日本，米花町。晨光透過毛利偵探事務所二樓有些灰塵的窗戶，在空氣中投射出朦朧的光柱。
江戶川柯南——這個嶄新的名字下，囚禁著曾經名為工藤新一的靈魂——已經在事務所那略顯雜亂的環境中勉強安頓下來。最初的幾天，如同身處一場無法醒來的噩夢。每一次在浴室鏡中看到那張稚嫩陌生的臉，每一次費力地踮起腳尖去夠門把手，每一次聽到小蘭用對待孩童的溫柔語氣對他說話，都像是一根根冰冷的針，刺穿著他作為工藤新一的認知。巨大的心理創傷和身體上的異樣感，讓他度過了幾個渾渾噩噩、幾乎無法思考的白晝與黑夜。
然而，刻在骨子裡的堅韌意誌和那份對追尋真相近乎本能的渴望，如同黑暗中不肯熄滅的火焰，頑強地燃燒著，逼迫他必須從這巨大的打擊中掙紮出來。他不能永遠沉溺在悲傷、憤怒和自我憐憫之中。時間不等人，那個黑暗的組織不會因為他的不幸而停下腳步。
他必須儘快適應“江戶川柯南”這個全新的、帶著偽裝的身份。這不僅僅是為了生存，更是為了利用這個看似無害的外殼作為掩護，一方麵在暗中調查那個給予他這一切的組織，摸清他們的底細，尋找解藥和複仇的機會；另一方麵，他也需要繼續行走在追求真相的道路上。這不僅是為了保持他作為偵探的敏銳和狀態，也是為了用日常的案件來麻痹可能存在的監視，更是為了不讓自己在漫長而危險的潛伏等待中，被絕望和無力感徹底吞噬，最終崩潰。
就在他努力調整心態，學習如何像一個真正的一年級小學生那樣走路、說話、表現時，一個機會悄然降臨。
毛利小五郎接到了一位悲痛欲絕的老婦人的委托。她的兒子，一家中型企業的普通職員，被發現在自家租住的公寓內猝死。警方接到報案後進行了初步勘察，鑒於死者生前有輕微心臟病史，且現場沒有明顯打鬥痕跡和外傷，初步認定為因工作壓力過大導致的突發性心臟疾病死亡。然而，死者的母親堅稱兒子身體健康，近期並無異常，對警方的結論心存疑慮，於是輾轉找到了“名聲在外”的毛利小五郎。
“肯定是工作太拚命了嘛！現在的年輕人啊，真是不懂得愛惜身體！”毛利小五郎一邊打著哈欠，一邊套上他那件皺巴巴的西裝外套，語氣輕鬆地下了定論，仿佛這隻是一次尋常的走訪。
柯南默默地跟在他和毛利蘭的身後，小小的身影幾乎被忽略。他背著一個與他體型相稱的小書包，裡麵裝著阿笠博士給他準備的一些“小工具”，以及他此刻全部的警覺。
案發現場是位於米花町五丁目的一棟普通公寓樓內。死者的房間收拾得還算整潔，但空氣中彌漫著一種沉悶的、屬於死亡的氣息。目暮警官已經帶著幾名警員在現場進行收尾工作。死者——一位名叫中村弘樹的年輕男性，靜靜地躺在客廳的地板上，身上蓋著白布。
毛利小五郎像模像樣地環顧了一圈，目光掃過簡單的家具、擺放整齊的書架，以及書桌上那個喝了一半的咖啡杯，然後便煞有介事地抱著手臂，重複著他那套“過度勞累猝死論”，引得陪同前來的死者母親再次低聲啜泣起來。
柯南卻沒有理會大人們的對話和情緒。他悄悄地、不動聲色地移動著，那雙隱藏在寬大眼鏡片後的藍色眼眸，如同最精密的掃描儀，開始以一種全新的、低矮的視角，仔細審視著這個死亡空間。
視角的變化帶來了意想不到的發現。成年人或許會忽略的細節，在他此刻的視野中卻格外清晰。
他首先注意到的是書桌上那個白色的陶瓷咖啡杯。杯子擺放的位置似乎有極其細微的、不自然的偏移，與桌麵上隱約的圓形水漬痕跡不完全重合。這說明杯子可能在死者倒地後被什麼人移動過。
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他的目光接著落到了書桌旁的垃圾桶。裡麵有一些廢紙和果皮。其中，一張被用力揉皺的黃色便簽紙引起了他的注意。紙團展開的形態有些奇怪，像是被人匆忙塞入，又試圖掩蓋。他趁人不備，用小手指悄悄將紙團勾了出來，快速展開一角瞥了一眼——上麵用潦草的筆跡畫著幾個奇怪的符號，像是一種簡筆畫的鳥類，旁邊還有一個模糊的數字。
但這還不是關鍵。當他靠近死者原本倒臥的位置，模擬著可能的情景時，一股極其微弱、幾乎被房間本身的異味和殘留的咖啡香所掩蓋的氣味，鑽入了他的鼻腔。那是一種淡淡的、帶著些許甜膩卻又隱含尖銳刺激的苦杏仁味！
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