在奏疏中，他還列舉了曆史上因暴政而亡國的例子，希望秦二世能引以為戒。
然而，秦二世早已被趙高迷惑，對李斯的勸諫充耳不聞。
他反而質問李斯：“朕即位以來，盜賊日益猖獗，你身為丞相，卻不能加以製止，這是為何？”
趙高趁機在一旁煽風點火：“丞相久居高位，權勢日盛，或許早有不臣之心，他對陛下的政令陽奉陰違，才導致局麵如此難以收拾。”
秦二世聽後，對李斯的不滿愈發強烈。
李斯意識到自己處境危險，卻仍不甘心坐以待斃。
他與右丞相馮去疾、將軍馮劫商議，決定聯名上書，再次勸諫秦二世。
他們在奏疏中寫道：“關東盜賊並起，朝廷發兵誅擊，所殺甚眾，然猶不止。盜賊多，皆以戍漕轉作事苦，賦稅大也。請且止阿房宮作者，減省四邊戍轉。”
他們希望通過停止阿房宮的修建，減輕百姓負擔，平息民怨。
秦二世看到奏疏後，勃然大怒。
趙高更是在一旁添油加醋，誣陷李斯等人謀反。
秦二世下令將李斯、馮去疾、馮劫逮捕入獄。
馮去疾和馮劫不願受辱，自殺身亡，而李斯則被趙高嚴刑拷打，逼他承認謀反。
在獄中，李斯受儘折磨，被打得遍體鱗傷。
他本想上書秦二世為自己辯解，詳細陳述自己對秦國的忠誠和為國家所做出的貢獻，從入秦以來協助秦始皇統一六國，到製定各項製度鞏固秦朝統治，樁樁件件，皆是他的心血。
然而，獄吏早已被趙高收買，他的奏疏被扣留，根本無法送到秦二世手中。
李斯心中悔恨交加，他想起自己年輕時的雄心壯誌，想起在荀子門下求學時的意氣風發，想起輔佐秦始皇成就霸業時的榮耀與自豪。
他曾以為自己能名垂青史，成為一代賢相，卻因一時貪念，與趙高同流合汙，不僅害了自己，也將秦國推向了滅亡的邊緣。
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如今，他已無力回天，隻能等待命運的審判。
趙高為了坐實李斯謀反的罪名，還派人假扮成禦史、謁者、侍中，輪番審訊李斯。
隻要李斯翻供，就對他嚴刑拷打。
後來，秦二世真的派人來核實李斯的口供，李斯以為還是趙高的圈套，不敢再改口，隻能含冤承認謀反。
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