顯微鏡帶來的震撼，如同投入平靜湖麵的巨石，激起的漣漪迅速擴散至整個朝堂，乃至金陵城的每一個角落。
“蟲蠱之說”、“喝開水防時疫”以皇命政令的形式，以前所未有的力度推行開來。京營、衙門、乃至一些大戶人家，都開始紛紛置辦更大的爐灶，將飲用沸水作為頭等大事。順天府的衙役們更是走街串巷，宣講衛生之道，雖然多數百姓仍覺得麻煩且將信將疑，但帝王的嚴旨和那被傳得神乎其神的“能看到無數小蟲”的仙器，還是讓大部分人選擇了服從。
然而，在這股由皇權強力推動的新風之下，暗流開始湧動。
首先發難的，並非後宮殘餘，而是自詡為儒家正統、秉持“子不語怪力亂神”的文官清流集團。
這一日，朝會之上。
朱元璋心情原本頗佳，正聽著戶部彙報推廣沸水爐、采購藥材的進展。突然，一名身著禦史官袍、麵容清臒、神色肅穆的中年官員手持玉笏，大步出班，噗通一聲跪倒在金鑾殿中央，聲音高昂悲愴：
“陛下！臣，監察禦史方孝孺，有本死諫！”
方孝孺！這個名字一出，滿朝文武皆是一靜。此人是當代大儒宋濂的弟子，以學問淵博、品行剛直、恪守古禮而聞名，在清流之中極具聲望。
朱元璋的好心情瞬間消失，眉頭皺起：“方禦史，你有何本要奏？若是為防疫新政，便不必多言了，此事咱意已決！”
方孝孺卻猛地以頭叩地，砰砰作響，聲淚俱下：“陛下！正為此事！臣聞近日宮中出一異人，以奇技淫巧之物，妄言什麼‘蟲蠱致病’，蠱惑聖聽，更挾此以令天下，勞民傷財，大興爐灶，致使民間怨聲載道，士林嘩然！此等荒謬之言，違背聖賢之道，背離陰陽五行之理，實乃禍國之兆！臣懇請陛下，立刻廢止荒謬新政，逐黜妖言惑眾之奸佞，以正視聽，以安天下民心！”
他這番話，引經據典，將自己擺在了維護聖賢正道、為民請命的高位上，直接將林奇打成了“異人”、“奸佞”，將顯微鏡和防疫政策定性為“奇技淫巧”、“荒謬之言”。
有了他帶頭，立刻又有七八名言官和翰林院清流官員出班跪倒，齊聲附和：
“陛下！方禦史所言極是！子曰：‘敬鬼神而遠之’，豈可尊奉蟲蠱邪說？”
“《黃帝內經》有雲：‘正氣存內，邪不可乾’，疾病乃陰陽失調所致，與蟲蠱何乾？此乃歪理邪說！”
“煮沸飲水，或可去其寒性，然言可防時疫，無稽之談！徒耗柴薪，增加民負耳！”
“請陛下誅佞臣，廢邪說！”
一時間，金鑾殿上唾沫橫飛，仿佛林奇和新政成了十惡不赦、動搖國本的禍根。他們不敢直接指責朱元璋，便將所有矛頭都對準了尚未有正式朝會資格的林奇。
端坐龍椅之上的朱元璋，臉色已經陰沉得能滴出水來。他早就料到會有人反對，卻沒想到是以這種“死諫”的方式，而且帶頭的是方孝孺這等清流領袖。這讓他感到極度不耐煩，卻又不能像對待普通官員那樣直接打殺了事，這些人最重的就是名聲，殺了他們反而成全他們的“清名”，還會寒了天下士子之心。
“都給咱閉嘴！”朱元璋猛地一拍龍椅扶手，發出巨響，震得殿內嗡嗡作響，“蟲蠱之事，乃咱親眼所見！顯微鏡下，萬千蟲蠱蠕動，豈能有假？！防疫新政，是為了救民於時疫水火，豈容你等在此聒噪！”
方孝孺卻梗著脖子，毫不退縮：“陛下！縱有奇器可見微物，然此物是真是假，是幻是實，皆由那異人一言而定！誰知是否為幻術欺君？即便真有微蟲，又如何證明其便能致人疾病？聖賢經典從未記載！此乃以未知之奇技，動搖已知之聖道！臣恐此例一開，後世奸佞紛紛效仿，以奇技淫巧取悅君王，則國將不國矣！臣今日寧可血濺金鑾，也絕不容許聖道蒙塵！”
這話就極其誅心了，直接將爭論拔高到了“聖道”與“奇技”、“正道”與“奸佞”的意識形態鬥爭層麵。
朱元璋氣得額頭青筋暴跳，恨不得立刻讓錦衣衛把這群酸儒拖下去砍了。但他知道，對付這些人，光靠殺人不行。
就在朝堂之上僵持不下、火藥味濃烈至極之時，一名太監匆匆走到禦前，低聲稟報了幾句。
朱元璋聞言，陰沉的臉上忽然露出一絲奇異的神色，他冷哼一聲，對著下方跪倒一片的官員們說道：“好！你們不是要證據嗎？不是不信蟲蠱能致病嗎？咱今天就讓你們心服口服！退朝！所有五品以上官員，都給咱移到東宮校場！”
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