冬季，十月丁醜日，盜賊首領呂明星包圍東郡，虎賁郎將費青奴擊敗了他。
劉元進率領部眾準備渡過長江，恰逢楊玄感戰敗，朱燮、管崇迎接劉元進，推舉他為首領，占據吳郡，自稱天子，朱燮、管崇都擔任尚書仆射，設置百官，毘陵、東陽、會稽、建安的豪傑大多逮捕當地長官響應他們。煬帝派遣左屯衛大將軍代郡人吐萬緒、光祿大夫下邽人魚俱羅率領軍隊討伐他們。
十一月己酉日，右候衛將軍馮孝慈在清河郡討伐張金稱，馮孝慈戰敗身亡。
楊玄感向西進軍時，韋福嗣逃亡到東都自首，當時像他這樣自首的人都沒有被追究責任。樊子蓋收繳了楊玄感的文書檔案，得到了他起草的書信，密封後呈給煬帝；煬帝命令將韋福嗣押送到行宮。李密逃亡後，被人抓獲，也被送往東都。樊子蓋將韋福嗣、李密以及楊積善、王仲伯等十餘人鎖押送往高陽，李密與王仲伯等人暗中謀劃逃跑，把他們攜帶的全部金銀都拿出來給使者看，說：“我們死了以後，這些金銀都留給你，希望你能用它來埋葬我們，其餘的就當作對你的報答。”使者貪圖金銀，答應了他們的請求，對他們的防備逐漸鬆懈。李密請求去集市購買酒食，每次宴飲都喧嘩到深夜，使者沒有放在心上。走到魏郡石梁驛時，李密等人灌醉了看守的人，穿牆逃跑。李密呼喊韋福嗣一起走，韋福嗣說：“我沒有罪，天子不過是當麵責備我罷了。”抵達高陽後，煬帝把韋福嗣起草的書信給他看，將他交付大理寺審理。宇文述上奏說：“這些凶惡叛逆之徒，是臣子們共同痛恨的，如果不加以重罰，就無法嚴肅法紀、警示後人。”煬帝說：“任憑你處置。”十二月甲申日，宇文述在野外，把所有應受刑罰的人都綁在木架上，用車輪套住他們的脖子，讓九品以上的文武官員都手持兵器砍殺射擊，亂箭如雨，受刑的人身軀碎裂，仍然套在車輪中。楊積善、韋福嗣還被處以車裂之刑，屍體都被焚燒後揚灰。楊積善自稱親手殺死了楊玄感，希望能免除死罪。煬帝說：“那麼他就是梟鳥一樣的逆子！”於是把他的姓改為梟氏。
唐縣人宋子賢擅長幻術，能變幻出佛像，自稱彌勒佛出世，遠近的人都相信他，於是他謀劃趁著無遮大會（佛教盛會）起兵襲擊煬帝的車駕；事情泄露後，宋子賢被處死，他的黨羽一千多家也被誅殺。
扶風郡的僧人向海明也自稱彌勒佛出世，凡是誠心歸附他的人，都能做吉祥的夢，因此三輔地區的人紛紛擁戴他，向海明趁機起兵謀反，部眾達到數萬人。丁亥日，向海明自稱皇帝，改年號為白烏。煬帝下詔命令太仆卿楊義臣擊敗了他。
煬帝征召衛文升、樊子蓋前往行宮，慰問犒勞他們，賞賜極為豐厚，派遣他們返回各自的任職之地。
劉元進攻打丹楊，吐萬緒渡過長江擊敗了他，劉元進解除包圍離去，吐萬緒進軍駐紮在曲阿。劉元進修建營柵抵禦吐萬緒，雙方相持了一百多天；吐萬緒發起攻擊，盜賊大敗，死者數以萬計。劉元進連夜突圍逃跑，堅守自己的營壘。朱燮、管崇等人駐紮在毘陵，連營長達一百多裡，吐萬緒乘勝進擊，再次擊敗他們。盜賊退守黃山，吐萬緒包圍了他們，劉元進、朱燮僅以身免，在陣中斬殺了管崇及其將領士兵五萬餘人，俘獲他們的子女三萬餘人，進而解除了會稽的包圍。魚俱羅與吐萬緒一起進軍，戰無不勝，然而跟隨盜賊作亂的百姓仍然絡繹不絕，盜賊戰敗後又重新聚集，勢力越來越強大。
劉元進退守建安，煬帝命令吐萬緒進軍討伐，吐萬緒以士兵疲憊為由，請求停戰休整，等待來年春天再進攻，煬帝不高興。魚俱羅也認為盜賊不是短時間內可以平定的，他的兒子們都在洛陽，暗中派遣家仆去迎接他們；煬帝得知後大怒。有關部門迎合煬帝的旨意，上奏說吐萬緒怯懦畏敵，魚俱羅作戰失利，魚俱羅因此被斬首，煬帝征召吐萬緒前往行宮，吐萬緒憂憤交加，在途中去世。
煬帝改派江都丞王世充征發數萬淮南軍隊討伐劉元進。王世充渡過長江後，多次作戰都取得勝利，劉元進、朱燮在吳郡戰敗身亡，他們的殘餘部眾有的投降，有的潰散。王世充召集先投降的盜賊在通玄寺的佛像前焚香發誓，約定投降的人不會被殺害。潰散的盜賊原本想要逃入海中繼續為盜，聽說後，十天一個月之間，幾乎都前來歸附，王世充將他們全部坑殺在黃亭澗，死者達三萬餘人。因此，殘餘的盜賊再次聚集起來作亂，官軍無法討伐，直到隋朝滅亡。煬帝認為王世充有將帥之才，對他更加寵信重用。
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