有一個主腦，而Reunion的本能又注定它們會尋找與自己相近的個體。如果他不能控製原初S型，對方遲早會來吞噬自己。
薩菲羅斯謹慎地觀察了一段時間，終於找到一個突破口。他發現原初S型空有強大的力量，卻沒有高等的智慧，因此更傾向於吸收和模仿自己的思維邏輯。這是一個好消息，一旦自己成為主腦就可以將對方掠奪的能量和物質納為己用。但原初S型擁有容量驚人的集體意識，個體的意識一旦進入其中就會像一滴水進入大海那樣消失無蹤，想要在其中保持自我甚至比在大海中維持一滴水的形狀更加困難。
於是薩菲羅斯的麵前僅剩下兩個選擇：要麼再一次使用黑魔石召喚隕星，將原初S型連同蓋亞一起毀滅；要麼由他主動去吞噬原初S型，奪下傑諾瓦集體意識的主控權。
事實上後者的失敗的概率遠遠高於前者，他唯一的勝算就是克勞德。早在兩百年前他就已經將自己的核心寄托在克勞德的思念中，並且無數次借助對方的記憶將自己從生命之流中搶救回來，他堅信克勞德如果知道自己的計劃一定會想方設法地來殺自己，而隻要克勞德來找自己，他就有機會去閱讀克勞德的記憶，去重拾那些強烈的愛意與恨意，去重曆他們在星球核心的戰鬥，然後找回最初的自我――在這個計劃完成之前，克勞德的性命甚至比他自己更重要。
薩菲羅斯拒絕了傑內西斯消滅原初S型的邀請，並且將計劃從直接奪取蓋亞的生命之流修改為奪取原初S型的主控權。顯然克勞德尚未意識到這點，因此仍在試圖犧牲自己拯救人類。他三番五次從死神手上將克勞德救下來，以至於被克勞德質疑起動機。他知道克勞德可能已經隱約猜到一點，卻從未打算把真相告訴對方。
直至最後一次行動中，克勞德用Ultima極大削弱了原初S型，並且試圖以被主動吞噬的方式汙染原初S型的意識，他才終於主動出手――他趕在克勞德被吞噬之前將對方救出，自己搶先跳進了原初S型中。
剛一進入原初S型的意識，薩菲羅斯就立刻消散在了巨大的信息海洋裡。他不僅沒能維持住自我，甚至也忘記了克勞德。
事實上在最初的十二個小時中，他所有的意識都已經化為碎片，連同情感和人格一起消失，在任何意義上都已經“真正的死亡”了。但另一方麵，原初S型如他預料中那般迅速吸收了他的思維邏輯，無知無覺地按照他的模樣重塑自己，提取全部能量供應他的新肉體，並且用剩餘的屍骸為他製造了那顆隕星。
於是在他為原初S型設計好的程序中，億萬個細胞就這樣逐漸死亡，原初S型的集體意識也因此不斷被削減，直至最後隻剩下唯一的一個。而克勞德的到來幫他將那些散落的碎片一片片地拚回，用自己的情感激活了他的人格，最終完整地將他從死亡邊緣帶回。
「――你想要的是什麼？」
薩菲羅斯終於從過去的記憶中抽離，忽然深深地吸了口氣。
他從兩百年前誕生以來從未如此接近成功，現在他終於做到了一切，卻並沒有太多喜悅，反而生出一種不可思議的感覺。
他曾花了二十五年的時間思考自己究竟是什麼，用兩年時間發現真相，用五年時間決定向星球複仇，又用了七十年重新思考自己的目標，最後用一百四十年得到了最想要的那個東西。
――他想要的是可以自由支配自己命運的權力。
他的誕生應該由自己支配，毀滅由自己支配，喜愛或憎恨的事物也該由自己支配。所以星球會毀滅，但是他會活下去，克勞德也會和他一起活下去。
他知道克勞德可能會痛恨他的決定，不過他還有無限的時光可以讓對方接受現實。即便克勞德將他再次送回生命之流也不會改變什麼，萬事皆已具備，他隨時可以再度複活，接下來隻要抽走星球核心裡剩餘的能量他就能將隕星加至逃逸速度，然後從蓋亞的生命之流中徹底解放。
薩菲羅斯等待了一整夜加一個白天，直到第二天的下午直升機才姍姍來遲。他仰頭望向大空洞上方的天空，那顆新生的月亮已經是第三次掠過頭頂。
由於它的軌道離地麵是如此之近，以至於晝間也能清晰地看到星體的形狀。每當巨大的銀白色星體從地平線上升起時，整片大地就會被籠蓋上一層淡藍色的陰影。
這讓薩菲羅斯想起從未親眼見過的傑諾瓦母星，在它的晚期也不斷重複著類似的光景。新月的存在仿佛一種告喪的死星，預示著當前的世界已經步入終點。
大約十分鐘後，直升機終於在環形山外的冰原上落地。薩菲羅斯察覺到克勞德已經進入了北大空洞，於是向深淵的頂部飛去。
由於大空洞底部在兩個月前被嚴重破壞，使得克勞德不得不盤旋片刻才找到地方降落。薩菲羅斯看到他的第一眼就生出一種奇怪的感覺，對方似乎變得比他記憶中的任何一個時刻都強，也比他記憶中的任何一個時刻都弱。這兩種矛盾的特質同時在克勞德身上顯現出來，讓他一時之間無法分辨他的人偶身上究竟發生了什麼。
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克勞德顯然也注意到他的變化，很長一段時間都在原地觀察他。正當薩菲羅斯考慮是否該由自己開啟話題時，對方終於率先打破沉默。
“你為什麼還在這裡？”
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