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來歙強撐著一口氣，親自給劉秀寫了奏章說：“陛下，我在夜裡被人刺殺，傷到了要害。我倒不是可惜自己的性命，隻是遺憾沒能完成使命，給朝廷丟臉了。治理國家的關鍵就在於選拔賢才，太中大夫段襄為人正直，能擔當重任，希望陛下多留意一下。還有，我的兄弟們不成器，恐怕以後會犯錯，希望陛下能多多管教他們。”寫完之後，來歙就扔下筆，抽出刀自殺了。
劉秀得知消息後，那是又震驚又悲痛，讀著奏章淚流不止，隨後就讓揚武將軍馬成接替來歙當中郎將。來歙的靈柩運回洛陽時，劉秀還親自穿著素服去吊唁、送葬。
這時的趙王劉良跟著劉秀送葬完來歙後，回城進夏城門的時候，就和中郎將張邯搶道。劉良大聲嗬斥張邯把車掉頭，還把管城門的門候叫來，讓人家往前走了幾十步。司隸校尉鮑永知道後，就立刻上奏彈劾說：“劉良沒有一點作為藩王的禮節，這是大不敬的行為！”劉良可是皇親國戚，身份尊貴，鮑永還敢彈劾他，這一下，朝廷上下都對鮑永肅然起敬。
後來，鮑永征召扶風人鮑恢當都官從事，這鮑恢也是個剛正不阿、不怕權貴的人。劉秀都說：“現在皇親國戚們都得老實點，離這倆姓鮑的遠點。”鮑永去各縣巡查，路過更始帝的陵墓時，還專門下車跪拜，痛哭了一場才離開。當他走到扶風的時候，他還殺了頭牛去祭奠苟諫的墳墓。劉秀聽說後就不太高興，就問大臣們：“鮑永這麼做，你們覺得合適嗎？”太中大夫張湛說：“講仁愛是做人的根本，講忠誠是道義的準則。有仁愛之心的人不會忘記老朋友，忠誠的人不會忘記君主，鮑永這麼做，是高尚的行為。”劉秀聽了這番話，才不再生氣了。
這時的劉秀親自率軍去征討公孫述；秋天七月的時候，大軍就駐紮在了長安。
公孫述派出手下將領延岑、呂鮪、王元、公孫恢，讓他們帶著全部兵力在廣漢和資中抵抗漢軍的進攻，又派侯丹帶領兩萬多人鎮守黃石。而岑彭這邊，就安排臧宮帶著投降過來的五萬士兵，從涪水上遊來到平曲，以此來擋住延岑的部隊，自己則是分兵乘船順江回到江州，再逆都江而上，突襲侯丹，結果把侯丹打得大敗。緊接著，岑彭就馬不停蹄的日夜趕路，一口氣奔襲了兩千多裡，直接打下了武陽，還派精銳騎兵快速的攻打廣都，這兒離成都就剩幾十裡地了。岑彭的攻勢又快又猛，所到之處敵軍根本招架不住。
當初，公孫述聽說漢軍在平曲，就趕緊派大軍去迎戰。沒想到岑彭突然出現在武陽，繞到了延岑軍隊的後方，蜀軍一下子就變得人心惶惶。公孫述則是震驚得用拐杖敲地，大喊道：“這到底是什麼神兵天降！”另一邊，延岑又在沅水集結了大批人馬，準備應對漢軍的進攻。臧宮這邊雖然人多，但是糧食短缺，糧草根本供應不上，而那些投降的士兵都想跑回各自的郡縣，重新抱團自保，想看看局勢到底會怎麼發展。這時的臧宮想要撤軍，又怕被叛軍追著打。正巧這時劉秀派謁者帶兵去支援岑彭，帶著七百匹馬，臧宮就假傳聖旨把這些馬征用了，然後日夜行軍，一路上到處插滿旗幟，士兵們都在山上擂鼓呐喊，左右兩邊分別安排了步兵和騎兵，讓他們沿著河岸護著船隻前進，一時間喊殺聲震天動地。延岑壓根沒想到漢軍會突然殺到，登山一看，直接被嚇得不輕。臧宮就趁機發動總攻，結果把延岑打得落花流水，敵軍死了一萬多人，屍體把河水都攪渾了。延岑隻能狼狽的逃往成都，他的部下都投降了，漢軍繳獲了大量的兵器、馬匹和珍寶。之後漢軍就乘勝追擊，投降的敵軍加起來有幾十萬。等漢軍打到平陽鄉時，王元也帶著人投降了。
這時的劉秀就給公孫述寫信，把其中的利害關係說得明明白白，還承諾隻要投降就有好下場。公孫述看完信後，就隻是歎氣，還把信拿給親信們看。太常常少、光祿勳張隆都勸公孫述投降，可公孫述卻說：“國家興亡都是命中注定，哪有天子投降的道理！”其他人聽了這話後，也不敢再勸。常少和張隆後來都因為這事愁得生了病，最終抑鬱而終。
在這之後，劉秀就從長安回到了京城。
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