但多爾袞早已料到明軍會有此舉動，下令預先埋伏在村外的騎兵發起衝擊，候拱極的騎兵部隊陷入清軍包圍。雙方騎兵在村外平原展開慘烈廝殺，馬刀碰撞聲清脆刺耳，鮮血染紅了凍土。
候拱極雖奮勇作戰，但清軍騎兵人數數倍於明軍，且馬術精湛，關寧軍騎兵漸漸不支，傷亡過半。
村內戰場同樣陷入膠著，劉肇基率領明軍與清軍逐屋血戰，身上多處負傷仍堅持指揮。明軍火器雖威力十足，但彈藥有限，激戰半日後續彈不濟，隻能以刀矛與清軍對抗。清軍則憑借人數優勢，不斷向村內滲透，明軍防線節節敗退。
據《兵部為查明廣平府交戰傷亡等情形事題行稿》記載，此戰中“遇虜大隊突至，隨即驅兵奮擊，虜騎怯兵後退，頭陣實多斬獲”，可見明軍在初戰時憑借頑強抵抗與火器優勢，確實給清軍造成了不小損失。
然而，清軍畢竟兵力雄厚，且戰術靈活。多爾袞見明軍已筋疲力儘，下令發起總攻。
清軍士兵如潮水般湧入村內，明軍士兵雖仍在頑強抵抗，但已無力回天。候拱極在突圍過程中被清軍騎兵包圍，力戰殉國；劉肇基率領殘部拚死殺出重圍，向臨清方向撤退。夕陽西下時，新莊之戰終於結束，村落內外屍橫遍野，鮮血浸透了凍土，寒風中彌漫著濃重的血腥味。
戰後清點傷亡，明軍付出了慘重代價：陣亡六百六十二名，重傷二百一十六名，輕傷一百三十四名，幾乎喪失了戰鬥力。
清軍雖也有千餘人傷亡，但相較於其龐大的兵力基數，損失並不算大。這場激戰成為明軍運河防線的一次重要抵抗，雖最終失利，但明軍士兵在戰鬥中展現出的勇氣與血性，在這留下了一個傳奇。
劉肇基率領殘部撤至臨清後，監軍太監高起潛得知新莊之戰的慘狀與候拱極的殉國消息，又驚又怕。
高起潛本就貪生怕死，手中雖握有數萬兵力，卻早已被清軍的兵鋒嚇破了膽。此前，高起潛奉命總督各路援軍，卻始終徘徊不前，如今見關寧軍精銳尚且慘敗，更是不敢再主動出擊，當即下令緊閉臨清城門，加固城防，無論城外明軍如何求援，均堅守不出。
臨清作為運河沿岸的重要重鎮，囤積了大量糧草與軍備，高起潛的龜縮不前，使得清軍左翼軍得以毫無顧忌地南下，運河防線的缺口徹底被打開。
十二月二十日左右，多爾袞率領清軍左翼軍主力抵達運河西岸。此時，明軍運河防線已因新莊之戰的失利與高起潛的避戰而土崩瓦解，清軍順利東渡運河。
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渡過運河後，多爾袞下令兵分兩路：一路由準塔率領，攻掠山東北部的武城、夏津、高唐、平原等州縣，掠奪糧草財物，破壞明軍後方補給；另一路由自己親率，直奔山東首府濟南而去。
清軍一路勢如破竹，所到之處，明軍州縣守軍或望風而逃，或開城投降。武城、夏津等城僅數日光景便相繼淪陷，清軍在這些州縣燒殺搶掠，無數百姓流離失所，千裡沃野化為焦土。
而多爾袞親率的主力部隊，則沿著運河一路南下，於次年正月抵達濟南城下。此時的濟南城，守軍僅有數千人，且多為臨時招募的鄉勇，根本無法抵擋清軍主力的猛攻。
新莊之戰的失利，不僅讓明軍損失了一支精銳邊軍，更重要的是打破了明軍的運河防線，為清軍南下攻掠濟南鋪平了道路。此戰暴露了明末明軍指揮體係的混亂、將領的畏戰避戰以及兵力部署的不合理，而清軍則憑借其靈活的戰術、強大的戰鬥力與統一的指揮，在華北平原上如入無人之境。
這場發生在丘縣新莊的激戰，雖規模不及鬆錦大戰、山海關之戰等重大戰役，卻成為明末清初軍事格局演變的重要轉折點，它標誌著明朝北方防禦體係的徹底崩潰，也為清軍日後入關、統一全國埋下了伏筆。
數百年後，當我們翻閱《巡撫山東顏繼祖謹題為塘報夷情事》《兵部為查明廣平府交戰傷亡等情形事題行稿》等明清史料，字裡行間依然能感受到當年新莊之戰的慘烈與悲壯。
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