第一時間，清政府高層就斷定這個案子不單純，“斷非該犯一人挾仇逞凶，已可概見”。
也就是說，清廷高層相信馬新貽是死於買凶殺人的“謀殺”，唯一的問題就是誰謀殺了他。
嫌疑人之一是晚晴著名的軍事家、政治家丁日昌。
當時有人舉報江蘇巡撫丁日昌之子曾卷入一宗違反軍紀的命案，馬新貽正是審理此案的負責人，丁日昌向馬新貽求情不成，因此買凶殺人。
但這個說法也很不合理。
馬新貽在辦案過程中並沒有針對丁日昌之子，所謂的雙方結仇一說並不成立。況且丁日昌人品正直，無論是治軍還是治家都很嚴格，很難想象他會去找馬新貽走後門，甚至買凶刺殺同僚。明眼人都把這個事當笑話聽，沒誰當真。
但張汶詳在被捕時喊的那句“養兵千日，用在一時”，卻像一根刺一樣，結結實實地紮在每個人的心上。
從這句話的語意上分析，張汶詳就是那個被“養”了千日的“兵”。但誰“養”了他，誰又“用”了他呢？
這裡麵的水可就太深了，牽扯到太多的矛盾和猜忌——中外之間、滿漢之間、南北之間、中央與地方之間，全都各懷鬼胎，彼此防範，牽一發而動全身，一不小心就會引火燒身，甚至造成整個局麵失控。
要想明白事情的嚴重性，我們就要跳出孤立看待“刺馬案”的狹隘視角，把這個謎團重重的刺殺案嵌入當時的曆史大背景中，搞清楚“刺馬案”發生時，清朝是個什麼情況。
這麼說吧，此前清朝是發自內心地認為自己要完蛋了——內有太平天國席卷江南，外有英法聯軍攻占北京。皇帝英年早逝，太後孤兒寡母，國內叛亂不斷，國外列強環伺。內外交困，風雨飄搖，朝不保夕，命懸一線，要人沒人，要錢沒錢，說的就是大清本清啊。
麵對內憂外患的糜爛局麵，清政府萬般無奈之下隻能咬牙放權給漢人，允許地方組織團練，以此來平定國內叛亂，抵禦外國侵略。
以曾國藩的湘軍為代表的漢人武裝集團強勢崛起，幾乎掌控了中國南方最精華、最富庶的地區，清朝中央反而成了可憐巴巴的弱勢群體。
曾國藩本人想做千古名臣，沒有什麼造反搞事的興趣，還主動裁撤湘軍，自己削弱自己。
但有些事卻並不以個人意願為轉移。
在平定太平天國的戰爭中，大量的湘軍官兵立功受賞，他們或身居軍隊高層，或執掌地方行政，或成為民間豪強，已經形成一張遍布江南各地的權力關係網。不管曾國藩願不願意承認，他的“湘係”已經成了讓清朝中央寢食難安的存在。所以當朝廷挺過了最艱難的時刻後，第一時間想到的就是“削藩”。
而馬新貽這個兩江總督，就是來乾這個活兒的。甚至還有傳言說馬新貽是奉慈禧的密旨，要暗中調查湘軍上下私吞太平天國寶藏的事。
其實此前清政府已經兩次試圖把曾國藩調離兩江，但都因時機不成熟而沒辦成。公元1868年，清政府調兩江總督曾國藩為直隸總督，以閩浙總督馬新貽補授兩江總督。直隸總督雖然名義上比兩江總督地位高，但其地處京畿地區，上有中央政府，下有順天府尹，位尊而權輕，更遠離湘軍的大本營，這是典型的明升暗降加調虎離山。
僅僅兩天之後，負責長江水師的湘軍元老彭玉麟也被免除職務，退休回家。江蘇巡撫丁日昌轉交了江南士紳請求曾國藩留任兩江總督的請願書，卻被朝廷劈頭蓋臉罵了一頓，可見朝廷“削藩”的意願有多強烈。
馬新貽接任兩江總督後，忠實執行了清政府“強化中央，削弱地方”的既定政策，雷厲風行地做了幾件事，包括裁撤湘軍，編練新部隊，追查曆年戰爭中的貪腐和假賬，嚴肅軍紀，嚴厲打擊退役後從事黑社會活動的湘軍士兵，等等。
裁軍是砸飯碗，查賬是掏錢包，掃黑是要你命。
馬新貽做的每一件事，都讓朝廷開心，也都讓湘軍上下不開心，然後他就被刺殺了。
站在清政府的角度上來看，我精挑細選派來“削藩”的得力乾將，剛剛取得了一點工作成果，然後人就沒了，你跟我說這裡麵沒事？
所以一直以來都有觀點認為湘係勢力才是“刺馬案”的幕後元凶，目的是乾掉馬新貽，重奪兩江總督，這就是“湘係奪權說”。
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