當即應承下來，指示毛邦初向諾蘭移交權力。在美軍購可是台灣的一樁肥得流油的大買賣，毛邦初起初不肯撒手，但抗拒“君命”會有什麼後果，他也想象得到。
1951年7月，台灣當局急需要4.8萬桶的航空汽油付款，卻發現毛邦初經手的空軍購料款項短少150萬美元，台北方麵開始調查。8月，國民黨當局開始對毛邦初起疑，遂命令毛邦初將采購軍機的款項轉移給諾蘭辦理。至此，毛邦初公開抗命，聲稱他的空軍副總司令兼駐美采購代表一職，是由李宗仁代總統任命的，由於李宗仁尚在美國滯留，所以他不接受來自蔣介石的“偽命”，同時把他所保管的包括空軍購料外彙以及中國銀行外彙全部提走，總數將近5000萬美金，並且遠走高飛，跑到墨西哥隱居起來。並且一不做二不休，潛逃之前把台灣如何在美國搞院外遊說，如何收買共和黨議員，以及諾蘭等如何向老蔣提供政治情報等內幕一股腦兒給端了出來。傳媒大嘩，民主黨趁勢發起反擊，提議組建專門機構，就台灣當局是否利用美國的援台專款在國會遊說一事進行調查，參議院就此還形成了決議。
毛邦初事件，是蔣經國對美“統戰工作”的一個重大敗筆。幸災樂禍的毛人鳳趕緊把關於毛邦初事件的詳細情報送到蔣介石案頭，期望蔣介石能據此查辦蔣經國。蔣介石雖然沒有如毛人鳳所期待的那樣真的查辦，但還是把蔣經國給紮紮實實地教訓了一通，弄得蔣經國好長一段時間抬不起頭來。
這件事激起了蔣經國的鬥誌，他決心要給毛人鳳點厲害看看。這時，毛人鳳的宿敵，國民黨情報老手鄭介民向蔣經國獻了一計：開辦訓練班，召訓新生及複訓保密、內調兩局現有乾部；在此基礎上，將兩局人員混編，以打破兩局長期以來的半敵對狀態，建立現代諜報體製，結束私人割據的局麵。
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這是對諜報係統的根本改革，也是對毛氏的“獨立王國”的根本動搖，非同小可，蔣經國不敢擅自拍板，必須蔣介石點頭。而要蔣介石點頭，並不是一件容易的事。恰巧這時發生了杜長城案，才使蔣介石不得不認可蔣經國的決策。
杜長城是國民黨內一個知名人士，曾在四平戰役中立有“戰功”。國民黨逃離大陸時，杜任國民黨“國防部”技術總隊隊長，負責破壞各種設施，阻滯解放軍前進；抵台初期，在“保衛大台灣”的口號下，技術總隊又設計出在海水中遇敵自動升起爆炸的多種詭雷，備受毛人鳳讚賞。毛人鳳有意提攜杜長城，想進一步委以重任。
杜長城卻非常貪心，當時正值陳誠以解放軍渡海作戰為假設，在台灣海峽搞了幾次“海上大爆破”的軍事演習，杜長城利用這個機會，亂造預算，貪汙了不少黃金，其中一部分送到毛公館，孝敬了毛夫人向影心。
在毛人鳳縱容下，杜長城還竟然異想天開，打算綁架蔣經國。誰知內情被蔣經國偵知，杜長城和他的親信多人被捕。軍法單位對如此大案不敢審決，將全部涉案名單上呈蔣介石。蔣介石一怒之下，用紅筆在呈文正麵的名單上打個括號，批示“一律槍決”。杜長城及涉案的另一個毛氏親信胡淩影沒能逃過此劫，成了蔣經國的槍下鬼。
毛人鳳一下子損失了兩員大將，已經是內裡空虛。而工於心計的蔣經國還是不露聲色，采取挖牆腳的辦法，來了個釜底抽薪。他將保密局二處處長葉翔之拉攏過來，委以重任。這樣一來，保密局內的眾骨乾也紛紛“跳槽”。眾叛親離後，毛人鳳就隻剩個光杆局長。
但毛人鳳也不是省油的燈。他得知蔣經國的行動後，一不做二不休，以蔣介石提倡的“整肅紀律”為由，將葉翔之收受賄賂170根金條的罪證搜齊後，準備親自呈報給蔣介石。
葉翔之慌了神，哭哭啼啼地找到蔣經國。蔣經國一驚，忙安慰道：“葉處長不用擔心，總統那裡我去說。這樣吧，你來我這裡，擔任大陸工作處處長。”旋即，他親自趕往蔣介石處，稱：“保密局有個高級特工葉翔之，由於家庭生活困難，收了一點禮，毛人鳳便要嚴辦他。我覺得此人是個人才，過去在大陸完成了許多重要任務，又是初犯，且已經退了賄禮，能不能網開一麵，讓他戴罪立功？”
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