藥；分配衣物時，她總是將厚實的棉衣讓給年紀大的宮人。這些細微之處的善良，讓她在宮中贏得了廣泛的讚譽。
中元二年（公元57年），光武帝劉秀駕崩，太子劉莊即位，是為漢明帝。次年，馬明德被冊封為貴人。此時的她，雖未成為皇後，卻已在後宮中樹立起威信。明帝深知馬明德的賢德，許多後宮事務都交由她處理，而她總能處理得公平妥當，讓人心服口服。
永平三年（公元60年），一場關於立後的討論在朝堂上展開。明帝在眾多嬪妃中屬意馬明德，但按照禮製，皇後需出身名門望族。此時的馬家雖已恢複部分聲譽，但與陰、郭等世家相比仍有差距。不少大臣建議立家世顯赫的賈貴人為後，理由是賈貴人已為明帝誕下皇子劉炟。
就在朝堂爭論不休之際，皇太後陰麗華（光武帝的第二任皇後）發話了：“馬貴人德冠後宮，雖家世稍遜，但其賢能足以母儀天下。”陰麗華的支持起到了關鍵作用。這位曆經三朝的太後深知，一個賢德的皇後對王朝的重要性遠超家世背景。最終，明帝下詔冊立馬明德為皇後。
成為皇後的馬明德，並未改變節儉樸素的作風。她的服飾向來是素色布衣，裙擺不加花邊裝飾；宮中宴會，她總是要求減少菜品，避免浪費；就連所用的器物，也多是普通的陶瓦製品，而非金銀玉器。有一次，外國使節進貢了一批珍貴的夜明珠，明帝想賞賜給皇後，馬明德卻婉言謝絕：“這些珠寶對國家治理無益，不如將其變賣，用於救濟災民。”明帝深受觸動，不僅采納了她的建議，還下令減少宮廷用度，將節省下來的財物用於民生。
馬皇後不僅注重自身修養，更以大局為重，從不為家族謀取私利。按照漢朝慣例，皇後的父兄應當封侯拜將。明帝多次提出要封賞馬明德的哥哥馬廖、馬防等人，都被她堅決拒絕。她對明帝說：“外戚專權是前朝覆滅的教訓，臣妾不願看到漢室重蹈覆轍。兄長們若有才能，自會通過功績獲得晉升，不必依靠皇後的身份。”直到明帝去世，馬家兄弟都未曾獲得過高的爵位。
在輔佐明帝治理國家方麵，馬皇後展現出了卓越的政治智慧。她雖不直接乾預朝政，卻常常在關鍵時刻以史為鑒，為明帝提供有益的建議。永平十三年（公元70年），楚王劉英謀反案爆發，牽連甚廣，許多無辜官員被誣陷下獄。明帝盛怒之下，下令徹查，一時間朝野上下人心惶惶。
馬皇後得知後，憂心忡忡。她在明帝處理政務的間隙，輕聲說道：“陛下還記得文帝處理淮南王案的故事嗎？過度株連隻會動搖國本。”明帝聞言，沉默良久。隨後，馬皇後又詳細分析了案情中的疑點，指出許多被牽連者可能是冤枉的。明帝冷靜下來後，采納了她的建議，重新審理案件，赦免了數千名無辜者，避免了一場政治災難。
對於官員的選拔任用，馬皇後也十分關注。她常常向明帝了解官員的品行政績，對於清廉正直的官員加以讚賞，對於貪贓枉法之徒則建議嚴懲。有一次，明帝任命了一位出身豪門的官員擔任地方太守，馬皇後聽說此人在任上搜刮民脂民膏，便提醒明帝：“自古得民心者得天下，這樣的官員若不罷免，隻會損害朝廷威信。”明帝派人調查核實後，果然發現該官員劣跡斑斑，當即下令將其革職查辦。
馬皇後還十分重視文化教育。她建議明帝在宮中設立學堂，讓皇子公主們係統學習儒家經典；同時提倡在全國範圍內興辦太學，培養人才。在她的影響下，東漢初年形成了重視教育的良好風氣，為王朝的長治久安奠定了文化基礎。
永平十八年（公元75年），漢明帝駕崩，太子劉炟即位，是為漢章帝。年僅三十歲的馬皇後被尊為皇太後。此時的章帝年僅十九歲，缺乏治國經驗，朝中大臣多有疑慮。麵對這一局麵，馬太後展現出了非凡的政治魄力，開始以太後身份輔佐章帝處理朝政。
馬太後輔政後的第一件事，便是整頓吏治。當時朝中不少官員為了迎合新帝，紛紛上書請求封賞外戚和宦官。馬太後得知後，當即頒布詔書：“凡無軍功者不得封侯，外戚不得乾預朝政。”這道詔書猶如一劑良藥，迅速穩定了朝局。她還親自製定了《太後詔書》，明確規定外戚不得擔任重要官職，不得乾預地方行政，違者嚴懲不貸。
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