無力抵抗，逃到青海以北，百姓和牲畜大多被吐蕃劫掠。
吐蕃進而擊敗黨項、白蘭等羌族部落，率領二十多萬大軍駐紮在鬆州西境，派遣使者進貢金銀布帛，聲稱前來迎接公主。不久後進攻鬆州，擊敗都督韓威；羌族首領閻州刺史別叢臥施、諾州刺史把利步利都獻出州城反叛，歸順吐蕃。吐蕃接連作戰不止，有八位大臣因勸諫弄讚不聽而自殺。壬寅日，太宗任命吏部尚書侯君集為當彌道行軍大總管，甲辰日，任命右領軍大將軍執失思力為白蘭道行軍總管、左武衛將軍牛進達為闊水道行軍總管、左領軍將軍劉簡為洮河道行軍總管，率領步兵騎兵五萬人攻打吐蕃。
吐蕃圍攻鬆州城十多天，牛進達擔任先鋒，九月辛亥日，趁吐蕃不備發動突襲，在鬆州城下擊敗吐蕃軍隊，斬首一千多人。弄讚感到畏懼，便率軍撤退，派遣使者前來謝罪，同時再次請求通婚；太宗同意了。
甲寅日，太宗問身邊大臣：“帝王創業與守成哪個更難？”房玄齡說：“天下大亂之初，與群雄並起爭奪天下，然後使他們臣服，創業艱難啊。”魏征說：“自古以來的帝王，沒有不是在艱難中取得天下，在安逸中失去天下的，守成更難啊。”太宗說：“房玄齡和我一同奪取天下，出生入死，所以知道創業的艱難。魏征和我一同安定天下，常常擔心在富貴中產生驕奢，在疏忽中引發禍亂，所以知道守成的艱難。然而創業的艱難，已經過去；守成的艱難，正應當與各位謹慎對待。”房玄齡等人拜謝說：“陛下能說出這番話，是天下的福氣啊。”
起初，突厥頡利可汗滅亡後，北方地區空虛，薛延陀真珠可汗率領部落在都尉犍山以北、獨邏水以南建立王庭，擁有二十萬精兵，立他的兩個兒子拔酌、頡利苾分別主管南、北部落。太宗因薛延陀強盛，擔心將來難以控製，癸亥日，冊封他的兩個兒子都為小可汗，各自賜予鼓和旗幟，表麵上表示優待尊崇，實際上是為了分割他們的勢力。
冬季十月乙亥日，巴州獠人反叛。己卯日，太宗在始平打獵；乙未日，返回京城長安。
鈞州獠人反叛；派遣桂州都督張寶德討伐平定他們。十一月丁未日，開始在玄武門設置左、右屯營飛騎，由各位將軍統領。又選拔飛騎中智勇雙全、驍勇矯健、擅長騎馬射箭的人，號稱百騎，身穿五色袍，乘坐駿馬，以虎皮為馬鞍墊，凡是太宗出遊就跟隨左右。己巳日，明州獠人反叛；派遣交州都督李道彥討伐平定他們。
十二月辛巳日，左武候將軍上官懷仁在壁州攻打反叛的獠人，大敗他們，俘獲男女一萬多人。
這一年，任命給事中馬周為中書舍人。馬周機智善辯，中書侍郎岑文本常常稱讚：“馬君議論事情，引經據典，品評古今，抓住要點，刪去繁雜，文辭恰當，道理透徹，一字不可增，也不可減，聽他說話，娓娓動聽，令人忘記疲倦。”
霍王李元軌喜好讀書，恭敬謹慎，安分守己，言行舉止不魯莽。擔任徐州刺史時，與處士劉玄平結為平民之交。有人問劉玄平霍王的長處，劉玄平說：“沒有長處。”提問的人感到奇怪。劉玄平說：“人有短處才能顯現出長處，至於霍王，沒有短處，我怎麼能稱讚他的長處呢！”
起初，西突厥咥利失可汗將國家分為十部，每部設置一名酋長，還各賜予一支箭，稱為十箭。又分為左、右兩廂，左廂號稱五咄陸，設置五大啜，居住在碎葉以東；右廂號稱五弩失畢，設置五大俟斤，居住在碎葉以西；統稱十姓。咥利失失去民心，被他的大臣統吐屯襲擊。咥利失戰敗，與他的弟弟步利設逃到焉耆據守。統吐屯等人準備擁立欲穀設為大可汗，恰逢統吐屯被人殺死，欲穀設的軍隊也戰敗，咥利失重新收複了原來的土地。到這時，西部部落最終擁立欲穀設為乙毘咄陸可汗。乙毘咄陸即位後，與咥利失展開大戰，傷亡慘重。於是將西突厥的土地一分為二，自伊列水以西歸乙毘咄陸管轄，以東歸咥利失管轄。
處月、處密部落與高昌一同攻占焉耆的五座城池，劫掠男女一千五百人，燒毀他們的房屋後離去。
貞觀十三年，公元639年春季正月乙巳日，太宗車駕前往獻陵祭拜；丁未日，返回宮中。
戊午日，加封左仆射房玄齡為太子少師。房玄齡自認為擔任宰相十五年，兒子房遺愛娶了太宗的女兒高陽公主，女兒是韓王妃，深怕地位過高招致災禍，便上表請求解除宰相職務；太宗沒有同意。房玄齡堅持請求不止，太宗下詔禁止他再上表，他才就職。太子想向房玄齡行拜師禮，設置了儀仗侍衛等待他，房玄齡不敢拜見太子，直接返回，當時的人都讚美他謙遜有禮。房玄齡認為戶部掌管天下的利害得失，曾經有空缺，沒能找到合適的人選，於是自己兼任了這一職務。
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