在接下來的《三體》的故事以當時世界上一大批最優秀最頂尖的科學家自殺開始，引出了神秘組織科學邊界。這個組織的成員多是高級知識分子，宣揚科學的儘頭，對於科學信仰已經動搖。
汪淼和史強在調查中接觸到《三體》VR遊戲，終於了解三體星球究竟是怎麼回事。
原來，那個星係有三個恒星，時刻處於不穩定狀態。
大量的新奇設定如潮水一樣湧來，比如三體星人的進化，三體星為未來抵抗高溫的脫水、人列計算機，思想鋼印……讓正在閱讀的姚海南瞳孔一陣陣放大。
隨著調查的深入，葉文潔再次出現，她已經是ETO的精神領袖，並向汪淼坦白了自己的紅岸基地往事和究竟是如何同三體聯係的。
然後就是揭秘一係列頂級科學家自殺的真相。
原來，三體星人是用一顆智子鎖死了人類的基礎科學，並進行超級監控。
所謂智子，就是將質子進行二維展開、蝕刻電路後改造而成的高維智能粒子，既能以光速在宇宙中傳遞信息、進行乾擾，又能化身為宏觀可見的幻象（如“幽靈倒計時”）。
簡單說來，就是一顆智子無限展開，包裹整個地球，讓人類所有基礎物理學的研究數據都被修改和刪除，科技被鎖死。同時，還能時刻監視，製造幻象。
人類的科學研究到這時，已經無法取得任何進步。
這是何等絕望，這也是為什麼一大批頂尖科學家選擇自殺的原因。
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同時，三體艦隊正用十分之一光速的速度朝地球駛來，預計四百年後會進入太陽係，人類的滅亡進入倒計時。
同時，又有一個危機出現。ETO核心成員伊文思的巨輪正駛入太平洋，攜帶著大量三體信息。
警察大史提出了一個瘋狂的計劃，利用納米材料專家汪淼研發的超強度納米材料飛刀，在巴拿馬運河上布下切割網，把伊文思的巨輪切成碎片，截獲了三體人的信息。
在截獲的三體信息中，三體人輕蔑地對地球人說：“你們是蟲子。”
《三體》第一部的故事最後，葉文潔最後來到了紅岸基地
同時，太空深處，三體艦隊還在浩浩蕩蕩出發，四百年後就會降臨，人類的生死存亡麵臨挑戰。
……
稿子終於看完，姚海南長長地吐了一口氣。
窗外天色已暗，不覺中一天過去，已經到了下班的時候。
其他編輯還在定睛看著電腦屏幕，神色都是凜然。
編輯們看的就是看稿子的工作，閱讀速度都非常快。像《三體》這種三十萬字的稿件，落他們手上，一目十行，也就幾個小時的事情。但這本書實在太精彩，你讀的時候，會不知不覺慢下來，慢下來，然後細細咂摸其中的味道，這大約就是沉浸式閱讀吧。
已經很久很久沒有這麼看過書，真令人愉快。
“真是驚心動魄啊。”一個資深編輯說：“剛開始的時候，我還以為葉文潔是主角，沒想到鏡頭一轉來到現代，主角變成了汪淼和大史。故事也從外星人變成了，頂尖科學家自殺的迷案。隨著調查的深入，ETO組織浮出水麵，三體文明重新出現，葉文潔再次出現的時候已經成為配角。等到整個世界都為你閃耀的那一段，我真的是被震驚到了。”
另外一個編輯插嘴：“真不知道大劉的腦子是怎麼做的，連智子鎖死人類科技的點子都想得出來。”
小劉：“裡麵的新鮮點子實在太多，比如人列電腦，三顆恒星，用太陽做信號放大器，相比之下，最後部分的飛刀也不算什麼。”
“什麼也不算什麼，就飛刀那個靈感，換成我，都能單獨寫一本小說。”有編輯插嘴：“這本書裡的任何一個點子拆出來都能單獨成書，結果被大劉不要錢似地塞進一部小說，真是浪費。”
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