對於東林黨的謀劃，朱由校是非常清楚的，所以之前他就讓東廠、錦衣衛、齊楚浙三黨聯手與之抗衡，目的就是為了阻撓東林黨控製朝堂乃至控製全國，讓他重新走回爺爺萬曆皇帝的老路，乖乖的躲後宮去玩他的木匠活。
而打掉方從哲就是獨霸朝堂的開始，前世的朱由校過於年輕，而齊楚浙三黨因為涉及明末三大案在黨爭中一敗塗地。所以朱由校不顧事發定會被東林黨把控的全國輿論熱議的風險也要拉一把這三黨，無非就是自保，同時也不願意再次出現所謂的‘眾正盈朝’。
而作為被彈劾的對象，內閣首輔方從哲麻溜的從袖子中抽出一份早已準備多時且‘複印’了好多次的奏本，躬身高唱：“臣有罪，懇請陛下準臣告老還鄉。”
自宋興到明這兩代漢人政權，任何官員一旦被言官彈劾，都會先上一手告罪的把戲，隨後就會有大把的小弟跳出來替該官辯解，當然，自辯的也不在少數，但事後會被人所不齒，在之後的執政路上會被無數政敵所詬病，所以到了高位的官員，很少會出現自辯，除了前朝的張居正。
“不準！”朱由校言簡意賅的說道，正戲還未開鑼，如此容易就隨了你楊漣的心意，我這個少年天子的臉往哪擱。
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“臣禮部尚書孫慎行，彈劾方從哲老賊十五條大罪！”朱由校話音剛落，就有一個長須老頭立馬跳了出來，躬身彎腰將奏折高高舉起。
這就讓朱由校不得不處理了，否則這老頭肯定不會起身，等下就會有言官跳出來指責皇帝堵塞言路，不把天下文人放眼裡了。
“來人，呈上來！”
隨後，小太監將奏章上的內容講給了朱由校聽，聽完朱由校勃然大怒，他搶過彈劾奏章狠狠的摔在了禦階之上，衝著方從哲吼道：“方從哲你結黨營私，徇私枉法，收受賄賂，害死先帝，簡直十惡不赦。這些年你是就是這樣替先帝看守內閣的？你的罪證何止十五條，朕覺得孫卿都說少了。”
朝堂之上將近占據文官半數的東林黨人士一聽無不是興奮莫名，各個喜笑顏開的互相對視了一眼，期待之情溢於言表。不過他們的行為舉止全部落入到了站在朱由校身邊的魏忠賢眼中，他同樣也是咧開了嘴，笑的賊拉開心。
“紅丸案你是如何處理的？先帝屍骨未寒，你就想功成身退？門都沒有，咱們先來說說紅丸案，朕允許你自辯。”朱由校接著的一番話令東林黨眾人心中無不是咯噔一下，不對啊皇帝陛下，不該是馬上令廠衛上來剝掉方從哲的官服，將其押入詔獄，再讓三司會審的嗎？
一些聰明人已經想到皇帝是想通過方從哲的自辯中找尋蛛絲馬跡，好讓齊黨死的瞑目而已，看來這個小皇帝處理政事還是有點條理的，說明帝師孫承宗並不是一無是處的。
隨後，方從哲開始了自辯，將紅丸案的起因，經過，結果，敘述了一番，時不時有涉案人員站出來發表肯定或否定的意見。
而事件起因就是萬曆皇帝的貴妃鄭氏進獻了八名能彈會唱的美姬給先帝，而貪婪酒色的先帝笑納八姬後，遂縱情聲色、耽於逸樂，身體本就虛弱的先帝，這麼一通折騰下來，健康狀況更是急轉直下。不到十日更是“聖容頓減”，“病體由是大劇”。先帝不耐禦醫的循序漸進療法，於是轉令掌管醫藥的宦官崔文升診治。
八月十五日，崔文升進獻瀉藥大黃。先帝服藥後，一晚上腹瀉三四十次，直接病情危急。
二十三日，先帝病情已危急。鴻臚寺官員李可灼要求向先帝進獻仙丹，首輔方從哲不許。
二十九日，先帝傳見李可灼，李遂向先帝進藥。傍晚，李再進宮獻藥，九月初一五更先帝駕崩。
實際上這起事件起因就是鄭貴妃想要皇太後的名號，為先帝進獻了八名美女，色中惡鬼的先帝把持不住，連著多日縱情聲色，把身體搞虛脫了，加上用藥不當直接把自己搞成病危，隨後想通過吃仙藥救命，結果不幸吃了毒藥把自己給吃死了。
整件事情實際上清晰可見誰的責任最大？自然是先帝，作為皇帝是沒有錯的，那麼錯就錯在你首輔了。雖然你從中阻撓過，但是最後沒成功，那就是你的錯。
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