無忌秘密召見房玄齡等人，房玄齡等人說：“皇上下令不準我們再侍奉大王；如今若私自拜見，必定會被處死，不敢遵令。”李世民大怒，對尉遲敬德說：“房玄齡、杜如晦難道要背叛我嗎！”取下身上的佩刀交給尉遲敬德：“你去看看，如果他們沒有前來的心意，就砍下他們的首級回來。”尉遲敬德前往，與長孫無忌一同告知他們：“大王已下定決心，你們應迅速入宮商議大事。我們四人不能一同在路上行走。”於是讓房玄齡、杜如晦穿上道士服，與長孫無忌一同入宮，尉遲敬德從另一條路也趕到了。
己未日，太白星再次白天出現。傅奕秘密上奏：“太白星出現在秦地的分野，秦王應當擁有天下。”皇上將奏表交給李世民。於是李世民秘密上奏李建成、李元吉淫亂後宮，並且說：“我對兄弟沒有絲毫虧欠，如今他們想要殺我，似乎是為王世充、竇建德報仇。我如今含冤而死，將永遠離開君主和親人，魂魄歸於地下，實在恥於見到這些叛賊！”皇上看完奏表，十分驚愕，回複說：“明天我會審問此事，你應早點入朝參奏。”
庚申日，李世民率領長孫無忌等人入宮，在玄武門埋伏士兵。張婕妤暗中得知李世民的意圖，派人疾馳告知李建成。李建成召見李元吉商議，李元吉說：“應當率領東宮和齊府的軍隊，借口生病不上朝，以觀察形勢。”李建成說：“軍隊防備已經嚴密，我應當與你入宮參奏，親自打聽消息。”於是二人一同入宮，直奔玄武門。皇上當時已召見裴寂、蕭瑀、陳叔達等人，準備審問此事。
李建成、李元吉到達臨湖殿，察覺有變，立即調轉馬頭向東返回東宮和齊府。李世民跟在後麵呼喊他們，李元吉拉開弓箭射向李世民，多次拉弓都未能拉滿，李世民一箭射死李建成。尉遲敬德率領七十名騎兵隨後趕到，身邊的人射中李元吉，使其墜馬。李世民的馬受驚跑進樹林，被樹枝纏住，墜馬後無法站起。李元吉迅速趕到，奪過弓箭想要扼死李世民，尉遲敬德躍馬嗬斥他。李元吉步行想要逃往武德殿，尉遲敬德追趕並射箭，將其殺死。翊衛車騎將軍馮翊人馮立聽說李建成死了，歎息說：“怎能生前受他恩惠，死後卻逃避他的危難呢！”於是與副護軍薛萬徹、屈咥直府左車騎萬年人謝叔方率領東宮、齊府的精銳士兵兩千人，疾馳前往玄武門。張公謹力氣很大，獨自關閉宮門抵禦他們，使他們無法進入。雲麾將軍敬君弘掌管後宮宿衛，駐守在玄武門，挺身而出迎戰，親近的人阻止他說：“事情還未可知，暫且靜觀其變，等軍隊集結完畢，列陣再戰也不晚。”敬君弘不聽，與中郎將呂世衡大聲呼喊著衝鋒，都戰死了。敬君弘是敬顯俊的曾孫。守門士兵與薛萬徹等人苦戰許久，薛萬徹鼓噪著想要攻打秦府，秦府將士大為恐懼；尉遲敬德手持李建成、李元吉的首級展示給他們看，東宮和齊府的士兵於是潰散，薛萬徹與數十名騎兵逃入終南山。馮立殺死敬君弘後，對部下說：“這也足以稍稍報答太子了！”於是解散軍隊，逃到荒野中。
皇上正在海池泛舟，李世民派尉遲敬德入宮宿衛，尉遲敬德身披鎧甲、手持長矛，徑直來到皇上所在之處。皇上大驚，問道：“今天作亂的是誰？你前來這裡做什麼？”尉遲敬德回答：“秦王因太子、齊王作亂，起兵誅殺了他們，擔心驚動陛下，特派我前來宿衛。”皇上對裴寂等人說：“沒想到今天會發生這樣的事，該怎麼辦呢？”蕭瑀、陳叔達說：“李建成、李元吉本來就沒有參與起兵反隋的謀劃，又對天下無功，嫉妒秦王功高望重，共同策劃奸邪之事。如今秦王已經討伐並誅殺了他們，秦王功勞蓋過宇宙，天下人都歸心於他，陛下如果立他為太子，將國家政務委托給他，就不會再發生事端了。”皇上說：“好！這也是我一直以來的心願。”當時宿衛軍隊、秦府士兵與東宮、齊府的殘餘勢力仍在交戰，尉遲敬德請求皇上親手寫下敕令，命令各路軍隊都聽從秦王指揮，皇上應允。天策府司馬宇文士及從東上閣門出宮宣讀敕令，局勢才得以平定。皇上又派黃門侍郎裴矩前往東宮曉諭各位將士，將士們都散去了。皇上於是召見李世民，撫摸著他的背說：“近來，我幾乎因為聽信讒言而產生了懷疑。”李世民跪下痛哭了很久。
李建成的兒子安陸王李承道、河東王李承德、武安王李承訓、汝南王李承明、钜鹿王李承義，李元吉的兒子梁郡王李承業、漁陽王李承鸞、普安王李承獎、江夏王李承裕、義陽王李承度，都因受牽連被處死，並且被削除宗室戶籍。
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起初，李建成許諾李元吉在自己即位後，立他為皇太弟，因此李元吉為他效死力。各位將領想要將李建成、李元吉的一百多名親信全部誅殺，抄沒他們的家產，尉遲敬德堅決反對說：“罪責隻在李建成、李元吉二人，他們已經伏法；如果牽連到他們的黨羽，這並非求得安定的辦法。”於是停止了追殺。當天，皇上下詔大赦天下。叛逆的罪責，僅限於李建成、李元吉，其餘黨羽一概不予追究。僧尼、道士、女冠都保持原樣。國家的各項事務，全部由秦王處理。
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