好久皇帝才消氣。此後，皇帝一直思念蕭望之，每年都會派使者去蕭望之的墳前祭祀，直到皇帝去世。
司馬光評論說：漢元帝這個皇帝當得可真不怎麼樣，太容易被人欺騙，還很難醒悟！弘恭、石顯誣陷蕭望之，那些歪理邪說、陰謀詭計或許不太好分辨。但皇帝一開始就懷疑蕭望之不會去坐牢，弘恭、石顯卻保證肯定沒事，結果蕭望之真的自殺了，這就明擺著弘恭、石顯在騙人啊！哪怕是個中等才智的君主，看到這種情況，都會憤怒不已，嚴懲奸臣。可漢元帝卻不這麼做，雖然為蕭望之的死痛哭流涕、茶飯不思，但始終沒有懲處弘恭、石顯，最後隻換來他們脫帽謝罪而已。這樣下去，奸臣怎麼會得到教訓呢？這隻會讓弘恭、石顯更加肆無忌憚地乾壞事！
這一年，弘恭病死，石顯當上了中書令。
當初，漢武帝平定南越後，在那裡設置了珠厓、儋耳郡。這兩個郡在海島上，官吏士卒都是中原人，很多人欺壓當地百姓。當地百姓脾氣也暴，覺得自己遠離中原，經常違反官府禁令，幾乎每隔幾年就造反一次，殺死官吏，漢朝就派兵去鎮壓。二十多年間，一共發生了。”皇帝又詢問丞相、禦史的意見。禦史大夫陳萬年認為應該攻打，丞相於定國卻說：“之前連續幾年發兵攻打珠厓，護軍都尉、校尉及丞等官員一共十一人，隻回來了兩人，士兵和負責運輸的民夫死了一萬多人，花費了三億多錢，還沒能讓他們全部投降。現在關東地區貧困不堪，百姓人心不穩，賈捐之的建議是對的。”皇帝最終采納了賈捐之的建議。賈捐之，是賈誼的曾孫。
初元三年（公元前46年）
春天，皇帝下詔書說：“珠厓的反叛者殺害官吏百姓，背叛朝廷。現在朝廷討論這件事，有人說該攻打，有人說該堅守，有人建議放棄，大家意見不一。我日夜思考這些建議，要是覺得不殺殺他們的威風不甘心，那就去討伐；要是害怕麻煩想躲避，那就留守屯田；要是通曉時勢變化，就該為百姓擔憂。可百姓挨餓受困和不討伐遠方蠻夷，哪個危害更大呢？而且遇到災年，宗廟祭祀的祭品都無法備齊，更何況是為了避免那點屈辱就大動乾戈呢？現在關東地區非常貧困，倉庫空虛，百姓相互之間都沒辦法接濟，這時候再發動戰爭，不僅勞民傷財，災荒之年也會隨之而來。所以，撤銷珠厓郡。當地百姓有願意歸附內地、向往中原教化的，就妥善安置他們；不願意的，也不要強迫。”
夏天四月乙未日，是月末的最後一天，茂陵的白鶴館發生火災，皇帝大赦天下。
這一年夏天，還發生了旱災。
朝廷封長沙煬王的弟弟劉宗為王。長信少府貢禹向皇帝建議：“各個離宮以及長樂宮的護衛人員，可以裁減掉一大半，這樣就能減輕百姓的徭役負擔。”六月，皇帝下詔書說：“我想到百姓們饑寒交迫，還要遠離父母妻兒，去做那些並非必要的工作，守衛那些無人居住的宮殿，這恐怕不符合陰陽調和的道理。那就撤銷甘泉宮、建章宮的護衛，讓他們回家務農。各個官府都要節省開支，大家詳細上奏，不要有所隱瞞。”
這一年，皇帝再次提拔周堪擔任光祿勳，周堪的學生張猛擔任光祿大夫、給事中，兩人都深受皇帝信任。
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初元四年（丙子，公元前45年）
春天正月，皇帝前往甘泉宮，祭祀天神泰畤。三月，又到河東，祭祀土地神後土，並赦免了汾陰正在服刑的犯人。
）年44前元公，醜丁（年五元初
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