但沒有德行就無法固守；徒有三吳、百越的兵力，沒有恩德就不能自立。”隋文帝任命崔仲方為基州刺史。
等到接受蕭岩等人歸降後，隋文帝更加憤怒，對高熲說：“我是百姓的父母，怎能因一條衣帶般狹窄的江水就不去拯救他們呢！”於是下令大規模建造戰船。有人請求秘密進行，隋文帝說：“我要公開替天行道討伐有罪，有什麼可保密的！”他讓人把造船的木片投入江中，說：“如果他們畏懼而悔改，我還有什麼要求！”
楊素在永安建造大艦，名為“五牙”，艦上建五層樓，高一百多尺；左右前後設置六根拍竿，各高五十尺，可容納八百名戰士；次一等的叫“黃龍”，可容納一百名士兵。其餘平乘、舴艋等艦船各有等級差別。
晉州刺史皇甫續將要赴任，叩首說南陳有三個可以滅亡的理由。隋文帝詢問具體情況，他說：“大國吞並小國，這是其一；以有道討伐無道，這是其二；南陳接納叛臣蕭岩，我們有了出兵的理由，這是其三。陛下若任命將領出兵，我願效微薄之力！”隋文帝慰勞並派遣了他。
當時江南的妖異現象特別多，臨平湖的水草久被堵塞，忽然自行開通。陳後主厭惡此事，於是到佛寺中自賣為奴來鎮服妖異。又在建康建造大皇寺，修七級佛塔；還沒完工，火從塔中燃起將其燒毀。
吳興人章華，好學且擅長寫文章。朝臣因章華一向沒有功名資曆，競相排擠詆毀他，隻任命他為大市令。章華鬱鬱不得誌，上書極力勸諫，大略說：“從前高祖南平百越，北誅逆虜，世祖東定吳會，西破王琳，高宗收複淮南，開辟千裡疆土，三位先祖的功績已經很卓著了。陛下即位至今五年，不思先帝的艱難，不知天命的可畏；沉溺於寵妃，迷惑於酒色；祭祀祖廟不出宮門，冊封三妃卻親臨殿軒；老臣宿將被棄置荒野，諂媚奸邪之徒升進朝廷。現在疆土日益縮小，隋軍逼近邊境，陛下如果不改弦更張，我預見姑蘇台將再次有麋鹿出沒（指國家滅亡）！”陳後主大怒，當天就把章華斬首。
到了公元588年春季，正月辛巳日，南陳後主立皇子陳為東陽王，陳恬為錢塘王。派遣散騎常侍袁雅等人出使隋朝；又派散騎常侍九江人周羅睺率軍駐守峽口，侵犯隋朝峽州。
三月戊寅日，隋文帝下詔說：“陳叔寶占據巴掌大的土地，放縱貪得無厭的欲望，掠奪百姓，使他們資產耗儘；逼迫朝廷內外的人，勞役不停；窮奢極侈，日夜顛倒；斬殺直言進諫的人，誅滅無罪的家族；欺瞞上天作惡，祭祀鬼神求恩；讓女子濃妝豔抹卻手持武器，讓宮女穿綾羅綢緞卻要戒嚴清道；自古以來的昏君亂主，很少有人能與之相比。君子潛逃，小人得誌。天災地孽，物怪人妖層出不窮。官員們閉口不言，百姓在路上相遇隻能用眼神示意。再加上他違背道義和諾言，侵擾邊境；像老鼠、盜賊一樣晝伏夜遊。天下都是我的臣民，每當聽到這些情況，我都心懷悲傷憐憫。可以出兵執行法令，順應時機誅滅他；這次行動之後，永遠平定吳越地區。”又送去璽書揭露陳後主的二十條罪狀；還抄寫了三十萬份詔書，傳遍江南地區。
南陳太子陳胤，生性聰明機敏，喜好文學，但有不少過失；太子詹事袁憲懇切勸諫，可他不聽從。當時沈皇後失寵，而後主的近侍多次在東宮往來，太子也多次派人到皇後住處，後主懷疑他們心懷怨恨，因此非常厭惡。張、孔兩位貴妃日夜編造皇後和太子的壞話，孔範之流又在宮外附和。後主想立張貴妃的兒子始安王陳深為繼承人，曾隨口提及此事。吏部尚書蔡征順從旨意稱讚，袁憲嚴厲反駁說：“皇太子是國家的儲君，是百姓所歸附的，你是什麼人，敢輕易談論廢立！”後主最終聽從了蔡征的建議。夏季五月庚子日，廢黜太子陳胤為吳興王，立揚州刺史始安王陳深為太子。蔡征是蔡景曆的兒子。陳深也聰明仁惠，有誌向操守，舉止莊重，即使是身邊的近侍也從未見他喜怒形於色。後主聽說袁憲曾勸諫陳胤，當天就任命袁憲為尚書仆射。
後主對待沈皇後一向冷淡，張貴妃獨掌後宮大權，沈皇後卻淡然處之，從未有過忌恨，生活節儉，衣服沒有錦繡裝飾，隻以閱讀圖書史籍和佛經為事，多次上書勸諫。後主想廢黜她而立張貴妃，恰逢國家滅亡，未能實現。
冬季十月己亥日，南陳後主立皇子陳蕃為吳郡王。己未日，隋朝在壽春設置淮南行省，任命晉王楊廣為尚書令。
後主派遣兼散騎常侍王琬、兼通直散騎常侍許善心出使隋朝，隋人把他們留在客館。王琬等人多次請求返回，隋人不允許。
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