對於朱載坖來說，這次借由李三才案再度明確了朱載坖的態度，對於朦朧推升和結黨，朱載坖是絕對不能容忍了，這點是朱載坖一直以來所明確的態度，而西域的戰報也抵達了京師，戚金統帥官軍，攻克了葉爾羌城，生擒葉爾羌汗阿布都克裡木，正在解送京師。
同時臧巴汗政權也再次派遣使臣，向大明上表請封，藏巴汗希望大明能夠冊封藏巴汗，承認藏巴汗和帕木竹巴政權在烏斯藏各自的勢力範圍，迎回大寶法王，大明朝廷派遣駐藏大臣等，都是可以答應的，對於藏巴汗的乖覺，朱載坖還是很滿意，朱載坖命令禮部商量冊封一事。
還有給土默特部下旨，要他們準備護送大寶法王，理藩總署也要擬定駐藏辦事大臣的相關職責，加強朝廷對於烏斯藏的控製，包括派遣駐軍的規模，輪換方式等，這些則是要和參謀軍務總署商量。
對於朱載坖來說，現在比較重要的就是內地經濟的發展問題，現在雖然實施了官員更易的辦法，但是這些辦法都是緩不濟急的，對於對於朝廷來說，現在是要為各個內陸省份的發展進行思考的時候了，這點朱載坖還是很清楚的，之前戶部尚書龐尚鵬也上疏討論過此事，對於朝廷來說，在財政有限的情況下，對於這些地方的發展問題，還是要分門別類予以討論。
各個省份的資源稟賦不同，基礎設施不同，所要采取的各種措施就不同，此事應該是地方官府為主，朝廷為輔，朝廷自然是可以對於這些地方官府進行補貼的，但是要根據朝廷的財力，能夠達到了目的等，進行不同的規劃，朱載坖將龐尚鵬的奏疏下內閣以及部院商議。
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在這種情況下，朝廷內部對於此事又開始討論起來，朱載坖現在玩這些套路是很熟悉的了，先是利用現在沿海和內陸省份經濟發展不均的這個問題挑起朝廷的熱議，然後又將接著拋出谘議院的提案，要建立大明的民意機關，而在此時，朱載坖借由李三才上疏一事發作，一來是借此機會再次敲打朝臣們，二來就是轉移朝廷對於谘議機構和地方經濟的關注。
在朝廷關注李三才案的時候，朱載坖已經批準了內閣所起草的谘議則例，並且任命楊俊民負責組織籌建谘議機構，同時從都察院抽調了相應的禦史，到這些試點的地方去監察谘議委員的推選過程，保證按照谘議則例的規定推選谘議委員。
而現在朱載坖自然是要回頭來處理地方經濟的問題了，朱載坖之所以要對此事拖一段時間來解決，主要是要等各地地方督撫、布政使等官員的奏疏們上來，他們作為地方大員，對於經濟發展是負有責任的，同時他們也熟悉當地的情況，能夠為朝廷提供相應的信息。
朱載坖於是決定親自主持國務會議，召集內閣、部院、科道官員一道商量有關地方經濟的事情，最近以來，不管是在內閣還是在朝廷上，有關地方經濟的問題一直就是朝廷的熱點問題，申時行為此也和沈鯉、王家屏、陳於陛等人商量過多次了，申時行認為，現在對於朝廷來說，海關關稅是最為重要的賦稅，也是朝廷的財政支柱，所以在這種情況下，申時行等人認為，要優先保證朝廷的賦稅增加，保證關稅，大力發展沿海的工商業。
而內陸省份就可以憑借為沿海省份提供原料等獲得收益，同時獲取資金的積累，逐步發展工業，這樣的主要好就是朝廷不必過多的進行乾預，同時朝廷也不必過多的進行投資，這樣的話逐步發展內陸的工商業。
但是這點遭到了沈鯉等人的堅決反對，他們認為朝廷必須要乾預經濟發展，沿海和內陸省份是不同的，沿海本來就經濟發達，富商巨賈多，有充分的資金積累，能夠依靠民間的資金發展工商業，而內陸省份則是相對貧瘠，他們本來就缺乏資金，即便是內陸省份的這些地主士紳，他們看似家財萬貫，但是實際上構成他們財產的主要內容是土地，他們手中的資金是不多的。
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