經過長期的戰爭，前線的戰事也一再受阻。蕭朝貴在一次攻打長沙的戰役中，被孫臏設計斬殺。而馮雲山也在攻打桂陽的時候，因箭傷感染，回到零陵後不治而終。
洪秀全在通過暗報得知，楊秀清已在交州獨掌大權，逐步開始清剿其他將領的心腹。
得到消息的洪秀全氣憤不已，遂派正在零陵休整的韋昌輝、石達開，返回交州交趾龍編城，平定楊秀清叛亂。
然而，韋昌輝和石達開，到達龍編城的時候，還是有些晚了。
楊秀清已經不顧情誼，攻進大賢良師府，斬殺了三分一，總計超過百人的天王家眷！
韋昌輝和石達開，來不及顧及長途奔襲之累，率眾迅速包圍楊秀清的部族，當場斬殺楊秀清。
不知道是因為憤怒，還是恐懼，亦或是殺紅了眼！
韋昌輝決定斬草除根，楊秀清家眷及其部將家屬，總共兩萬餘人，無一幸免！說句過分點的話，就連老鼠洞都被掏了至少三遍。整個屠殺過程持續了三月有餘。
也正是因此，石達開與韋昌輝開始決裂，經過了數次勸諫無果後，帶著心腹千餘人，離開交趾西進，正式離開了四分五裂的二代黃巾軍。
當洪秀全得知平定楊秀清叛亂的具體情況，以及石達開出走之後，也是扼腕歎息。但當下的局勢，洪秀全既沒有辦法分兵去控製交趾的事宜；也沒有精力派人追回石達開。
因為在二代黃巾軍暫停攻打武陵、長沙、桂陽三郡之後。
三郡組織了精銳部隊，反攻零陵。
而且長沙的孫策勢力，與桂陽的項燕勢力，也暫時放下各自的恩怨，組成聯軍同時出兵進攻零陵。
就連喪失武陵郡大半地域的，武陵郡太守金旋，也組織起四散的部隊，開始反攻。但二代黃巾軍，被孫策和項燕聯軍的牽製，根本就派不出大將前去迎擊，原本占領的武陵郡地盤，又再次逐步回到金旋之手。
孫策自任主將，以周瑜為軍師，帶領周侗、周勃、黃蓋，反攻零陵北部的昭陽、烝陽等地；孫臏三萬水軍守衛長沙北疆，防備江夏的黃祖趁機南下；程普、韓當率軍在長沙、桂陽邊境駐防，以防止項燕偷襲。
項燕軍，由項羽任主將，範增為軍師，虞子期、鐘離昧、桓楚等大將，進攻零陵南部的冷道、營道、營浦等地；項燕、項伯駐守耒陽，防備孫策；項梁、項莊駐守桂陽東南，觀望揚州豫章郡、交州南海郡。
這對洪秀全造成了很大的壓力，石達開的離開，韋昌輝清繳楊秀清之後的尾大不掉，都對本就因為缺糧而撤兵的二代黃巾軍，造成了巨大的壓力。
無奈之下，洪秀全緊急從家族後輩中，提拔起來十數員本族子弟，作為將軍統兵防禦孫、項聯軍。至於軍糧，隻能從百姓身上刮撿。這也讓各地欺壓百姓的無賴得到了機會，從百姓身上刮撿下來的物資，被這些無賴逐漸扣押。
起初這些無賴還隻敢扣押一成不到，但當他們發現即便扣押了物資，也僅僅隻是被罵一頓，並沒有足夠分量的將領前來調查後，膽量也越來越大。
到到後麵，他們甚至敢扣押七成以上，隻有不到三成送去前線。
直到有一次一個無賴足足扣押了九成，洪秀全實在無法忍受，派自己文不成、武不就的兒子，帶一萬老弱殘兵，就前往調查。
最後老弱殘兵因為吃不飽飯，還被鞭笞而反叛。洪秀全的兒子，也死在了那個扣押九成軍糧的無賴手中。
這一下，零陵郡各地的地皮無賴，再也不顧及洪秀全的積威；大肆刮撿地皮依然存在，但再也沒有任何一粒糧食送往前線了。
原本指望二代黃巾軍，帶領他們反抗殘暴氏族的百姓們，在代表百姓的黃巾軍內部，再次爆發了起義！
而組織這一場起義的人，名叫張士誠，和他一同一起的還有他的弟弟，張士義、張士德、張士信、呂珍、李伯升、卞元亨、朱定。
這一混亂，讓足足人口百萬人口的零陵郡，損失了超過三分之一的人口。
腹背受敵，加上斷糧的二代黃巾軍，徹底嘩變。
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