儘管朱載坖之前對於內閣進行了一定程度的規範，同時也確定了內閣作為朝廷的決策機構這一重要地位，但是內閣仍然和前代的宰執機構是有很大的區別的，首先就權力上的區別，內閣的所有權力都來自於皇帝的授予，而不是製度所決定的。
如唐宋的政事堂和中書門下，是很典型的宰執機構，其基本特征是宰相有了裁決政務的常設機構，中書門下或者是政事堂成為最高決策兼行政機關，超然於三省之上。政事堂號中書門下，列五房於其後：一曰吏房，二曰樞機房，三曰禮房，四曰戶房，五曰刑禮房，分曹以主眾務焉。
而內閣並沒有這麼多的僚屬，而且也不能直接處理政務，原本唐宋宰執的權力實際上被分成了兩個部分，也就是內閣的票擬和司禮監的批紅，內閣擬票之後，必須要司禮監批紅之後才能夠生效，所以內閣的權力比之政事堂或者是中書門下來說，其實是非常之小的。
朱載坖和太子說起此事的原因就是很簡單的一個問題，大明需要一個什麼樣的內閣，這是朱載坖一直在思考的問題，從大明的法理來說，對於內閣的定位是輔臣，也就是輔佐皇帝處理政務的臣子，並非宰執，因為太祖皇帝有過祖訓，大明是絕對不會設立宰相的。
這個祖訓主要是為了防止出現權臣，但是從實際情況來看，並沒有什麼卵用，這個祖訓最大的目的就是使得部院有理由對內閣加以詰問，很多時候，這個祖訓就是部院和內閣鬥爭的有力武器。
朱載坖認為，現在的內閣製度有三個極為要命的缺陷，第一就是閣部衝突嚴重，曆代及本朝初年，六部均隸屬於丞相，凡事必須秉承宰相的意誌，自撤中書省、提高六部品秩後，六部變成直接對皇帝負責，職權完整，而且最開始在閣之上。
但隨著內閣品位的提高，又有票擬權，內閣比六部更接近皇帝，部權便在不同時候、不同程度上為內閣所侵。但是，內閣畢竟不同於中書省。
從製度上說，六部不必聽命於內閣，而內閣則“凡百政事，非下部必不可行，不能行”。於是內閣借位尊勢崇而力圖控製六部，六部則鑽內閣沒有法定地位和權力的空子，力圖擺脫控製。因而閣部經常爭權，尤其是爭奪人事權。
即便是在朱載坖改革之後，加重了內閣的權力，但是內閣仍舊無法完全控製部院，部院和內閣之間的因為權力仍舊是時常予以鬥爭，內閣與部院的這種職權界限不清，工作上彼此失調，大大影響了朝廷的行政效率。在客觀上，則有利於閹宦的擅權亂政。
第二點就是內閣和司禮監的鬥爭，內閣有票擬權，司禮監有批朱權，是內外相維的雙軌製。在製定這個製度的時候，本意是為了互相製約，既防止出現權臣，也防止出現權宦。
但雙方地位的特殊性使內閣難以與司禮監抗衡，雙方權力的大小，又是以皇帝的向背為轉移而互相成比，因此，他們之間不可能有真正的相維相濟，而隻能有對權力的激烈爭奪。皇帝寵信太監時，司禮監儘奪內閣權力，而即便是在嘉靖朝這樣的閹宦勢力受到極大的抑製的時代。
黃錦、麥福等大太監依然有著極為強大的影響力，嚴嵩、徐階等人是不敢輕易得罪他的。
第三點就是可能加劇朋黨還有內閣和科道的對立，加劇朋黨主要是由於內閣閣臣之間的傾軋所導致的，閣臣間的傾軋主要是由於閣臣的任用、權力大小、去留，均沒有明確規定，又由於首輔與次輔間權力懸殊，在隆慶以前一直無明確的職責分工。
所以閣臣間爭奪權勢的鬥爭激烈，尤其是“嘉靖以來之首輔，莫不由傾軋排擠而得之”，如嚴嵩拉攏科道彈劾翟鑾，使翟被“削籍為氓”。嚴嵩與夏言互相排擠，致夏言被棄市。
而科道和內閣的對立也是加劇朋黨的一個重要因素，因為內閣和部院之間爭奪權力，主要就是通過科道來進行的，雙方都把科道作為有力的武器，互相之間進行攻訐，同時閣臣之間的互相傾軋也常常利用科道，這點都是朱載坖極為擔憂的。
所以對於朱載坖來說，這次由於京察大計而引發的閣部衝突，其實是大明內部深層次矛盾的一個表現罷了，作為皇帝，必須有見微知著的能力，發現禍患並且能夠及時及時處理，這點才是皇帝的主要作用。
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