賞東宮後池，乘舟采摘芙蓉時，姬人不慎蕩舟，導致蕭統失足落水。
雖被及時救出，卻傷及大腿，從此一病不起。
這場意外的落水，不僅損害了他的身體健康，更讓他原本抑鬱的心情雪上加霜。
在病榻之上，蕭統始終未能得到父皇的諒解與探望，內心的憂懼與痛苦日益加劇，病情也隨之不斷惡化。
同年五月七日，年僅三十一歲的蕭統在東宮病逝，諡號“昭明”，史稱“昭明太子”。
這位深受朝野愛戴的儲君英年早逝，令天下百姓悲痛不已。
據說蕭統去世的消息傳出後，建康城內百姓自發罷市致哀，哭聲震天；偏遠州縣的百姓也紛紛為他立祠祭祀，足見其仁德之名深入人心。
梁武帝雖因之前的嫌隙對蕭統心存不滿，但麵對太子的突然離世，也深感痛惜，下令厚葬於安寧陵。
蕭統的早逝引發了梁朝的儲位危機。按照封建宗法製度，應立蕭統長子蕭歡為太子，但梁武帝因“蠟鵝事件”的餘怨，加之擔心“少主主大業”，最終放棄了立蕭歡為儲的打算，轉而冊立晉安王蕭綱為太子。
為了補償蕭統一係，梁武帝將蕭統的諸子皆封於大郡：蕭歡封豫章王，蕭譽封河東郡王，蕭詧封嶽陽郡王，蕭譬封武昌郡王，蕭譼封義陽郡王，女兒視同正主，太子妃蔡氏待遇不變。
但這一“廢嫡立庶”的舉措，為後來梁朝的內亂埋下了隱患。
蕭統雖未及登基稱帝，但其身後的影響卻跨越了時空，綿延千年。
天正元年（551年），侯景之亂爆發後，蕭統之孫蕭棟被擁立為帝，追尊蕭統為“昭明皇帝”；大定元年（555年），蕭統第三子蕭詧在西魏的支持下建立西梁，定都江陵，再次追尊蕭統為“昭明皇帝”，廟號“高宗”，將其祭祀於太廟之中，使其在死後獲得了帝王之尊。
更為深遠的是蕭統在文化領域的影響。
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《昭明文選》作為中國文學史上第一部係統性的詩文總集，自問世以來便備受推崇，成為曆代文人學子必讀的經典之作。
唐代以詩賦取士，《文選》更是成為科舉士子的重要參考書，“文選學”應運而生，成為專門的學術門類。
從李善注到五臣注，再到後世無數的校勘、箋釋之作，《文選》始終是古典文學研究的核心文獻之一，其選錄標準與編纂體例，深刻影響了後世的文學選本編纂，如《玉台新詠》《文苑英華》等皆受其啟發。
蕭統的仁德與才情，也通過民間傳說與曆史遺跡得以代代相傳。
在江蘇江陰顧山，有一棵千年紅豆樹，相傳是蕭統編纂《文選》時親手種植。
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