等到索忠信和張都海率領的明蓼軍主力返回遼寧省沈陽城，已經是大明永曆十六年元旦，也就是大清的康熙元年。
大清的康熙新紀元，同時也是大明永曆的最後一年。
就在數月以前，大明永曆皇帝朱由榔，被緬甸國王莽白采取欺騙的手段誘捕，之後扭送給逼近的清將吳三桂，他身邊的親隨如沐天波、馬吉翔、龐天壽和王坤等悉數被殺，唯有王坤的乾兒子郝為因為提前有所準備，才僥幸逃脫。
郝為按照既定的方案，跟著吳三桂一路潛行來到了昆明城打聽消息。
吳三桂因為擒拿永曆皇帝的巨大功績，算是為剛剛登基稱帝的康熙皇帝獻禮，因而受到了清廷的極大讚揚，清廷實際的掌權者太皇太後布木布泰以康熙皇帝的名義，加封吳三桂為親王並世襲五世不遞減，對於吳三桂的要錢要餉要人的要求，清廷都是儘量滿足。
儘管已經身處清廷最高的親王爵位，平西親王吳三桂還是有點不放心，他虛心地求教來到貴陽視察的五省經略洪承疇，想要詢問今後的行事方略，洪承疇隻是淡定地說道：
“不可使西南一日無事，否則就會是‘狡兔死，走狗烹’的結局。”
吳三桂聽完後非常受用，他一麵利用清廷的資源發展自己的勢力，刻意籠絡當初投降自己的大西軍將士，並按照既定計劃，不斷對周邊的土司州發動進攻，故意挑起民族矛盾，使得雲南一帶小規模的動亂不斷，吳三桂才能夠一直安穩地享受榮華富貴。
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隻是很多時候都是計劃趕不上變化。
原本打算按照清廷的意思，將永曆皇帝朱由榔和皇子一起送到北京城，清廷到時候就可以利用永曆皇帝的名頭來招撫一些忠明武裝，再將永曆皇帝束之高閣，實在用不上了再給暗殺得了。
洪承疇卻對吳三桂說道：
“假如讓朝廷順意，那麼雲南一地如何才能持久不平？
各地的所謂的‘義軍’的大義不再，誰還願意冒死一搏？
到時候如何才能使王爺你有機會出兵平定呢？
況且沿途還有西賊、順賊、鄭盜和蓼匪的勢力，萬一途中有個意外，到時候的責任是大王能夠擔得起的嗎？”
吳三桂非常讚同洪承疇的主張，洪承疇的意思很明顯，那就是必須就在昆明殺了永曆和他的皇子們，到時候再刻意傳出謠言稱永曆皇帝或者其皇子已經成功逃脫，給那些複明分子留下希望，才會有人前赴後繼地為那極其渺茫的一線希望，而心甘情願的犧牲。
至於如何取信於清廷，對於吳三桂來說也很簡單，他特意派人將自己的意見以密函的形式報告給清廷知曉，得到清廷的同意後，然後再邀請就在昆明城內的滿洲貴族兼太皇太後的心腹，定西將軍舒穆祿.愛星阿和安南將軍佟佳.卓羅，一同見證永曆皇帝的最後時刻。
可以說吳三桂真正把永曆皇帝朱由榔賣了一個好價錢，按照吳三桂的意思，要把朱由榔和他的皇太子、後妃等親眷二十五人全部斬首的。
但是愛星阿和卓羅反而比吳三桂厚道，認為永曆皇帝朱由榔雖然為帝不堪，但是畢竟曾為一國之君，為了維護大清豁達的聲譽，還是應該給朱由榔及其家人一個體麵，主張保留全屍。
吳三桂便按照愛星阿和卓羅的意見，命令部下將領吳國貴在眾多清將的注視下，用弓弦勒死了大明永曆皇帝朱由榔，其他部下也是如法炮製，將永曆的皇太子和其他親眷共計二十五人全部勒死。
為了毀屍滅跡，在愛星阿和卓羅的親自再次驗明正身後，派人將永曆皇帝朱由榔及全家人火化後，由卓羅派人拾取了部分殘骨，派人以八百裡加急的形式報告給了北京城知曉。
在之後的一段時間內，雲南和貴州一帶都有小規模的起義發生，都被吳三桂派人一一平息，清廷看到西南暫時平息下來，就讓滿、蒙、漢旗軍北返進行休整，默認吳三桂世鎮雲南。
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