王天相不明白的是，天下已經發生了悄然的改變。
就在王天相還在與大漢軍拚命作戰的時候，包括貝勒尚善、將軍蔡天文、湯致遠和莫克多在內的六千多名滿漢旗兵精銳，竟然趁著夜色，乘坐水師遊擊阮美的船隻，悄悄地離開了雙島，順利返回到登州城。
雖然貝勒尚善這次主持的軍事行動沒有完成既定的戰略目標，但是調動了大漢軍的水師北上，斬殺了大量的“蓼匪中的多名積年老匪”；
清廷因而認為儘管丟失了所有的綠營人馬，但是保留下來精銳的滿漢旗兵，功過相抵，不獎不罰，帶著蔡天文、湯致遠和莫克多等人留在膠東，休整一個月後，參與圍攻芝罘島的戰役。
清軍這邊的輕描淡寫，與大漢軍方麵的仔細檢討形成了鮮明的對比。
大漢軍在擊退入侵的清軍後，痛定思痛，首先為戰死的軍民們舉行了集體葬禮，讓所有死者早日入土為安，組織公祭儀式進行祭奠；
再對有功之臣進行獎勵，提拔安拉木的長子安守忠為長島防禦使；
呂祥啟就任東江防禦使，原東江防禦使賈得勝轉任金州府守備；
趙西文升任遼寧省都指揮僉事，仍駐金州；
趙銅繼任為旅順民團千總；
對於所有直接參與金、旅保衛戰的文武官員，當年的年俸增加三成；
對於叛徒王天相及其追隨者鐵杆分子八十九人進行了公審，決定判處王天相及其追隨者全部淩遲處死；
大漢國主母陳利芸對於大量滿清精銳的突然消失感到不解，命令保衛局進行秘密調查，經過一番調查竟然發現是水師第二十一營遊擊阮述念及與清軍天津水師遊擊阮美的舊情，私自將清軍放跑，擬將阮述判處死刑。
並派人將上述情況告知張鹿安批準。
身在南京城中的張鹿安，回信同意相關人員的官職任命和獎勵措施，指示立刻對王天相及其追隨者執行死刑，將俘虜的萬餘名清軍俘虜全部貶為奴隸，以儆效尤；
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但對於放跑敵人的阮述，張鹿安卻網開一麵，認為阮家隻是在迫不得已的情況下才向滿清投降，他們之前為大明流過了大量的鮮血，且阮述剛剛加入大漢軍不久，不忘舊情，情有可原，從後期的招撫角度考慮，下令將阮述貶官一級，繼續充任水師第二十一營的主官，讓他戴罪立功。
同時要求旅順兵工廠進行人員調整，補充一定新鮮血液，並將陳利昭調往旅順擔任兵工廠的總管，全麵負責指揮兵工廠內部各個分廠的生產活動，安撫人心，加強創新研發工作。
為了鞏固金、旅一帶的安全，張鹿安還下令調任張全為雙島參將，率領從陝西帶回來的精銳騎兵兩千餘人駐紮雙島一帶，加強旅順的機動兵力布置；
為了增強海麵的防禦力度，調新成立的顧國棟的水師第五協以旅順港為母港，子港為砣磯島和廣鹿島，加強長島縣和長海縣的防禦工作。
讓奧布庫和蘇勒賀兩協騎兵作為機動兵力，留在遼寧聽令。
升任陳利寶為登州總兵官一職，負責保衛長島群島、芝罘島（包括附屬的崆峒島一帶）的安全，將將領令狐雲湘調到江南聽令。
做好這些準備後，張鹿安方才心安。
正好之前派往夔東一帶的李靜從荊州城傳回來消息，聲稱夔東的局勢變得更加惡劣，繼馬騰雲、黨守素、塔天寶三元老投降以後，郝搖旗和袁宗第二位重要義軍首領被清軍俘殺，失去了他們倆約束的部下將領們開始放飛自我。
其中郝搖旗部下總兵羅茂同、馬進玉、王之炳、張大盛、武自強向清國四川總督李國英投降；
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