黨羽也都被處死。朝廷任命劉牢之為都督兗、豫、冀、幽、並、徐、揚州、晉陵諸軍事（管轄多地軍事），接替王恭的職位。
不久後，楊佺期、桓玄率軍抵達石頭城，殷仲堪率軍抵達蕪湖。司馬元顯從竹裡快馬返回京城，派丹楊尹王愷等人征發京城的士人百姓幾萬人，駐守石頭城，抵抗楊佺期等人。楊佺期、桓玄等人上奏朝廷，為王恭辯冤，請求處死劉牢之。劉牢之率領北府軍（東晉精銳軍隊，主力為北方流民）快馬趕赴京城，駐紮在新亭（今江蘇南京附近，軍事要地）。楊佺期、桓玄看到北府軍，大驚失色，率軍退回蔡洲（今江蘇南京西南長江中島嶼）。
朝廷不知道西邊（指殷仲堪、桓玄等人）軍隊的虛實，而殷仲堪等人率領幾萬士兵，遍布京城郊外，朝廷內外都被逼迫，陷入憂慮之中。
左衛將軍桓修是桓衝的兒子，他對司馬道子說：“西邊的軍隊是可以通過勸說解散的，我知道他們的內情。殷仲堪、桓玄等人之所以敢起兵，全是依靠王恭，現在王恭已經被消滅，西邊的軍隊肯定士氣低落、心懷恐懼。現在要是用豐厚的利益拉攏桓玄和楊佺期，兩人一定會心中歡喜；桓玄能牽製殷仲堪，楊佺期也能被勸說倒戈，進而除掉殷仲堪。”司馬道子采納了桓修的建議，任命桓玄為江州刺史；征召郗恢回朝廷擔任尚書，任命楊佺期接替郗恢，擔任都督梁、雍、秦三州諸軍事、雍州刺史；任命桓修為荊州刺史，暫時統領左衛將軍府的文武官員，前往荊州鎮守，還命令劉牢之率領一千士兵護送他；把殷仲堪貶為廣州刺史，派殷仲堪的叔父、太常（官職，掌管禮儀祭祀）殷茂宣讀詔書，命令殷仲堪率軍撤回。
張驤的兒子張超收攏了三千多戶人家，占據南皮（今河北滄州南皮區），自稱烏桓王，劫掠周邊各郡。魏王拓跋珪命令庾嶽率軍討伐他。
楊軌駐紮在廉川（今青海樂都附近），招集夷人、漢人，部眾達到一萬多人。王乞基對楊軌說：“禿發氏（指禿發烏孤）才能出眾且兵力強盛，況且他原本就是我的君主，不如歸降他。”楊軌於是派遣使者，向西平王禿發烏孤投降。不久後，楊軌被羌人首領梁饑打敗，向西逃到??海（今青海湖附近），襲擊乙弗鮮卑部落，占據了他們的地盤。
禿發烏孤對大臣們說：“楊軌、王乞基真心歸降我，你們卻不趕緊出兵救援，讓他們被羌人擊敗，我對此深感愧疚。”平西將軍渾屯說：“梁饑沒有長遠的謀略，一次交戰就能活捉他。”
梁饑率軍進攻西平郡（今青海西寧附近），西平人田玄明抓住太守郭幸，自己取而代之，率軍抵抗梁饑，還派兒子到禿發烏孤那裡做人質，請求救援。禿發烏孤想出兵救援，大臣們忌憚梁饑兵力強盛，大多對此猶豫不決。左司馬趙振說：“楊軌剛剛戰敗，呂氏（後涼）勢力正強，洪池嶺以北的地區，我們暫時不能指望奪取。但嶺南（洪池嶺以南）的五個郡，或許可以拿下。大王如果沒有開拓疆域的誌向，我就不敢多說；如果想治理天下，這個機會不能錯過。要是讓羌人占領西平，漢人、夷人都會震動，這對我們不利啊。”
禿發烏孤高興地說：“我也想趁機建立功業，怎麼能困在偏遠山穀裡死守呢！”於是對大臣們說：“梁饑要是占領西平，憑借山河險阻據守，我們就再也控製不了他了。梁饑雖然勇猛，但軍隊紀律混亂，很容易打敗。”隨後率軍進攻梁饑，大敗梁饑的軍隊。梁饑後退，駐紮在龍支堡（今青海民和附近）。禿發烏孤繼續進軍，攻破龍支堡，梁饑獨自騎馬逃往澆河郡（今青海貴德附近）。此戰中，禿發烏孤的軍隊俘虜、斬殺敵軍幾萬人，他任命田玄明為四平內史。樂都太守田瑤、湟河太守張裯、澆河太守王稚，都率領本郡投降；嶺南地區幾萬部落的羌人、胡人，也都歸附了禿發烏孤。
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西秦王乞伏乾歸派遣秦州牧乞伏益州、武衛將軍慕兀、冠軍將軍翟瑁，率領兩萬騎兵討伐吐穀渾。
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