回，任命為宣城內史。
夏季四月，劉裕返回京口鎮守，朝廷改授他都督荊、司等十六州諸軍事，加領兗州刺史。
這時，盧循派遣使者向朝廷進貢。當時朝廷剛剛平定內亂，沒有精力征討盧循；壬申日，朝廷任命盧循為廣州刺史，徐道覆為始興相。盧循送給劉裕益智粽（一種有補益作用的粽子），劉裕回贈他續命湯（一種中藥湯劑）。盧循任命前琅邪內史王誕為平南長史。王誕勸盧循說：“我本來就不是軍旅之人，留在這裡沒什麼用處；我一向受到劉鎮軍（劉裕）的厚待，如果能返回北方，必定會得到他的任用，到時候無論為公為私，都能報答您的厚恩。”盧循認為他說得很對。劉裕寫信給盧循，讓他遣送吳隱之返回朝廷，盧循沒有答應。王誕又勸盧循說：“將軍現在留下吳公，無論從公事還是私事來看，都不是好計策。當年孫伯符（孫策）難道不想留下華子魚（華歆）嗎？隻是因為一個地方容不下兩位君主罷了。”於是盧循派遣吳隱之和王誕一起返回朝廷。
起初，南燕君主慕容備德在後秦擔任張掖太守時，他的兄長慕容納和母親公孫氏居住在張掖。慕容備德跟隨秦王苻堅攻打淮南時，留下一把金刀與母親告別。後來慕容備德和燕王慕容垂在山東起兵反秦，張掖太守苻昌逮捕了慕容納和慕容備德的幾個兒子，將他們全部處死，公孫氏因年老得以幸免，慕容納的妻子段氏正懷有身孕，沒有被立即處決。獄吏呼延平是慕容備德過去的部下，偷偷帶著公孫氏和段氏逃往羌人地區。段氏生下兒子慕容超，慕容超十歲時，公孫氏病重，臨終前把金刀交給慕容超說：“你如果能返回東方，一定要把這把金刀還給你的叔叔（慕容備德）。”呼延平又帶著慕容超母子逃往涼州。等到呂隆投降後秦，慕容超跟隨涼州的百姓遷徙到長安。呼延平去世後，段氏為慕容超娶了妻子。
慕容超擔心被後秦人逮捕，於是假裝瘋狂，沿街乞討；後秦人都看不起他，隻有東平公姚紹見了他，覺得他與眾不同，便對後秦王姚興說：“慕容超身材魁梧，氣度不凡，恐怕不是真的瘋狂，希望您能稍微授予他一些官職，以此來籠絡他。”姚興召見慕容超，和他交談，慕容超故意答錯問題，有時還問而不答。姚興對姚紹說：“諺語說‘漂亮的皮膚不會包裹著愚笨的骨頭’，這不過是瞎說罷了。”於是把慕容超打發走了。
慕容備德聽說兄長慕容納有個遺腹子在後秦，便派遣濟陰人吳辯前去尋找。吳辯通過在長安以占卜為生的同鄉宗正謙，把消息告訴了慕容超。慕容超不敢告訴母親和妻子，便偷偷和宗正謙改換姓名，逃歸南燕。走到梁父時，鎮南長史悅壽把這事報告給兗州刺史慕容法。慕容法說：“過去漢朝有個占卜的人謊稱是衛太子，現在怎麼知道他不是這類人呢！”因此沒有禮遇慕容超。慕容超從此與慕容法產生了嫌隙。
慕容備德聽說慕容超到來，心裡非常高興，立即派遣三百名騎兵前去迎接。慕容超抵達廣固，把金刀獻給慕容備德。慕容備德痛哭流涕，悲痛不已，冊封慕容超為北海王，任命他為侍中、驃騎大將軍、司隸校尉、開府，精心挑選當時的賢才，擔任他的屬官。慕容備德沒有兒子，打算把慕容超立為繼承人。慕容超在宮內侍奉慕容備德，極儘孝道，讓他歡心；在宮外則禮賢下士，因此朝廷內外的讚譽和期望都集中到他身上。
五月，桂陽太守、章武王司馬秀和益州刺史司馬軌之謀反，被處死。司馬秀的妻子是桓振的妹妹，所以他因自我懷疑而謀反。桓玄的殘餘黨羽桓亮、苻宏等人，聚集部眾在郡縣作亂的有十幾股，劉毅、劉道規、檀祗等人分別領兵討伐，將他們全部消滅，荊州、汀州、江州、豫州都得以平定。朝廷下詔任命劉毅為都督淮南等五郡軍事、豫州刺史，何無忌為都督江東五郡軍事、會稽內史。
北青州刺史劉該謀反，勾結北魏作為外援，清河、陽平二郡太守孫全聚集部眾響應他。六月，北魏豫州刺史索度真、大將斛斯蘭侵犯徐州，圍攻彭城。劉裕派遣他的弟弟南彭城內史劉道憐、東海太守孟龍符領兵援救彭城，斬殺劉該和孫全，北魏軍隊戰敗逃走。孟龍符是孟懷玉的弟弟。
後秦隴西公姚碩德討伐仇池，多次擊敗楊盛的軍隊；將軍斂俱攻打漢中，攻克成固，將三千多家流民遷徙到關中。秋季七月，楊盛向後秦請求投降。後秦任命楊盛為都督益、寧二州諸軍事、征南大將軍、益州牧。
劉裕派遣使者向後秦求和，並且請求歸還南鄉等幾個郡，後秦王姚興答應了。大臣們都認為不應該答應，姚興說：“天下的善行都是一樣的。劉裕從低微的地位崛起，能夠討伐誅殺桓玄，複興晉朝宗室，對內整頓政務，對外整治邊疆，我何必吝惜幾個郡，而不成全他的好事呢！”於是割讓南鄉、順陽、新野、舞陰等十二個郡歸還給東晉。
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