吞並四川本地的小股反清武裝和清軍潰兵，其麾下兵力與實力悄然膨脹。隨著實力的增強，孫可望對弘光朝廷冊封其“秦王”封號的要求也愈發急切，態度相較於此前也變得逐漸強硬，隱隱有恃功邀賞、不受朝廷節製之勢。
更值得警惕的是，孫可望麾下的重要將領劉文秀、艾能奇，對孫可望獨斷專行的作風早已心生不滿——孫可望在軍中大事小事皆由自己決斷，從不與劉文秀、艾能奇商議，甚至在軍功分配、糧草補給上也多有偏袒，兩人心中的怨氣日益積累，孫可望部內部的裂痕已隱約可見。
朱慈烺仔細閱讀完陳子龍的密奏，沉思良久後，提筆寫下批複。他一方麵對陳子龍在西南斡旋中取得的成效予以嘉勉，肯定其為南明穩定西南局勢所做的努力；另一方麵則明確指示陳子龍，要繼續利用孫可望與劉文秀、艾能奇之間的矛盾，暗中對劉文秀、艾能奇予以扶持——無論是在糧草補給上適當傾斜，還是在朝廷旨意中對二人的功績予以肯定——以此維持孫可望部內部的權力平衡，確保孫可望既能率領部隊全力與豪格所部作戰，又不至於因實力過強而尾大不掉，最終脫離朝廷控製。
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