儀將她安葬在茂陵。
紀氏死後，佑兒的處境變得更加危險。萬貴妃並沒有因為紀氏的死而放過佑兒，她依然想方設法地想要除掉他。為了保護佑兒的安全，憲宗將佑兒交給了自己的母親周太後撫養。周太後對佑兒十分疼愛，將他接到自己的仁壽宮居住，親自照顧他的飲食起居。有了周太後的保護，萬貴妃才不敢輕舉妄動。
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佑兒在周太後的嗬護下漸漸長大，他始終沒有忘記母親的教誨，也沒有忘記母親為他所受的苦難。他努力學習，勤奮刻苦，不僅精通經史子集，還學會了治國安邦的道理。他深知宮中的險惡，也深知百姓的疾苦，所以從小就立誌，將來一定要做一個賢明的君主，改變大明王朝的現狀。
弘治元年（1488年），憲宗駕崩，十八歲的朱佑樘繼承皇位，是為明孝宗。孝宗登基後，做的第一件事，就是為自己的母親紀氏平反昭雪。他下旨，追尊紀氏為孝穆慈慧恭恪莊僖崇天承聖純皇後，將她的靈位遷入太廟，與憲宗合葬。同時，孝宗還派人前往廣西大藤峽，尋找紀氏的族人。經過一番努力，孝宗終於找到了紀氏的幾個侄子，將他們封為世襲的錦衣衛千戶，讓他們享受榮華富貴。
孝宗還沒有忘記那些曾經幫助過他和母親的人。他下旨，封劉姑姑為“恭勤夫人”，賜給她大量的金銀珠寶和房產；封張敏為“司禮監掌印太監”，讓他掌管宮中的大權。對於那些曾經迫害過他母親的人，孝宗並沒有采取報複的手段，而是將他們貶謫到偏遠的地方，讓他們反省自己的過錯。孝宗的這種寬容和善良，贏得了朝野上下的一致好評。
孝宗在位期間，勤於政事，虛心納諫，任用賢能，整頓朝綱。他廢除了憲宗時期的一些弊政，減輕了百姓的賦稅和徭役，使得大明王朝的經濟得到了快速的發展，社會秩序也變得更加穩定。曆史上稱孝宗統治的時期為“弘治中興”，孝宗也被後人譽為“中興之主”。
孝宗一生都沒有忘記自己的母親紀氏。他常常在夜深人靜的時候，拿出母親留下的那枚刻著“紀”字的銀簪，默默流淚。他還特意在宮中建立了一座“奉慈殿”，用來供奉母親的靈位，每年都會親自前往祭拜。孝宗還命人編寫了《孝穆皇後傳》，詳細記錄了母親的生平事跡，讓後人永遠銘記她的恩情。
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