後，揚言說：“我見了皇帝陛下，談了前將軍的五個小過失，一個大罪。中書令在旁邊，知道我是怎麼講的。”蕭望之聽說後，去問弘恭和石顯。弘恭和石顯怕蕭望之自己向漢元帝傾訴，而使這件事由他人處理，便挾製鄭朋和待詔華龍。華龍在宣帝時也是待詔，品行不端，升不上去。想投靠周堪等，不被接納，這時便和鄭朋相勾結，弘恭和石顯命他二人向漢元帝告蕭望之等人準備斥退車騎將軍史高和許、史二家，趁蕭望之放假回家休息，讓二人入宮上奏。漢元帝將此事交給弘恭處理，蕭望之回答說：“外戚之在位者多奢侈淫靡，這樣做是為匡正國家，非為個人。”弘恭、石顯便告“蕭望之、周堪、劉更生等結為朋黨，互相稱舉，數次誹謗大臣，詆毀間離陛下的親戚，欲以專擅權勢，為臣不忠，誣上不道，請謁者召致廷尉。”當時，漢元帝剛剛即位，不知道“謁者召致廷尉”的意思就是下獄，便同意了。後來，元帝要召見周堪和蕭望之，左右回答說已關進了監獄，元帝一聽大驚，說：“不是講光廷尉查問一下嗎？”召責弘恭和石顯，二人皆叩頭道歉。元帝下令讓二人出獄視事。弘恭和石顯去找史高，讓史高對漢元帝說：“皇上剛剛即位，未以德化聞於天下，而先驗師傅。既然已經將九卿下獄，那就應當審問清楚。元帝便下詔說：“前將軍蕭望之傅朕八年，沒有其它罪過，今事已久遠，誌忘難明。其赦蕭望之罪，收前將軍光祿勳印綬，以及周堪、劉更生等，皆免為庶人。”而鄭朋卻當上了黃門郎。
幾個月後，漢元帝又下詔：“國之將興，尊師而重傅，故前將軍蕭望之傅朕八年，道以經術，此功勞非小。其賜蕭望之關內侯，食邑六百戶，坐次將軍。”漢元帝正想倚重蕭望之，任蕭望之為丞相，正趕上蕭望之的兒子蕭極上書訟父親無罪，事下有司，複奏“蕭望之教子上書，稱引《詩經》，失大臣之體，不敬，請逮捕。”弘恭和石顯知道蕭望之平素誌節高尚，不肯受任何屈辱，便對漢元帝說：“蕭望之為將軍輔政，想排斥許、史二家，專擅朝政。幸得不被治罪，又賜以爵位，與聞政事，不悔過服罪，則聖朝天以施恩厚。”漢元帝說：“蕭太傅平素十分剛強，怎麼肯讓獄吏去審問他？”石顯便哄騙漢元帝說：“人命至重，蕭望之隻是犯了言語之罪，不會有什麼事。”漢元帝便同意了。石顯等見詭計得逞，立即將詔令交給謁者去敕令蕭望之接旨，一麵令太常趕快調發執金吾所屬軍隊包圍蕭望之的家。使者至，召蕭望之，蕭望之想自殺，夫人攔住了他，以為此非天子之意。蕭望之問門生朱雲，朱雲是個節烈之士，勸蕭望之自殺。於是，蕭望之仰天長歎，說：
“我曾經備位將相，年過六十，老而入獄，苟求活命，那樣不是太沒有一點骨氣了嗎？”之後便喝藥自殺了。漢元帝知道後大驚，說：“我本來就知道他不肯就牢獄。你們果然殺了我的師傅！”元帝當時正在吃飯，氣得連飯也吃不下，哭了起來。之後又召石顯等人問情況。石顯見奸意已逞，又摸透了元帝的脾氣，隻是免冠而謝。漢元帝雖然為師傅的死而悲傷，卻不知道將罪魁禍首石顯等人治罪，實在可悲。
行德累積王武周、三一
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