這讓其他宗室看到，順從比反抗更有前途。
崇禎通過通政司和邸報係統，將晉王、福王曆年來的劣跡（如侵占民田、縱容家奴行凶、生活奢靡無度等）公之於眾，揭露其“清君側”口號的虛偽性。
同時，大力宣傳改革政策對解放生產力、安定民生的好處，將朝廷平定叛亂定義為“剿滅國蠹，拯救黎民”的正義之舉，爭取了民心士論的支持。
在明軍主力的雷霆打擊下，由烏合之眾組成的叛軍迅速土崩瓦解。
孫傳庭的秦軍勢如破竹，連破叛軍，沿途州縣紛紛反正。
秦軍火炮轟開太原城門，經過短暫巷戰，攻破晉王府。
晉王朱求桂試圖化裝成仆役出逃，被搜出擒獲。
盧象升的天雄軍與朱聿鍵的新軍配合默契，迅速掃清洛陽外圍，用炸藥炸開福王府牆垣。
福王朱常洵在亂軍中被殺（官方戰報稱“死於亂軍”，但廣為流傳的說法是盧象升或朱聿鍵下的令，以免其押解京師後審判程序複雜，節外生枝）。
崇禎皇帝展現了他冷酷無情的一麵，對叛亂者進行了最嚴厲的懲處，以儆效尤：
晉王朱求桂被押解至京師，經三法司會審後，被廢為庶人，賜自儘。
福王朱常洵雖已死，仍被追廢為庶人。
兩藩府被徹底廢除，家產全部抄沒，充盈國庫。
其子孫廢為庶人，分散安置，嚴加看管，永不得承襲爵位。
所有參與叛亂的核心黨羽、將領、地方官員，一經捕獲，一律處斬，家產充公。
兩藩龐大的土地、莊園、礦山全部收歸國有，大部分劃為軍屯或官田，租給農民耕種。
晉王、福王這場短暫而劇烈的叛亂，雖然來勢洶洶，但因其不得人心（普通百姓深受藩府之苦）、準備倉促、戰鬥力低下，且崇禎應對得當，迅速被平定。
這場風波，反而產生了意想不到的積極效果，成為宗室改革的決定性轉折點：
兩位勢力最大、地位最高的親王，因對抗改革而落得身死族廢、爵除產沒的下場，用血淋淋的事實告訴所有宗室，皇權不可挑戰，新政不可阻擋。
任何僥幸心理和反抗念頭都被徹底粉碎。
從此，再無人敢公開抵製《限田令》，清丈工作得以順利推進。
叛亂為朝廷提供了名正言順徹底廢除兩大藩府的理由，將其巨額的財富和土地收歸國有，極大地緩解了財政壓力，也為後續的軍事行動提供了堅實的物質基礎。
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