用兵，加之晉軍士氣高昂，叛軍很快陷入被動。
不久，王敦在軍中病逝，叛軍群龍無首，迅速潰散。
司馬紹乘勝追擊，誅殺王含、錢鳳等叛軍首領，平定了這場持續兩年的叛亂，徹底清除了王氏集團的叛亂勢力，鞏固了東晉的統治。
經此一役，司馬紹的威望大增，皇權得到了極大的提升，“王與馬，共天下”的格局被打破，門閥勢力受到遏製，東晉政權逐漸走向穩定。
平定王敦叛亂後，司馬紹並未沉溺於勝利，而是迅速將精力投入到治國理政之中，推行了一係列旨在恢複生產、穩定社會、加強中央集權的措施。
在經濟上，經曆了多年戰亂，江南地區的農業生產遭到嚴重破壞，流民遍地，民生凋敝。
司馬紹下令減免賦稅，安撫流民，鼓勵農民開墾荒地，同時興修水利，改善農業生產條件。
他還注重減輕百姓負擔，禁止地方官員橫征暴斂，使得江南地區的經濟逐漸得到恢複，社會秩序趨於穩定。
在政治上，司馬紹吸取了西晉滅亡與王敦叛亂的教訓，著力加強中央集權。
他一方麵繼續重用王導、溫嶠、郗鑒等賢能大臣，充分發揮他們的才乾，同時平衡各方門閥勢力，既不刻意打壓門閥，也不允許其過度專權；另一方麵，他重視宗室力量，封其弟司馬昱為琅邪王，讓其參與朝政，以增強皇權的根基。
此外，司馬紹還整頓吏治，嚴懲貪官汙吏，選拔有才能的寒門子弟入朝為官，打破了士族對仕途的壟斷，為東晉的政治注入了新的活力。
在軍事上，司馬紹深知北方胡族政權是東晉的最大威脅，因此十分重視邊防建設。
他任命郗鑒、庾亮等人為邊將，加強長江沿線的防禦，同時訓練禁軍，提升軍隊的戰鬥力。
針對北方流民武裝，司馬紹采取“撫納”政策，將其改編為正規軍，既解決了流民的安置問題，又增強了東晉的軍事力量，為日後抵禦胡族南下奠定了基礎。
司馬紹不僅是一位有作為的君主，還是一位頗具文化修養的統治者。
他自幼博覽群書，精通經史，擅長書法、繪畫，其書法作品“遒勁有力，頗具魏晉風骨”，被後世書法家所稱道。
他重視文化教育，下令修繕太學，招收學子，推廣儒學，以傳承華夏文明。
在他的倡導下，江南地區的文化逐漸複蘇，玄學、文學、藝術等領域均有長足發展，為“魏晉風度”的延續與發展做出了貢獻。
然而，天不假年，這位才華橫溢、頗有作為的年輕皇帝，卻在事業蒸蒸日上之時，不幸染病。
太寧三年（公元325年）閏八月，司馬紹病重，臨終前，他召集王導、溫嶠、郗鑒等大臣，托付後事，立其子司馬衍為皇太子，命諸大臣輔政。
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他告誡諸臣：“吾少遭多難，賴諸卿之力，克平禍亂，安社稷。今吾將去，太子幼弱，望諸卿儘心輔佐，勿負朕望，勿使晉室複遭傾覆。”
言畢，崩於建康宮中，年僅二十七歲，在位僅三年。
諡號“明皇帝”，廟號“肅祖”，葬於武平陵。
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