召開會議，商議皇位繼承事宜。會議一開始，豪格便派手下的大臣發言，主張“立先帝之子”，試圖逼迫多爾袞讓步。多爾袞則針鋒相對，主張“立賢不立長”，暗示自己更適合繼承皇位。雙方爭論不休，氣氛十分緊張。
就在這時，索尼和鼇拜突然拔出佩劍，大聲說道：“我們深受先帝恩惠，若不立先帝之子，我們便以死殉葬！”兩黃旗的將士們也紛紛拔出佩劍，以示抗議。多爾袞見形勢不妙，知道若再堅持爭奪皇位，必然會引發內戰。於是，他當即提出，立皇太極的第九子福臨為帝，由自己和鄭親王濟爾哈朗共同輔政。
豪格見多爾袞退讓，又擔心若再堅持，會失去兩黃旗的支持，隻好同意了多爾袞的提議。就這樣，六歲的福臨被推上了皇位，改元順治。布木布泰被尊為聖母皇太後，與皇後哲哲並稱“兩宮皇太後”。
順治元年四月，多爾袞率領大軍入關，擊敗了李自成的農民起義軍，攻占了北京。同年九月，順治帝遷都北京，開啟了大清入主中原的曆史。布木布泰也隨順治帝來到了北京，住進了紫禁城的慈寧宮。
雖然福臨已經登上了皇位，但布木布泰知道，真正的權力還掌握在多爾袞手中。多爾袞憑借著輔政王的身份，獨攬大權，飛揚跋扈，甚至將順治帝當作傀儡。他不僅給自己加封為“皇叔父攝政王”，後來又加封為“皇父攝政王”，禮儀排場都與皇帝無異。
布木布泰看在眼裡，急在心裡。她知道，若不儘快削弱多爾袞的權力，順治帝的皇位遲早會被多爾袞篡奪。但她也清楚，多爾袞手握重兵，威望極高，現在還不是與他正麵衝突的時候。因此，她隻能暫時隱忍，一方麵教導順治帝要學會隱忍，不要與多爾袞發生正麵衝突；另一方麵，她暗中培養自己的勢力，等待時機。
順治五年，多爾袞以豪格“圖謀不軌”為由，將豪格囚禁起來。布木布泰得知後，急忙派人去勸說多爾袞，希望他能放過豪格。但多爾袞根本不聽，最終豪格在獄中被折磨致死。這件事讓布木布泰更加清楚，多爾袞已經越來越肆無忌憚，必須儘快采取行動。
順治七年十二月，多爾袞在喀喇城狩獵時，不慎墜馬受傷，不久後便病逝了。這個消息傳來，布木布泰終於鬆了一口氣。她知道，自己等待的時機終於來了。多爾袞病逝後，布木布泰立即協助順治帝親政，開始著手清理多爾袞的殘餘勢力。
順治帝首先下令剝奪多爾袞的“皇父攝政王”封號，將他的家產抄沒，黨羽全部治罪。隨後，順治帝又重新任命了朝廷官員，將權力收回到自己手中。在這個過程中，布木布泰始終在背後為順治帝出謀劃策，幫助他穩定了政局。經過一係列的整頓，順治帝終於真正掌握了大清的最高權力。
順治帝親政時，年僅十四歲。布木布泰深知，治理一個龐大的帝國並非易事，因此她對順治帝的教育十分嚴格。她為順治帝挑選了最好的老師，教導他學習滿漢文化、經史子集和治國之道。同時，她還常常親自教導順治帝如何處理政務，如何駕馭群臣。
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在布木布泰的悉心教導下，順治帝進步很快。他不僅精通滿漢文化，還展現出了卓越的政治才能。順治帝親政後，采取了一係列有利於國家發展的措施：他整頓吏治，嚴懲貪官汙吏；他減輕賦稅，安撫百姓；他重用漢臣，緩和滿漢矛盾。在他的治理下，大清的政局逐漸穩定，經濟也開始慢慢恢複。
然而，隨著順治帝的成長，他與布木布泰之間的矛盾也逐漸顯現出來。順治帝是一個性格十分倔強的人，他渴望獨立，希望能夠按照自己的意願治理國家。但布木布泰多年來習慣了掌控局麵，總是不自覺地乾涉順治帝的決策。母子倆常常因為政務上的事情發生爭執。
其中，最讓母子倆產生嫌隙的，是順治帝的婚姻問題。布木布泰為了鞏固科爾沁部與大清的聯盟，希望順治帝能娶科爾沁部的女子為皇後。順治帝親政後，布木布泰便為他挑選了自己的侄女，科爾沁部卓禮克圖親王吳克善的女兒博爾濟吉特氏為皇後。
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