其後軍都督府原轄山西、陝西、四川、漠南、漠北都司，依新案，山西、陝西部分劃入中部戰區，四川歸西部戰區，漠南漠北自成重鎮亦屬西部。這意味著他直轄的疆域與兵力將大幅縮減。
“陛下，吳王殿下，”馮勝斟酌詞句，緩聲道，“山西、陝西乃邊防重鎮，曆來由後軍都督府統籌防務，與漠南漠北成掎角之勢。今劃歸中部戰區，是否會削弱對北元餘孽的整體防禦？且各地將校對本土情勢了如指掌，驟然更易防區，恐需時日磨合，若敵寇乘隙來犯，如之奈何？”
其憂並非空穴來風，亦代表了一批原有勢力被重新切割的將領之心聲。
更為微妙的是秦王朱樉與晉王朱?之態度。二人雖未列席常會，然其於朝中之代言人已委婉表達“關切”。
秦晉二藩地處西北，原本在封國及周邊衛所影響力頗深。戰區劃分後，中央直派的戰區總兵官將接管主要防務，其權柄必然受限。雖經朱元璋此前敲打，然涉及根本利益，暗中的抵觸情緒如冰下潛流，未曾止息。
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朱棟與徐達、朱標反複商議，於戰略優先原則下，亦需考量現實阻力，稍作變通。
“宋國公所慮，在於防禦體係之完整。”朱棟於會議上解釋，“新設西部戰區，將統籌四川、烏斯藏、朵甘、哈密及漠南漠北，形成對西域及北方草原的完整防禦麵。山西、陝西劃入中部戰區，意在強化京畿西翼屏障，同時與北部戰區（轄北平、山東、遼東、嶺北）形成東西策應之勢，避免以往防線過長、指揮不靈之弊。”
為安撫馮勝，朱元璋決意，由馮勝出任西部戰區首任總兵官兼任軍事委員會都督同知，授上將銜，使其能於更廣闊天地施展。
對秦晉二藩，則在確保中央指揮權前提下，允其護衛軍在一定範圍內參與本戰區防務，並承諾於裝備更新上予以適當傾斜，權作妥協。
軍銜俸祿，觸動根基
“新式軍銜、編製與晉升體係”及“新舊軍餉體係轉換”，由吳琳、李文忠牽頭，朱棟、常遇春參與。此部分改革直指數十萬官兵切身利益，爭議最為激烈。
戶部尚書手捧算盤，麵露難色，近乎哀訴：“陛下，各位殿下、國公爺！初步核算，僅神策軍、北部戰區（左軍都督府改）、中部戰區（中軍都督府改）三處試點，若按新餉標準足額發放，歲增餉銀逾四百萬貫，祿米八十萬石！尚未計改製、安置、裝備更新之巨額投入！國庫……國庫雖因新政漸豐，然用度浩繁，實難支撐如此巨耗！”
常遇春聞言，蒲扇般大手猛擊案幾，聲震屋瓦：“沒錢？！當兵的就不是爹生娘養，不用養家糊口了？往日那點微薄餉銀，夠塞牙縫還是能置辦衣裳？餓著肚皮，凍著筋骨，如何催動兵馬，與敵搏殺？神策軍為何能戰無不勝？除了火器犀利，吃得飽、穿得暖、賞罰分明，方是根本！”
李文忠相對冷靜，然態度同樣堅決：“尚書大人，養兵千日，用在一時。若因吝嗇錢糧，致軍心離散，戰力萎靡，待至敵寇破關掠地之時，所失者豈止千萬金銀？此乃關乎社稷存亡之大事，須算大賬，看長遠。”
朱棟早有腹案，提出“分級分類，逐步到位”之策：
“首批試點部隊，新餉標準務必全額兌現，所需錢糧，由國庫優先劃撥。同時，暫借吳王府商號及海貿利潤一百萬貫，充作啟動之資，日後由改革增益償還。”
“至於龐大舊衛所體係，轉置方為治本之策。人員分流後，常備軍員額得以精簡，總體養兵費用於改革初期或見攀升，然隨著預備役製度推行及‘戰利品審計司’成效顯現，未來壓力必將緩降。更者，一支兵精糧足、士氣高昂的虎賁之師，能速靖邊患，廣開商路，其帶來之長治久安與滾滾財源，豈是眼前耗費可比？”他目視戶部尚書，“尚書大人，待改革功成，海內宴然，商路通達，稅基廣拓，何愁國庫不充盈？”
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