到了公元498年春季，正月，癸未朔，南齊宣布大赦天下。接著，朝廷加授中軍將軍徐孝嗣為開府儀同三司，徐孝嗣堅決推辭。
北魏將領李佐攻打新野，丁亥日，攻克城池，活捉太守劉思忌，問道：“如今是否願意投降？”劉思忌說：“寧做南方的鬼魂，不做北方的臣子！”李佐於是將他殺死。此事震動了沔水北岸各地。戊子日，湖陽戍主蔡道福，辛卯日，赭陽戍主成公期，壬辰日，舞陰戍主黃瑤起、南鄉太守席謙，相繼向南逃跑。黃瑤起被北魏軍隊俘獲，孝文帝將他賞賜給王肅，王肅把他切成小塊煮熟吃了。乙巳日，南齊明帝命令太尉陳顯達率軍援救雍州。
明帝身患疾病，因皇室近親人少力弱，十分猜忌高帝、武帝的子孫。當時高帝、武帝的子孫還有十位藩王，每逢初一、十五入朝，明帝返回後宮後總會歎息說：“我和司徒（蕭子良）的幾個兒子都壽命不長，高帝、武帝的子孫卻一天天長大！”明帝想要將高帝、武帝的宗族全部鏟除，便用隱晦的言辭詢問陳顯達，陳顯達回答說：“這些人哪裡值得憂慮！”又詢問揚州刺史始安王蕭遙光，蕭遙光認為應當逐步實施屠殺計劃。蕭遙光患有腳病，明帝常常讓他乘車從望賢門入宮。每次他與明帝屏退旁人長時間交談後，明帝都會索要香火，嗚咽流淚，第二天必定會有人被誅殺。恰逢明帝病情突然加重，氣絕後又蘇醒過來，蕭遙光於是施行鏟除計劃。丁未日，明帝下令殺死河東王蕭鉉、臨賀王蕭子嶽、西陽王蕭子文、永陽王蕭子峻、南康王蕭子琳、衡陽王蕭子瑉、湘東王蕭子建、南郡王蕭子夏、桂陽王蕭昭粲、巴陵王蕭昭秀，至此太祖（高帝）、世祖（武帝）以及世宗（文惠太子蕭長懋）的子孫全部被誅殺殆儘。蕭鉉等人死後，明帝才讓公卿大臣上奏彈劾他們的罪狀，請求誅殺，明帝下詔不準；大臣們再次上奏，然後才批準。南康王的侍讀、濟陽人江泌為蕭子琳痛哭，眼淚流乾後，接著流出鮮血；他親自護送蕭子琳的靈柩安葬完畢，才離去。
二月，癸醜日，南齊明帝下詔命令左衛將軍蕭惠休等人援救壽陽。甲子日，北魏軍隊攻克宛城的北城，房伯玉反綁雙手出城投降。房伯玉的堂弟房思安擔任北魏的中統軍，多次為房伯玉哭著求情，孝文帝才赦免了他。庚午日，孝文帝前往新野。辛巳日，北魏任命彭城王元勰為使持節、都督南征諸軍事、中軍大將軍、開府儀同三司。三月，壬午朔，崔慧景、蕭衍在鄧城大敗。當時崔慧景抵達襄陽時，沔水北岸的五郡已經淪陷，崔慧景與蕭衍以及軍主劉山陽、傅法憲等人率領五千餘人進軍鄧城，北魏數萬騎兵突然趕到，各路軍隊登上城樓據守。當時將士們早晨沒吃飽就倉促行軍，都麵帶饑餓恐懼的神色。蕭衍想要出戰，崔慧景說：“敵軍不會夜間圍攻城池，等到天黑自然會離去。”不久北魏軍隊越來越多。崔慧景從南門率領軍隊逃走，其他各路軍隊不知情，也相繼潰散。北魏軍隊從北門入城，劉山陽與部下數百人斷後死戰，一邊作戰一邊撤退。崔慧景的軍隊經過鬨溝時，士兵相互踩踏，橋梁都被壓斷。北魏軍隊在道路兩側射箭，殺死傅法憲，士兵墜入溝中死亡的不計其數，劉山陽取下士兵的鎧甲兵器填滿溝壑，踩著過去，才得以幸免。孝文帝率領大軍追擊，傍晚時分抵達沔水岸邊。劉山陽據守城池苦戰，直到天黑，北魏軍隊才撤退。各路軍隊十分恐懼，當天夜裡，都乘船返回襄陽。
庚寅日，孝文帝率領十萬大軍，儀仗盛大，旌旗華蓋簇擁，包圍樊城，曹虎緊閉城門據守。孝文帝親臨沔水岸邊，眺望襄陽城，隨後離去，前往湖陽。
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