發行軍幣一事搞定之後，劉錡終於下定決心，召集所有高級軍官開會，徹底放棄了繁瑣的宋廷武官製度，按現代軍製進行了改革。
首先，劉錡成立“元帥府”，自封“大元帥”，並重新整合了戰區，按政區分為陝西、甘肅、寧夏三個戰區，戰區最高軍事長官為戰區司令，每個戰區下轄三個軍，每個軍下轄三個師，每個師下轄三個團。
每個團各配屬步兵、火槍、騎兵、特種、後勤輜重五個營。步兵營下轄三個步兵連，火槍營下轄三個火槍連，騎兵營下轄三個騎兵連，特種營下轄一個炮兵連，一個偵察連，一個特務連，一個警衛連，一個通訊連，每連一百人。加上後勤輜重營六百人，合計每個團兩千人。
每個師三個團六千人，再加配一個直屬騎兵團一千人，共七千人。
每個軍三個師兩萬一千人，再加配一個直屬騎兵師三千人，一個直屬炮兵團一千人，一個直屬輜重團兩千人，共兩萬七千人。
一個軍區三個軍八萬一千人，加配一個直屬加強警衛師九千人，共九萬人。
三個戰區二十七萬人，加上“元帥府”直屬禁衛軍，三萬人，兵員合計三十萬。
這次整編把輔兵中的部分精銳，直接編成了正兵中的後勤輜重部隊。剩下的輔兵作為保安軍，負責各地的城防治安工作。
寧夏戰區負責宋廷西麵、金國西南麵方麵的軍務，司令邵興。第一軍軍長吳玠；第二軍軍長種浩；第三軍軍長種洌；警衛師師長薛堅。
甘肅戰區負責夏國方麵的軍務，司令王猛。第一軍軍長康炯；第二軍軍長翟進；第三軍軍長曲端；警衛師師長薛剛。
陝西戰區負責川蜀、雲南方麵的軍務，司令史斌。第一軍軍長癿春；第二軍軍長何蘚；第三軍軍長楊政；警衛師師長劉銳。
元帥府直屬禁衛軍則由劉錡親領，下轄第一、第二兩個禁衛師和一個教導師。每個師一萬人，癿秋和劉仲武的親兵統領劉貴各領一個禁衛師。教導師的兵員從全軍中擇優挑選，由劉錡親自訓練指揮，學習使用和配備最新裝備，並向全軍輸送基層軍官。
其次，成立的“元帥府”下設軍令部、參謀部、後勤部、裝備部、情報部、執法部。
軍令部負責團以上各級軍官的選拔、任免、輪換，部長劉錫；
參謀部負責戰略戰術的製訂和落實，部長李孝忠；
後勤部負責糧草輜重的籌集和運輸，部長常同；
裝備部負責武器裝備的研發、製造和維護，部長胡奎；
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情報部負責建設發展間諜網，收集、分析各類情報信息，部長段景住；
執法部負責監督、處理各級軍政人員的違法犯罪行為，下轄憲兵部隊，部長劉鎮。
當然，還有經過多年的訓練發展，數量龐大、組織嚴密、已經無處不在的影衛作為最核心的隱秘組織，負責元帥府的保衛、對各部門官員的監控、情報收集和各種隱秘行動的執行。
同時，根據職務和戰功分別設立了軍職製和軍銜製。
軍職指的就是司令、軍長、師長等各級部隊的軍事指揮員，由軍令部考察、任免、撤換。
軍銜則主要是根據積累的軍功進行提升。劉錡自任元帥，之下依次為上將、中將、少將、上校、中校、少校、上尉、中尉、少尉九級。士兵分為上、中、下士和上等兵和列兵、普兵六級。
正常情況下，每位士兵須服滿兵役三年，如無軍功，第一年為普兵、第二年為列兵、第三年為上等兵。
如立有軍功，可按軍功大小，或者軍功累積，升為士官或者以上高級軍職。
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