如同樹木的年輪記錄著歲月的增長，工藤新一在日本偵探界的足跡與名望，也隨著一樁樁案件的破解而日益擴展、加深。他已不再是那個僅憑靈光一現和過人天賦解決校園謎題或簡單凶殺案的少年偵探。他的舞台逐漸拓寬，開始觸及到社會光鮮表皮之下，那些更為幽深、盤根錯節、甚至彌漫著腐敗與血腥氣息的領域。在這些更為複雜的案件邊緣，如同在黑暗森林邊緣嗅到危險氣味的獵犬，他開始捕捉到一些模糊不清、卻令人隱隱不安的傳聞與線索。這些線索如同散落在迷霧中的碎片，指向一個共同且龐大的陰影。
一次，他協助警方調查一位國內頂尖生物化學家離奇失蹤案。在那位科學家雜亂無章的私人實驗室裡，警方找到了一些被部分焚毀的研究筆記。新一在翻閱殘頁時，注意到一些零散的詞句，它們並非專業的化學公式，而是夾雜在實驗數據間的、仿佛夢囈般的記錄：“……他們又來了，黑色……不容置疑的條件……”、“……資金雄厚，但目標……危險……”、“……Gin？是代號嗎？催促進度……不容失敗……”筆記在此處戛然而止，留下燒焦的邊緣和無限的遐想。“穿著黑衣的神秘資助方”，這個模糊的形象第一次如同幽靈般，投射在新一的心幕上。
另一次，他跟隨目暮警官參與審訊一個剛被搗毀的、從事非法武器零部件走私的跨國犯罪團夥的核心成員。那個滿臉橫肉、身上紋身遍布的頭目，在麵對謀殺指控時尚且能強裝鎮定，但當檢察官無意間問及他們的上遊供應商和某些特殊材料的最終流向時，男人的臉上瞬間褪去了所有血色，瞳孔因極致的恐懼而收縮，身體不受控製地顫抖起來。他像是聽到了什麼禁忌的詞語，語無倫次地哀求：“別問了！求你們別問了！……我不知道……我什麼都不知道！那些‘酒鬼’……他們會殺了我的！一定會殺了我的！他們無處不在！”無論警方如何追問“酒鬼”是誰，他都緊緊閉著嘴，仿佛那個詞本身就會帶來死亡。最終，他隻從牙縫裡擠出幾個破碎的音節：“……以酒名……作為代號……比我們可怕……一千倍……”這個“以酒名作為代號”的、更加恐怖和隱秘的組織形象，伴隨著那名悍匪無法偽裝的恐懼，深深地刻入了新一的腦海。
還有在他利用課餘時間，研究一些涉及巨額洗錢和非法政治獻金的金融案件卷宗時——這得益於優作的關係和目暮警官對他能力的信任，允許他接觸一些非核心的公開資料。新一發現，幾條看似獨立的、流向海外的巨額資金鏈，在經過層層複雜的、遍布開曼群島和瑞士的空殼公司周轉後，其最終消失的節點，都隱約指向了幾個看似毫無關聯、注冊信息模糊的離岸賬戶。然而，當他嘗試用邏輯模型去追溯這些賬戶背後可能存在的關聯時，一種無形的、巨大的阻力感撲麵而來。那不是技術上的困難，而是一種仿佛觸及到某個龐大存在的觸須，感知到其刻意營造的、令人窒息的沉寂與深邃。仿佛所有的線索，最終都沉入了一片名為“組織”的、深不見底的黑暗海洋。
這些零散的、來自不同領域、不同層麵的信息，如同磁石般，在他善於整合與推理的大腦中，逐漸指向了一個共同的核心。在一次深夜的書房談話中，他與剛剛結束小說構思的父親工藤優作討論起最近這些令人費解的發現。窗外月色朦朧，書房內隻亮著一盞台燈，光線在優作的眼鏡片上形成一片反光，巧妙地遮蔽了他眼神深處可能泄露的情緒。
“爸爸，”新一的聲音在安靜的房間裡顯得格外清晰，帶著一絲探究與凝重，“你在你的寫作和研究裡，有沒有聽說過一個……被稱為‘黑衣組織’的存在？”
空氣似乎凝滯了一瞬。優作放下手中的鋼筆，身體微微向後靠在椅背上，雙手指尖相對，構成一個經典的思考姿勢。他沉默了幾秒，仿佛在斟酌詞句，然後才用他那慣有的、平穩而富有磁性的嗓音開口，那聲音在靜謐的夜色中顯得格外深沉：“黑衣組織……這個稱呼，我確實在一些非公開的渠道，以及某些……邊緣化的情報圈子裡，有所耳聞。”
他沒有看新一，目光似乎落在桌麵上攤開的世界地圖的某個陰影區域。“根據那些零碎且難以證實的信息拚湊，這似乎是一個……遊走在世界陰影縫隙裡的龐然大物。它的觸角可能伸得非常長，涉及的領域也極其廣泛且危險——從受管製的尖端藥物研發，到非法的軍火貿易，再到全球性的情報竊取與買賣……很多看似獨立、卻又透著詭異的大事件背後，似乎都若隱若現地晃動著他們的影子。”他頓了頓，終於將目光轉向兒子，那目光穿透鏡片，帶著前所未有的嚴肅與告誡，“新一，你記住，這絕非你以往麵對的任何罪犯或犯罪集團。如果……我是說如果，在未來的任何案件中，你察覺到了任何一絲可能與這個組織相關的線索，無論那線索看起來多麼微不足道，”他的語氣加重，帶著不容置疑的力度，“不要好奇，不要自信，更不要試圖憑借你個人的力量去深入探查。第一時間告訴我，或者，聯係像目暮警官這樣絕對值得信賴的資深警務人員。明白嗎？這絕非兒戲。”
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