缺乏糧食，陳霸先有五十萬石糧食，分出三十萬石資助他們。八月壬寅朔日，王僧辯的前軍襲擊於慶，於慶放棄郭默城逃走，範希榮也放棄尋陽城逃走。晉熙人王僧振等人起兵圍攻郡城，王僧辯派遣沙州刺史丁道貴援助他們，任延和等人棄城逃走。湘東王蕭繹命令王僧辯暫且停駐尋陽，等待各路軍隊集結。
當初，侯景攻克建康後，常常說吳地人怯懦軟弱，容易突然攻取。應當先開拓平定中原，然後再稱帝。侯景娶了梁簡文帝的女兒溧陽公主，十分寵愛她，因此耽誤了政事。王偉多次勸諫，侯景把這事告訴了溧陽公主，公主說了些難聽的話。王偉擔心被她讒害，於是勸說侯景除掉簡文帝。等到侯景從巴陵戰敗返回後，身邊猛將大多戰死，自己擔心不能長久存活，就想要早日登上皇位。王偉說：“自古以來改朝換代，必須進行廢立君主之事，這樣既顯示我們的威權，又斷絕了百姓對舊主的期望。”侯景聽從了他的建議。派前壽光殿學士謝昊撰寫詔書，稱“弟弟、侄子爭奪皇位，星辰運行錯亂，都是因為我不是正統後裔，招致禍亂和災害，應當禪位於豫章王蕭棟。”派呂季略帶著詔書入宮，逼迫簡文帝抄寫。蕭棟是蕭歡的兒子。
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戊午日，侯景派遣衛尉卿彭雋等人率領士兵進入宮殿，廢黜簡文帝為晉安王，將他囚禁在永福省，全部撤掉宮內宮外的侍衛，派精銳騎兵在左右守衛，牆壁上都布滿了帶刺的枳樹和荊棘。庚申日，下詔迎接豫章王蕭棟。蕭棟當時正被囚禁，供給的糧食十分微薄，隻能靠蔬菜度日。他正和妃子張氏一起鋤葵菜，皇帝的儀仗突然到來，蕭棟大驚，不知所措，哭著登上了車駕。
侯景殺害了哀太子蕭大器、尋陽王蕭大心、西陽王蕭大鈞、建平王蕭大球、義安王蕭大昕以及留在建康的王侯二十多人。太子神情端莊堅毅，對侯景的黨羽從未屈意迎合，親近的人私下問他，太子說：“賊人如果還顧及名義道義，就不必殺我，我即使對他們輕慢嗬斥，他們終究也不敢加害。如果殺我的時候到了，即使一天跪拜上百次，也沒有用處。”有人又問：“殿下現在身處困境，卻神色安然，和平時沒有兩樣，為什麼呢？”太子說：“我自己估計死期一定在賊人之前，如果各位叔父能消滅賊人，賊人一定會先殺我，然後我再去死。如果不是這樣，賊人也會殺我來謀取富貴，怎麼能拿必然會死的性命去做無益的憂愁呢！”等到遇害時，太子神色不變，從容地說：“早就知道會有這事，可惜來得太晚了！”行刑的人準備用衣帶絞死他，太子說：“這東西不能把人勒死。”命令拿床帳的繩子來絞殺，才斷氣。
壬戌日，蕭棟即位稱帝。大赦天下，改年號為天正。太尉郭元建聽說後，從秦郡疾馳返回，對侯景說：“主上是先帝的太子，既沒有過錯，怎麼能廢黜他呢！”侯景說：“王偉勸我，說‘早點除掉百姓所敬仰的人’。我因此聽從了他的建議來安定天下。”郭元建說：“我們挾持天子來號令諸侯，還擔心不能成功；現在無故廢黜天子，這是自取危亡，哪裡能安定天下呢！”侯景想要迎接簡文帝複位，立蕭棟為太孫。王偉說：“廢立是國家大事，怎麼能屢次更改呢！”侯景於是作罷。
乙醜日，侯景又派人在吳郡殺害南海王蕭大臨，在姑孰殺害南郡王蕭大連，在會稽殺害安陸王蕭大春，在京口殺害高唐王蕭大壯。侯景把太子妃賜給郭元建，郭元建說：“哪裡有皇太子妃做別人侍妾的道理呢！”最終沒有與她相見，聽任她出家為尼。
丙寅日，蕭棟追尊昭明太子蕭統為昭明皇帝，豫章安王蕭歡為安皇帝，金華敬妃為敬太皇太後，豫章太妃王氏為皇太後，妃子張氏為皇後。任命劉神茂為司空。
九月己亥日，湘東王蕭繹任命尚書令王僧辯為江州刺史，江州刺史陳霸先為東揚州刺史。
王偉勸說侯景弑殺簡文帝，以斷絕眾人的期望，侯景聽從了他的建議。冬季，十月壬寅夜，王偉與左衛將軍彭雋、王修纂向簡文帝進酒，說：“丞相因為陛下被幽禁憂愁已久，派我們來為陛下祝壽。”簡文帝笑著說：“我已經禪讓皇位了，怎麼還能稱陛下呢！這杯祝壽酒，恐怕是要讓我性命不保吧！”於是彭雋等人拿出曲項琵琶，與簡文帝儘情飲酒。簡文帝知道自己將要被殺害，於是喝得大醉，說：“沒想到快樂能到這種地步！”喝醉後就睡著了。王偉於是退出去，彭雋獻上裝滿土的袋子，王修纂坐在上麵，將簡文帝悶死。王偉拆下門板作為棺材，把簡文帝的靈柩遷到城北的酒庫中安葬。簡文帝被囚禁之後，不再有侍從和紙張，於是在牆壁和木板屏障上寫詩作文數百篇，言辭十分淒涼悲傷。侯景追諡簡文帝為明皇帝，廟號高宗。
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