朱慈烺乾綱獨斷，力排眾議，決定對西班牙用兵，並任命永王朱慈炤總攬籌備事宜，這在整個帝國層麵引發了深遠影響。“遠征呂宋籌備司”的成立，如同一塊投入水麵的巨石，激起的漣漪迅速擴散至帝國的各個角落，尤其是東南沿海。
籌備司設在江陰水師基地內，朱慈炤以親王之尊，卻吃住皆在營中，與鄭森、張煌言（時常往來於江陰、舟山之間）以及被抽調來的精乾文武官員日夜籌劃。工作的繁巨遠超想象。
首先便是艦船。現有水師主力需防禦長江及沿海，能抽調用於遠征的艦船有限。鄭森力主以速度見長的“飛霆”級及其改進型為主力，輔以部分大型福船作為運輸和支援。宋應星領導的格物院船舶小組，則根據“破浪”艦隊帶回的西班牙蓋倫船數據，加緊研究對抗策略，並著手設計更大、更適合遠洋作戰的新一代戰艦，但遠水難解近渴。
其次是人員。遠洋航行與作戰，對水手、炮手、陸戰隊員的素質要求極高。朱慈炤與鄭森從各水師部隊中嚴格篩選經驗豐富、身體強健、意誌堅定的官兵，組建特遣艦隊骨乾，並立即開始針對性的強化訓練：長時間海上生存、惡劣天氣航行、登陸作戰演習、熱帶疾病防治……訓練強度之大，近乎殘酷。朱慈炤以身作則，與官兵一同操練，極大地鼓舞了士氣。
再者是情報。韓讚周的東廠被賦予了新的任務，利用一切渠道，搜集西班牙在遠東的兵力部署、戰艦性能、貿易路線、以及呂宋當地土著部落的態度等信息。與荷蘭東印度公司的秘密接觸也在加深，儘管雙方互有戒心，但在共同對付西班牙這一點上，存在合作的基礎。
最後，也是最為頭疼的，便是錢糧物資。黃道周與戶部官員為了籌措這筆額外的巨額軍費，幾乎絞儘腦汁。“皇家海運商行”的籌建在加速，試圖以未來的海外貿易利潤為誘餌，吸引江南海商投資。“海洋建設國債”的發行也提上日程，但認購情況尚難預料。遠征所需的彈藥、糧食、藥品、以及適應熱帶氣候的裝備，無一不需要真金白銀。
就在東南沿海為遠征呂宋而緊鑼密鼓地準備時，北方的清廷並未沉睡。多爾袞雖病重不能視事，但掌握實權的多鐸與濟爾哈朗，在經曆了初期的內鬥和調整後，也逐漸穩住了陣腳。他們敏銳地察覺到南明似乎將注意力轉向南方，認為這是可乘之機。
弘光二年春，多鐸再次調動兵力，對徐州、廬州方向施加壓力，雖然規模不如上次，但攻勢更加靈活和持久，明顯帶有牽製和消耗的意圖。同時，清廷也加強了對山東李定國部的清剿力度，試圖拔掉這根紮在背後的釘子。
史可法坐鎮揚州，沉著應對。他采取“穩守反擊，以小博大”的策略，命令前線各部依托工事，堅決防禦，並不時派出精銳小隊，襲擊清軍糧道和孤立據點，使得清軍的攻勢難以取得實質性進展，反而自身不斷失血。
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