很快就能辦妥，軍隊的調度安排，都由楊儀負責。魏延性格高傲，當時的人都避讓他，隻有楊儀不遷就他，魏延對此極為憤恨，兩人關係如同水火。諸葛亮深深愛惜兩人的才能，不忍心偏袒任何一方。
費禕出使吳國，吳主喝醉了，就問費禕說：“楊儀、魏延，都是鄉下小子，雖然曾經對時局有過一些微薄的貢獻，但既然已經任用他們，形勢上就不能輕視。如果有一天沒有了諸葛亮，他們必定會製造禍亂。你們這些人昏聵不明，不知道防備這點，難道這就是所謂的為子孫後代謀劃嗎！”費禕回答說：“楊儀、魏延的不和，源於私人恩怨，並沒有黥布、韓信那樣難以駕馭的野心。如今正要掃除強大的敵人，統一中原，功業要靠才能成就，事業要靠才能拓展，如果舍棄他們不用，防備他們的後患，這就像擔心有風浪就預先拋棄船隻，不是長久之計啊。”
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諸葛亮病重時，和楊儀及司馬費禕等人安排自己去世後的撤軍部署，命令魏延斷後，薑維緊隨其後；如果魏延不服從命令，軍隊就自行出發。諸葛亮去世後，楊儀保密不公布喪事，讓費禕去揣摩魏延的意思。魏延說：“丞相雖然去世，可我還在。相府的親信官員，可以護送喪事返回安葬，我應當親自率領各路軍隊攻打敵軍；怎麼能因為一個人的去世就荒廢天下的大事呢！況且我魏延是什麼人，要受楊儀的調度，擔任斷後將領嗎！”自己和費禕一起商議留下和撤退的部署，讓費禕親筆寫下和自己聯名的文書，告知各位將領。費禕欺騙魏延說：“我會為你回去勸說楊長史。楊長史是文官，很少經曆軍事，一定不會違抗命令。”費禕出門後，騎馬飛奔而去。魏延不久就後悔了，但已經來不及了。
隨後，魏延派人窺探楊儀等人的動靜，發現他們要按照諸葛亮的既定部署，各營依次撤軍返回，魏延大怒，在楊儀還沒出發時，率領自己的部眾徑直向南返回，所過之處燒毀棧道。魏延、楊儀各自上表指控對方叛逆，一天之內，緊急文書接連送到朝廷。漢後主向侍中董允、留府長史蔣琬詢問，蔣琬、董允都擔保楊儀而懷疑魏延。楊儀等人命令士兵砍伐山林開辟道路，日夜兼程，也緊隨魏延之後。魏延先到達，占據南穀口，派兵迎擊楊儀等人，楊儀等人命令將軍何平在前麵抵禦魏延。何平斥責魏延的先頭部隊說：“丞相剛去世，屍骨未寒，你們怎麼敢這樣！”魏延的士兵知道理虧在魏延，所以沒人願意為他賣命，就都潰散了。魏延獨自和他的兒子幾人逃跑，奔向漢中，楊儀派將領馬岱追擊斬殺了他，隨後誅滅魏延三族。蔣琬率領宮中警衛各營北上趕赴危難，走了幾十裡，魏延被殺的消息傳來，就返回了。起初，魏延想殺楊儀等人，希望當時的輿論能讓自己取代諸葛亮輔政，所以不向北投降魏國而向南攻打楊儀，其實沒有反叛的意思。各路軍隊返回成都，實行大赦，追諡諸葛亮為忠武侯。起初，諸葛亮曾上表給漢後主說：“成都有桑樹八百株，薄田十五頃，子弟的衣食自給有餘，我不另外經營產業來增加絲毫財富。如果我去世時，不會讓家中有多餘的布帛、外麵有多餘的財產，以免辜負陛下。”去世時果然像他所說的那樣。丞相長史張裔常稱讚諸葛亮說：“諸葛公賞賜不遺漏疏遠的人，懲罰不偏袒親近的人，爵位不能靠無功獲取，刑罰不能因權貴而免除，這就是無論賢愚都願意為他舍身的原因啊！”
陳壽評論說：諸葛亮擔任相國，安撫百姓，明確禮儀規範，精簡官職，遵循靈活的製度，敞開誠心，公布公道；對儘忠並有益於時局的人，即使是仇人也必定獎賞，對觸犯法令、懈怠職守的人，即使是親信也必定懲罰，對認罪悔改的人，即使罪行重也必定釋放，對用虛浮言辭掩飾過錯的人，即使罪行輕也必定處死；善舉無論多微小都給予獎賞，惡行無論多細微都加以貶斥；處理各種事務精明乾練，能抓住根本，依據名分追究實際，鄙視虛偽。最終在蜀國境內，人們都敬畏並愛戴他，刑法政令雖然嚴厲卻沒有怨恨，因為他用心公平且勸誡明確。可以說是懂得治理國家的傑出人才，能和管仲、蕭何相媲美啊！
起初，長水校尉廖立，自認為才能名聲應該成為諸葛亮的副手，常因職位閒散，便心懷不滿、抱怨誹謗不止，諸葛亮把廖立廢為平民，流放到汶山。等到諸葛亮去世，廖立流淚說：“我終究要像異族那樣披散衣襟（指終生流落邊疆）了！”李平聽說諸葛亮去世，也發病而死。李平常常希望諸葛亮能再次起用自己，得以彌補過錯，料想後來的人不會這樣做。
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