公元604年，春季，正月，隋文帝準備前往仁壽宮避暑，術士章仇太翼極力勸諫，文帝不聽。章仇太翼說：“這次出行恐怕陛下再也回不來了！”文帝大怒，把他關押在長安監獄，約定返回後就處死他。甲子日，文帝抵達仁壽宮。乙醜日，下詔將賞賜、開支等大小事務，全部交給皇太子處理。夏季，四月乙卯日，文帝生病。六月庚申日，朝廷再次大赦天下。秋季，七月甲辰日，文帝病情加重，臥床與百官訣別，握著大臣們的手抽泣不止，下令太子赦免章仇太翼。丁未日，文帝在大寶殿去世。
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隋文帝性格嚴肅莊重，令行禁止，勤於處理朝政。每天清晨就臨朝聽政，直到太陽西斜仍不知疲倦。他雖然對財物吝嗇，但賞賜有功之臣時，卻毫不吝惜；有將士戰死，必定給予優厚撫恤，還派使者慰問他們的家屬。他愛護百姓，鼓勵農桑生產，減輕徭役賦稅。自己的生活務求節儉樸素，車馬服飾等用物，破舊了就隨時修補使用；除非舉辦宴會，平時吃飯不過一道肉菜；後宮妃嬪都穿著洗過的衣服。天下人都受其感化，開皇、仁壽年間，男子大多穿絹布衣服，不穿綾羅綢緞，衣帶裝飾隻用銅鐵骨角，沒有金玉飾品。因此糧食布帛日益富足，倉庫充盈。文帝剛接受禪讓時，全國民戶不滿四百萬，到他晚年，超過八百九十萬，僅冀州就有一百萬戶口。但他生性猜忌苛刻，容易聽信讒言，功臣舊部沒有能始終保全的；甚至對自己的子弟，也如同對待仇敵一般，這是他的缺點。
當初，文獻皇後獨孤氏去世後，宣華夫人陳氏、容華夫人蔡氏都受到文帝寵愛。陳氏是陳高宗的女兒，蔡氏是丹楊人。文帝在仁壽宮病重時，尚書左仆射楊素、兵部尚書柳述、黃門侍郎元岩都進入內殿侍奉，召皇太子住進大寶殿。太子擔心文帝去世，需要預先防備，便親自寫信密封後派人詢問楊素；楊素逐條列出應對事宜回複太子。宮人誤把這封信送到了文帝那裡，文帝看後大怒。陳夫人清晨出去更衣，被太子逼迫，她奮力抗拒才得以脫身，回到文帝身邊。文帝見她神色異常，便詢問緣由，陳夫人流淚說：“太子無禮！”文帝聽後怒不可遏，捶著床說：“畜生怎麼配托付大事！獨孤氏誤了我！”於是叫來柳述、元岩說：“召我的兒子！”柳述等人準備去叫太子，文帝說：“是楊勇！”柳述、元岩出宮起草詔書。楊素得知後，立刻將此事告訴太子，兩人偽造詔書逮捕柳述、元岩，將他們關押在大理獄；又調東宮士兵駐守皇宮，門禁出入都由宇文述、郭衍節製；派右庶子張衡進入寢殿侍奉文帝，把後宮妃嬪全部趕到其他房間。不久，文帝去世。因此朝廷內外對文帝之死議論紛紛。陳夫人和後宮妃嬪聽到變故，嚇得相互戰栗，麵無人色。傍晚時分，太子派使者送來一個小金盒，盒口貼了紙條，太子親自署名封緘，賜給陳夫人。陳夫人見了，惶恐不安，以為是毒藥，就不敢打開。使者催促了好幾次，她才忐忑不安的打開，裡麵原來是幾枚同心結。宮女們看後都很高興，相互說：“這下可以免死了！”陳夫人卻憤怒地坐下，不肯致謝；宮女們一起逼迫她，她才起身向使者行禮。當天夜裡，太子與陳夫人發生了不正當關係。
乙卯日，朝廷為文帝發喪，太子即位，是為隋煬帝。恰逢伊州刺史楊約前來朝見，煬帝派楊約進入長安，更換留守官員，偽造文帝詔書，賜前太子楊勇死，將他縊殺；然後部署軍隊，公布文帝去世的消息。煬帝聽說後，說：“楊約果然能擔當大任。”追封楊勇為房陵王，但不給他立繼承人。八月，丁卯日，文帝的靈柩從仁壽宮運到長安；丙子日，停放在大興前殿。柳述、元岩都被削去官籍，柳述流放龍川，元岩流放南海。煬帝命令蘭陵公主與柳述斷絕關係，想讓她改嫁；公主以死發誓，不再上朝，上表請求與柳述一同流放，煬帝大怒。公主最終憂憤而死，臨終前上表請求葬在柳家墓地。煬帝更加憤怒，竟然不哭，葬禮也十分簡單。
太史令袁充上奏說：“陛下即位的年份，與唐堯接受天命的年份相同。”暗示百官上表祝賀。禮部侍郎許善心議論說：“國喪剛結束，不宜舉行祝賀儀式。”左衛大將軍宇文述一向厭惡許善心，暗示禦史彈劾他；許善心被降為給事郎，品級降低二等。
漢王楊諒受到文帝寵愛，擔任並州總管，管轄範圍從太行山以東到滄海，南至黃河，共五十二州；文帝特許他遇事可自行決斷，不必拘泥於律令。楊諒自認為占據天下精兵之地，看到太子楊勇因讒言被廢，心中常常感到不滿；到蜀王楊秀獲罪後，他更加不安，便在暗中積蓄力量，圖謀不軌。他對文帝說：“突厥正強大，應該加強軍事防備。”於是大規模征發工匠，修繕兵器，招集亡命之徒，身邊的親信近臣將近數萬人。突厥曾侵犯邊境，文帝派楊諒抵禦，結果被突厥打敗；他麾下的八十多名將帥因此被免職，都發配到嶺南戍邊。楊諒因為這些人是自己的舊部，便上奏請求留下他們，文帝大怒說：“你身為藩王，隻應恭敬地遵守朝廷命令，怎麼能私下議論舊部，破壞國家法令！唉，你一旦沒有我，要是敢輕舉妄動，別人捉拿你就像抓籠子裡的小雞一樣容易，用得著這些心腹嗎！”
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