垂拱三年，公元687年春季，閏正月丁卯日，朝廷冊封皇子李成美為恒王，李隆基為楚王，李隆範為衛王，李隆業為趙王。
二月丙辰日，突厥首領骨篤祿等人進犯昌平，朝廷命令左鷹揚大將軍黑齒常之率領各路軍馬前往征討。
三月乙醜日，納言韋思謙以太中大夫的身份退休。
夏季四月，朝廷任命蘇良嗣留守西京長安。當時尚方監裴匪躬負責查核京郊皇家園林，打算賣掉園中的蔬菜水果來謀取利潤。蘇良嗣說：“從前公儀休擔任魯國宰相時，尚且能拔掉自家菜園裡的葵菜、趕走織布的妻子，從沒聽說過身為萬乘之尊的君主還要賣蔬菜水果牟利的。”於是阻止了這件事。
壬戌日，裴居道被任命為納言。五月丙寅日，夏官侍郎、京兆人張光輔擔任鳳閣侍郎、同平章事。
鳳閣侍郎、同鳳閣鸞台三品劉禕之私下對鳳閣舍人、永年人賈大隱說：“太後既然已經廢黜昏君、擁立明君，何必還要臨朝稱製呢！不如交還政權，以安定天下人心。”賈大隱秘密將這番話上奏給太後，太後聽後很不高興，對身邊的人說：“劉禕之是我一手提拔起來的，竟然還背叛我！”有人趁機誣告劉禕之收受歸誠州都督孫萬榮的錢財，又與許敬宗的小妾有私情，太後命令肅州刺史王本立審理此案。王本立宣讀太後的敕令給劉禕之看，劉禕之說：“敕令不經過鳳閣、鸞台的審議簽署，怎麼能算作正式的敕令！”太後勃然大怒，認為他抗拒朝廷的使者；庚午日，下令賜劉禕之於家中自儘。劉禕之剛被關進監獄時，唐睿宗曾為他上書申辯，親友們都來祝賀他有皇帝出麵營救，劉禕之卻說：“這恰恰是加速我死亡的原因啊。”臨刑前，他從容沐浴，神色鎮定自若，親自起草謝恩表，很快就寫了好幾張紙。麟台郎郭翰、太子文學周思均讚歎他的文筆精妙。太後聽說後，將郭翰降職為巫州司法參軍，周思均降職為播州司倉參軍。
秋季七月壬辰日，魏玄同擔任檢校納言。
嶺南地區的俚族百姓過去隻繳納一半的賦稅，交趾都護劉延佑強迫他們繳納全額賦稅，俚族百姓拒不服從，劉延佑就處死了他們的首領。首領的同黨李思慎等人發動叛亂，攻破安南府城，殺死了劉延佑。桂州司馬曹玄靜率領軍隊討伐李思慎等人，將他們斬首。
突厥首領骨篤祿、元珍進犯朔州；朝廷派遣燕然道大總管黑齒常之率軍迎擊，任命右鷹揚大將軍李多祚為副將，在黃花堆大敗突厥軍隊，追擊逃敵四十多裡，突厥軍全部逃散到沙漠以北。李多祚世代擔任靺鞨部落的酋長，憑借軍功得以入朝擔任禁軍將領。黑齒常之每次得到朝廷的賞賜，都會全部分給手下將士；他有一匹好馬被士兵損傷，下屬請求鞭打那個士兵，黑齒常之說：“怎麼能因為我私人的馬而鞭打朝廷的官兵呢！”最終沒有追究此事。
九月己卯日，虢州人楊初成謊稱自己是郎將，偽造皇帝詔書在集市上招募人員，準備前往房州迎接廬陵王李顯；事情敗露後，楊初成被處死。
冬季十月庚子日，右監門衛中郎將爨寶璧與突厥骨篤祿、元珍交戰，全軍覆沒，爨寶璧獨自騎著輕騎逃回。
爨寶璧看到黑齒常之立下戰功，便上表請求率軍窮追殘敵。太後下詔讓他與黑齒常之商議，遙相呼應。爨寶璧想獨占功勞，不等黑齒常之出兵，就率領一萬三千名精兵率先出發，深入塞外兩千多裡，打算突襲突厥部落；抵達目的地後，他又事先派人告知突厥人，使得對方做好了嚴密防備，雙方交戰之後，爨寶璧的軍隊大敗。太後下令處死爨寶璧；並將骨篤祿改名為不卒祿。
武承嗣又指使人誣告李孝逸自稱“我的名字裡有‘兔’字，兔子是月亮中的靈物，這說明我應當擁有天子的名分”。太後考慮到李孝逸曾立下戰功，十一月戊寅日，下令免除他的死罪，削去官籍，流放到儋州，李孝逸最終死在流放地。
太後打算派遣韋待價率軍攻打吐蕃，鳳閣侍郎韋方質上奏，請求按照舊製派遣禦史擔任監軍。太後說：“古代賢明的君主派遣將領出征，將京城之外的戰事全權委托給將領。近來聽說禦史擔任監軍，軍中無論大事小事都要向監軍稟報請示。以下級牽製上級，這不是符合典章製度的做法；況且這樣一來，又憑什麼要求將領建立戰功呢！”於是廢除了監軍製度。
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