對於藏巴汗使臣的辯解，禮部尚書陳經邦並沒有同意，大明在之前就做好了功課，當年肅宗皇帝確實是有這麼一道上諭，但是這並不是藏巴汗對帕木竹巴政權用兵的理由，未經大明準允，就對大明所冊封的土司首領用兵，這是絕對的僭越，除此之外，大寶法王也是大明所欽賜的活佛，儘管藏巴汗沒有主動迫害格魯派，但是卻放縱了噶瑪派迫害格魯派，這點恐怕是難辭其咎的。
麵對陳經邦的責問，藏巴汗的使臣自然是百般辯解，稱噶瑪派的勢力在烏斯藏極大，藏巴汗作為土司，是很難對抗其的力量的，而且宗教勢力之間的鬥爭，藏巴汗作為世俗統治者，是不好插手的。
大學士羅萬化這才起身問道：“如你所言，爾主藏巴汗並不對大寶法王予以加害了？可是如此？”
藏巴汗的使臣趕緊說道：“閣老說的極是，大寶法王也是活佛，我主不敢加害。”
羅萬化立即問道：“若此時，天朝欲使大寶法王重返烏斯藏，爾主能確保大寶法王的安危乎？”
羅萬化要求藏巴汗保證大寶法王在烏斯藏的安全，一旦大寶法王在烏斯藏有任何問題，大明惟藏巴汗是問，麵對大明的這個要求，藏巴汗的使臣是有些為難的，因為對於藏巴汗來說，儘管他本人和格魯派的矛盾並不大，但是現在藏巴汗的政治盟友畢竟是噶瑪派，而藏巴汗之前對於噶瑪派迫害格魯派的事情，也是采取了睜一隻眼閉一隻眼的態度，甚至是放縱，現在大明要求大寶法王回到烏斯藏去，必然是會引起噶瑪派的極大不滿。
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這點藏巴汗和他的使臣是很清楚的，而且格魯派和帕木竹巴的關係很密切，這次又是借了大明的勢，一旦回到烏斯藏，肯定是有極大的影響力的，對於藏巴汗來說，這種事情未必是好事，而且對於藏巴汗來說，大明將大寶法王的安危交給藏巴汗來負責，實際上就是給藏巴汗埋了一枚定時炸彈。
格魯派和噶瑪派之間矛盾重重，絕對不是大明皇帝一紙詔書就可以製止的，兩派僧人和信眾之間，積怨甚重，動輒刀兵相向，已經是非常正常的事情了，這些教派之爭，可不是鬥嘴，他們是真的要動刀子的，何況兩派之間的矛盾就極深。
格魯派自然是新興的教派，在烏斯藏很很多的擁躉，但是噶瑪派作為烏斯藏老牌的教派，畢竟在烏斯藏根深蒂固，這點是格魯派暫時無法撼動的，現在藏傳佛教的很多製度，都是噶瑪派所創立的。如噶瑪拔希圓寂後開始轉世製度，開藏傳佛教乘願“轉世”的先河。此辦法後被各派廣泛襲用，並不斷完善，形成一套嚴格的製度。噶瑪拔希的轉世讓迥多吉為藏傳佛教的第一位轉世活佛，那頂金邊黑色僧帽就成為以楚布寺為根本道場的這個轉世係統的傳承珍寶，楚布寺成為創立藏傳佛教轉世製度的第一座寺廟。
同時也是最先得到朝廷冊封的教派，不管是前元朝廷還是大明太祖、成祖，都曾經冊封過噶瑪派的活佛，大明也承認噶瑪派在烏斯藏的地位，正是因為如此，大明朝廷儘管支持格魯派，但是並沒有因此打擊噶瑪派的，大明朝廷的目的是很明確的，就是恢複之前格魯派在烏斯藏的地位，迎回大寶法王，藏巴汗也確保活佛在烏斯藏的安全。
此事對於藏巴汗來說自然是極為頭疼的，大明要大寶法王重回烏斯藏，並且要求藏巴汗保證大寶法王的安全，一旦因為教派衝突導致大寶法王出現什麼意外，大明就可以以此為由對藏巴汗用兵了，這對於藏巴汗來說是極為不利的，麵對羅萬化的這個要求，藏巴汗使臣顯得極為為難。
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