宗城內，勝利在望。
然而，就在戰局即將明朗之際，東漢朝廷的腐敗再次影響了前線戰事。
當時，宦官左豐奉命前往冀州視察軍情，此人素來貪婪，希望盧植能向其行賄。
盧植性格剛正不阿，認為“軍餉乃士兵性命所係，豈能私用行賄”，斷然拒絕了左豐的要求。
左豐懷恨在心，回到洛陽後向漢靈帝誣告盧植“作戰不力，故意拖延戰局”。
漢靈帝昏庸無能，不辨是非，當即下令將盧植召回洛陽，革職查辦，改派董卓接替其職位。
盧植的離去，成為冀州戰場的轉折點。
董卓雖為武將，卻缺乏盧植的戰略眼光與治軍能力，上任後盲目冒進，導致漢軍大敗，黃巾軍趁機突圍，冀州戰局陷入混亂。
直到後來皇甫嵩接替董卓，沿用盧植此前製定的策略，才最終平定了冀州的黃巾之亂。
而盧植雖因讒言蒙冤，但他在平定黃巾之亂中展現出的軍事智慧與剛正品格，卻贏得了朝野上下的廣泛讚譽，也讓世人看到了“儒將”的真正風采——既有文人的風骨，又有武將的謀略。
盧植被召回洛陽後，幸得朝中大臣皇甫嵩、王允等人的力保，才免於死罪，改判“減死罪一等”，貶為庶民。
但他並未因此心灰意冷，而是回到家鄉涿郡，繼續以講學為生，等待為國效力的時機。
公元189年，漢靈帝駕崩，少帝劉辯即位，外戚何進輔政，東漢朝廷的政治鬥爭再次升級。
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何進為鏟除宦官勢力，暗中召董卓率軍進京。
盧植得知此事後，立即從涿郡趕赴洛陽，當麵勸諫何進：“董卓為人殘暴，野心勃勃，若召其進京，必為禍亂之源，不如早日打消此念。”
然而，何進剛愎自用，不聽盧植的勸告，堅持召董卓入京。
不久後，何進被宦官殺害，董卓趁機率軍進入洛陽，控製了朝政，開始了“廢立皇帝、屠戮百姓”的獨裁統治。
董卓掌權後，為鞏固自己的地位，決定廢黜少帝劉辯，改立陳留王劉協（即漢獻帝）。
他在朝堂上召集文武百官，宣布自己的決定，滿朝文武皆因畏懼董卓的權勢而不敢反對，唯有盧植挺身而出，厲聲說道：“昔太甲既立不明，伊尹放之桐宮；昌邑王嗣位，淫亂無度，霍光廢之。今上富於春秋，行未有失，非前事之比也。”
盧植的話，既引用儒家經典中的“伊尹放太甲”“霍光廢昌邑王”典故，說明廢立皇帝需有正當理由，又直接指出少帝並無過錯，董卓的行為不合禮法，堪稱“冒天下之大不韙”。
董卓見盧植竟敢當眾反對自己，勃然大怒，當即下令將盧植處死。
幸得侍中蔡邕（蔡文姬之父）與議郎彭伯求情，蔡邕對董卓說：“盧尚書海內大儒，人之望也。今先害之，天下震怖。”
董卓雖殘暴，但也深知盧植的聲望，若將其殺害，必失天下民心，於是便赦免了盧植，將其貶為庶民，勒令其離開洛陽。
盧植深知洛陽已是是非之地，若繼續停留，必遭董卓迫害。
他在被貶後，並未回到家鄉涿郡，而是選擇前往幽州（今河北北部、遼寧南部一帶）隱居。
當時的幽州，雖遠離洛陽的政治旋渦，但也已陷入軍閥割據的混亂之中——公孫瓚（盧植的弟子）與袁紹正在爭奪幽州的控製權，百姓流離失所。
盧植在隱居期間，並未置身事外，而是時常向當地官員提出“安撫百姓、穩定秩序”的建議，力所能及地幫助流離失所的百姓，展現出儒家“達則兼濟天下，窮則獨善其身”的處世之道。
公元192年，董卓被王允、呂布誅殺，東漢朝廷暫時恢複了表麵的穩定。
漢獻帝念及盧植的忠誠與功績，下令征召盧植回京，任命其為尚書。
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