能趕回寺院時，寺院已被祁天遠完全控製。
為了保存實力、保住木棉袈裟不被奸人奪走，圓慧命人帶著幸存的少林弟子殺出重圍，將袈裟送往法華寺，交圓秀師叔收藏，自己則自焚身亡。
慧能帶著一班少林弟子經過一番血戰後，終於衝出少林寺。
可不料在前往法華寺的途中遭到祁天遠及錦衣衛的追殺。
廝殺中，慧能受傷跳下懸崖，被路過的販馬主救起，怎料祈天遠一路窮追不舍，販馬主為救慧能也慘遭殺害，慧能與販馬主的女兒林櫻曆儘千辛萬苦，終於從魔掌中逃出重圍，被武當山雲玩真人搭救。
而帶著袈裟的慧慈在與錦衣衛的搏鬥中也不幸身亡。袈裟落入祁天遠之手，在王澄的指使下，祁天遠準備就任了少林寺的主持。
慧能與林櫻在武當山跟隨雲玩真人練就了破祁天遠的絕世武功後，重返少林。
就在鍾鼓齊鳴，祁天遠準備披上木棉袈裟接任主持之際，慧能出現在大雄高殿。
在林櫻及武當道士的幫助下，一場惡戰後，慧能終於化解了祁天遠的絕招，打死祁天遠，趕走了朝廷的錦衣衛，重新奪回木棉袈裟，慧能披上了木棉袈裟，被全寺寺僧推為少林寺第二十八代主持。
總之這電影要是放到後世，恐怕少林弟子全急眼了，難不成我們少林功夫比不過武當的功夫？
不過這會兒沒人說這個，都覺得拍的特別好，電影在香港一上映，票房收入1500萬，直接殺入年度前十，成了雙南院線當時的支柱電影。
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徐向東作為男主角一炮走紅，而於榮光的冷峻氣質中的邪與狠使他首登大銀幕就給人留下了深刻的印象。
最小醜的是，某方看到徐小明的《木棉袈裟》大放異彩，大獲成功，於是決定“改剿為撫”，要徐小明寫個悔過書這事兒就算是過去了。
結果徐小明理都不理。
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