隨著寄生天使的死亡，零號機周身的暗紫色火焰也開始緩緩熄滅。火焰逐漸退去，露出了零號機那原本的機體。
然而，此時的零號機已經不再是原來的模樣，它身上的藍色裝甲竟然染上了一抹紫意，變成了藍紫色，彷彿被那暗紫色的火焰所侵蝕。
看著變成了機體顏色變成了藍紫色的零號機，真嗣透過通訊頻道試探性的呼喚道“綾波，能聽到嗎？”
零號機如同沉睡中的巨獸一般，毫無反應，完全無視了真嗣焦急的呼喊。
一旁的明日香早已按捺不住內心的煩躁，她怒聲嗬斥道：“喂，笨蛋真嗣，給我閉嘴！安靜一點行不行啊！”
真嗣被明日香的吼聲嚇得渾身一顫，他像一隻受驚的鵪鶉一樣，立刻緊閉雙唇，不敢再發出一絲聲音。
見真嗣終於安靜下來，明日香迅速接通了與指揮室的通訊，急切地問道：“指揮室，這裡是二號機駕駛員明日香，請問零號機體內是否還有使徒的訊號存在？”
葛城美裡的聲音從通訊器中傳來：“根據我們的監測，使徒的訊號已經完全消失了。就在零號機被那詭異的藍紫色火焰籠罩的瞬間，使徒的訊號就開始急速衰減，直至徹底消失。所以，零號機應該已經恢復正常了。”
然而，葛城美裡並未將一個重要的情況告訴明日香——就在零號機身上燃起藍紫色火焰的那一刻，綾波麗與零號機之間的同步率突然飆升，遠遠超出了正常的警戒線。
在過去的某個時刻，EVA機體和駕駛員之間的同步率曾經超出過警戒線，而這一事件的主角正是真嗣的母親碇唯。當時，她正在對初號機進行啟動測試，然而，這一次卻引發了一場重大事故。
在那次測試中，碇唯駕駛著初號機，同步率不斷攀升，最終超出了警戒線。令人震驚的是，這一異常情況導致了碇唯與初號機的融合，她的身體竟然成為了初號機的一部分。
如今，歷史似乎在重演，同步率超出警戒線的情況再次出現，而這一次的受害者是綾波麗。這意味著她的AT立場已經被零號機的AT立場所相容，她的肉體和EVA機體之間的界限已經模糊不清。
換句話說，綾波麗現在已經不再是一個獨立的個體，而是與零號機融為一體，兩者緊密相連，無法分割。
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這突如其來的一幕讓在場的所有人都驚呆了，尤其是真嗣。他心急如焚地呼喊著綾波麗的名字，聲音中充滿了焦慮和擔憂。
與此同時，他毫不猶豫地駕駛著初號機，風馳電掣般地趕到了零號機的身旁。
眼見瞞不住了，葛城美裡無奈地嘆了口氣，然後果斷地下達命令，讓駕駛員駕駛 EVA 機體返回機庫。
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接到命令後，駕駛員迅速操縱著 EVA 機體，朝著機庫的方向駛去。
與此同時，後勤部門也迅速行動起來，他們駕駛著各種車輛和裝置，朝著倒地不起的零號機疾馳而去。
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真嗣的雙眼失去了焦距，直勾勾地盯著那件白的作戰服，彷彿它是世界上最珍貴的寶。他的膝蓋像被走了所有的力氣一樣，不由自主地彎曲，最終跪倒在地。
他抖著出雙手，抓住那件泡在 LCL 中的作戰服，彷彿這樣就能抓住綾波麗一樣。他的聲音也在劇烈地抖著，充滿了恐懼和不解：“怎麼回事？綾波麗呢？去哪裡了？”
就在這時，葛城裡和明日香匆匆趕到了真嗣的邊。們顯然也被眼前的景驚呆了，但還是迅速反應過來，擔心真嗣會因為過度悲傷而做出什麼傻事。
葛城裡看著真嗣雙膝跪地，手中攥著綾波麗留下的白作戰服，心中一陣酸楚。連忙上前，試圖扶起真嗣，同時勸道：“真嗣，你振作點。”
他一個答案。
